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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vbj | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HYBRID C-TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I OF THE BACTERIAL PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM FORMED BY HYBRIDIZING THE SCAFFOLD OF THE THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS ENZYME WITH THE ACTIVE SITE LOOPS FROM THE ESCHERICHIA COLI ENZYME | ||||||
要素 | Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsI / Hybrid / bacterial phosphotransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / phosphorylation / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Stewart Jr., C.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020 タイトル: Hybrid Thermophilic/Mesophilic Enzymes Reveal a Role for Conformational Disorder in Regulation of Bacterial Enzyme I. 著者: Dotas, R.R. / Nguyen, T.T. / Stewart Jr., C.E. / Ghirlando, R. / Potoyan, D.A. / Venditti, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vbj.cif.gz | 369.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vbj.ent.gz | 307.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vbj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vbj_validation.pdf.gz | 255.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vbj_full_validation.pdf.gz | 255.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vbj_validation.xml.gz | 1.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vbj_validation.cif.gz | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34891.395 Da / 分子数: 2 変異: P278V, K279R, Y301F, N305D, S306A, S309T, L334M, L345M, D346N, M347F, M351E, Y357W, M466G, E468D, H469M, V470I, K471S, E472H, Y473L, F477M, H478S 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア) 遺伝子: PtsA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8R7R4, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE DEPOSITED SEQUENCE IS A HYBRID C-TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I OF THE BACTERIAL ...THE DEPOSITED SEQUENCE IS A HYBRID C-TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I OF THE BACTERIAL PHOSPHOTRA | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.03 M Sodium nitrate, 0.03 M Sodium phosphate dibasic, 0.03 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5 and 12.5% MPD, 12.5%PEG 1000, 12.5% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年9月20日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→48.37 Å / Num. obs: 48831 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 513772 / Scaling rejects: 347 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XZ7 解像度: 2→42.71 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 192.77 Å2 / Biso mean: 38.9642 Å2 / Biso min: 13.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→42.71 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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