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Yorodumi- PDB-6vbj: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HYBRID C-TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I OF ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vbj | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HYBRID C-TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I OF THE BACTERIAL PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM FORMED BY HYBRIDIZING THE SCAFFOLD OF THE THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS ENZYME WITH THE ACTIVE SITE LOOPS FROM THE ESCHERICHIA COLI ENZYME | ||||||
Components | Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsI / Hybrid / bacterial phosphotransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Stewart Jr., C.E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: Hybrid Thermophilic/Mesophilic Enzymes Reveal a Role for Conformational Disorder in Regulation of Bacterial Enzyme I. Authors: Dotas, R.R. / Nguyen, T.T. / Stewart Jr., C.E. / Ghirlando, R. / Potoyan, D.A. / Venditti, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vbj.cif.gz | 369.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vbj.ent.gz | 307.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vbj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vbj_validation.pdf.gz | 255.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vbj_full_validation.pdf.gz | 255.3 KB | Display | |
Data in XML | 6vbj_validation.xml.gz | 1.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6vbj_validation.cif.gz | 9.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6v9kC 6vu0C 2xz7S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34891.395 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: P278V, K279R, Y301F, N305D, S306A, S309T, L334M, L345M, D346N, M347F, M351E, Y357W, M466G, E468D, H469M, V470I, K471S, E472H, Y473L, F477M, H478S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (bacteria) Gene: PtsA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q8R7R4, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase #2: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE DEPOSITED SEQUENCE IS A HYBRID C-TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I OF THE BACTERIAL ...THE DEPOSITED SEQUENCE IS A HYBRID C-TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I OF THE BACTERIAL PHOSPHOTRA | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.03 M Sodium nitrate, 0.03 M Sodium phosphate dibasic, 0.03 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5 and 12.5% MPD, 12.5%PEG 1000, 12.5% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1.00003 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Sep 20, 2018 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→48.37 Å / Num. obs: 48831 / % possible obs: 85.6 % / Redundancy: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 513772 / Scaling rejects: 347 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2XZ7 Resolution: 2→42.71 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.49 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 192.77 Å2 / Biso mean: 38.9642 Å2 / Biso min: 13.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→42.71 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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