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- PDB-6v9k: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HYBRID C-TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I OF ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v9k | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HYBRID C-TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I OF THE BACTERIAL PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM FORMED BY HYBRIDIZING THE SCAFFOLD OF THE ESCHERICHIA COLI ENZYME WITH THE ACTIVE SITE LOOPS FROM THE THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS ENZYME | ||||||
![]() | Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsI / Hybrid / bacterial phosphotransferase | ||||||
Function / homology | ![]() phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / identical protein binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stewart Jr., C.E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Hybrid Thermophilic/Mesophilic Enzymes Reveal a Role for Conformational Disorder in Regulation of Bacterial Enzyme I. Authors: Dotas, R.R. / Nguyen, T.T. / Stewart Jr., C.E. / Ghirlando, R. / Potoyan, D.A. / Venditti, V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 374.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 309.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 254.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6vbjC ![]() 6vu0C ![]() 2xz7S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35468.711 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: V278P, R279K, F301Y, D305N, A306S, T309S, M334L, M345L, N346D, F347M, E351M, W357Y, G466M, D468E, M469H, I470V, S471K, H472E, L473Y, M477F, S478H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A4S4CN20, UniProt: P08839*PLUS, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.0 and 20% w/v PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Sep 20, 2018 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→42.82 Å / Num. obs: 49363 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 348445 / Scaling rejects: 389 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 6.9 %
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2xz7 Resolution: 1.9→42.815 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 19.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 98.01 Å2 / Biso mean: 28.1105 Å2 / Biso min: 9.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→42.815 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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