PDB-6vat: Structure of the periplasmic domain of YejM from Salmonella typhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vat

タイトル

Structure of the periplasmic domain of YejM from Salmonella typhimurium

要素

Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

キーワード

Hydrolase / Transport protein / YejM / membrane protein / phosphatase / cardiolipin

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Gabale, U. / Ressl, S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: The essential inner membrane protein YejM is a metalloenzyme.
著者: Gabale, U. / Pena Palomino, P.A. / Kim, H. / Chen, W. / Ressl, S.

履歴

登録	2019年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.1	2024年12月25日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6vat.ent.gz	705.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
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文書・要旨	6vat_validation.pdf.gz	782.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vat_full_validation.pdf.gz	825.6 KB	表示
XML形式データ	6vat_validation.xml.gz	95.6 KB	表示
CIF形式データ	6vat_validation.cif.gz	121.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/6vat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/6vat	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vc7C 6vdfC 5i5fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vdf-1 6vc7-4 6vc7-3 6vc7-1 6vdf-3 2zmy-d 6vdf-2 3awx-d 6vc7-6 5f3e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

B: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

C: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

D: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

E: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

F: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

ヘテロ分子

251 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

ヘテロ分子

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42 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

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3

C: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

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4

D: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

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5

E: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

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6

F: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	113.799, 113.799, 299.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-794- HOH

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA 分子量: 41173.801 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar (サルモネラ菌) 遺伝子: pbgA, FGF59_12130 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V1IDU5, UniProt: P40709*PLUS

-
非ポリマー , 9種, 716分子

#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミンタイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇NO
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.77 % / 解説: Thin plates
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.8 13 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0001 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→59.65 Å / Num. obs: 94515 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 36.14 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.211 / R_pim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / R_merge(I) obs: 1.987 / Num. unique obs: 4528 / CC_1/2: 0.199 / R_pim(I) all: 1.448

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I5F

5i5f

解像度: 2.35→59.65 Å / SU ML: 0.3579 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.8866
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2492	4744	5.02 %
R_work	0.1961	89744	-
obs	0.1988	94488	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→59.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16352	0	245	687	17284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	16959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6094	23007
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0425	2527
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	3001
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.6186	2359

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.38	0.3388	114	0.3055	2967	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.38-2.4	0.3607	146	0.3049	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.4-2.43	0.3414	157	0.2996	2939	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.43-2.46	0.3256	143	0.2997	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.344	174	0.3016	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.53	0.3806	143	0.2928	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.57	0.3402	195	0.2715	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.61	0.3307	135	0.2594	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.65	0.3235	169	0.2392	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.69	0.2959	171	0.237	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.74	0.3167	145	0.2328	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.79	0.3105	158	0.2266	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.84	0.2844	165	0.233	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.2978	149	0.2327	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.96	0.2824	131	0.2232	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.03	0.2901	158	0.2314	2986	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.03-3.11	0.3149	144	0.2342	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.19	0.2645	163	0.2153	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.28	0.2874	157	0.2004	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.39	0.2587	144	0.1833	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.51	0.2285	153	0.172	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.65	0.2374	183	0.1726	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.82	0.2177	171	0.169	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.02	0.2179	177	0.1649	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.27	0.1925	182	0.1488	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.6	0.1952	147	0.1341	3060	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.6-5.06	0.1671	159	0.142	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
5.06-5.79	0.2159	144	0.1679	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
5.79-7.29	0.2553	168	0.1902	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3-59.65	0.191	199	0.1755	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.95899138808	-0.411656902465	-0.0387199893458	2.69769152261	-0.207266561201	1.78551999272	0.0130493005388	-0.0449644405731	-0.113506020776	0.101246949447	0.000286785654964	-0.102150573536	0.00497712790932	0.188659262451	-0.00696996905537	0.276885471251	0.00937577716384	-0.0102384888995	0.118920379234	-0.00638442471545	0.197211942841	172.442426323	-13.2102953927	27.5666432777
2	0.986318246068	0.125062001982	-0.56508539318	2.25965596485	-0.702464188851	0.766828036962	0.12682389325	-0.229081903079	0.38877102336	0.290470804262	-0.123028987846	-0.0305351240933	-0.313512473807	0.193253388734	-0.00600653484399	0.412757288591	-0.0267569499579	0.0142610242088	0.260240341804	-0.0502062060281	0.344139347127	171.314644549	0.252579349747	32.4592161124
3	1.37674615364	-0.870553648493	1.48503249382	5.47526857898	-0.785053267495	4.10059591258	0.46454349455	-0.169238863998	0.652423545121	0.260210430955	-0.372433095407	-0.103906977877	0.120597043971	0.409958022099	0.0103028265141	0.443412848963	-0.0328461875169	-0.043628688783	0.220869250228	-0.0422983948006	0.0763417995025	175.629914796	-7.69847751914	38.0312546725
4	1.41465479084	-0.310851572635	-0.30329926001	1.82665469637	-0.419472612333	2.31885395202	0.0183848190795	0.0603206101228	-0.028912068505	-0.168542856644	-0.0898775219234	-0.191094867344	0.114484908497	0.1845429853	0.0663858589618	0.256587709448	0.00428133612507	0.0234557366802	0.14011027471	0.00585415325971	0.197748333386	178.587773762	-13.3585371941	21.4948262034
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 242 through 301 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 302 through 385 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 386 through 411 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 412 through 585 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 243 through 292 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 293 through 356 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 357 through 436 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 437 through 490 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 491 through 526 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 527 through 585 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 241 through 301 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 302 through 385 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 386 through 436 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 437 through 585 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 244 through 301 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 302 through 385 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 386 through 436 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 437 through 526 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 527 through 569 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 570 through 586 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 241 through 360 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 361 through 412 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 413 through 586 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 242 through 360 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 361 through 409 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 410 through 586 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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