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万見
- PDB-6v8j: Crystal structure of Ara h 8.0201 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v8j
タイトルCrystal structure of Ara h 8.0201
要素Ara h 8 allergen isoform
キーワードALLERGEN / peanut / PR-10
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ara h 8 allergen isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Offermann, L.R. / Pote, S. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ara h 8.0201
著者: Offermann, L.R. / Pote, S. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M.
履歴
登録2019年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ara h 8 allergen isoform
B: Ara h 8 allergen isoform
C: Ara h 8 allergen isoform
D: Ara h 8 allergen isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,59016
ポリマ－65,7304
非ポリマー86012
水2,756153
1
A: Ara h 8 allergen isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7445
ポリマ－16,4321
非ポリマー3114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ara h 8 allergen isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5523
ポリマ－16,4321
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ara h 8 allergen isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7445
ポリマ－16,4321
非ポリマー3114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ara h 8 allergen isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5523
ポリマ－16,4321
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.406, 59.209, 67.078
Angle α, β, γ (deg.)89.960, 89.990, 71.020
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 153 / Label seq-ID: 2 - 153

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Ara h 8 allergen isoform


分子量: 16432.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
遺伝子: Ahy_Scaffold6g108211 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0YIU5
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: 10 mM CHES/NaOH, 20%w/v PEG 8000, pH 9.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.365
11-h,-k,l20.253
11H, H-K, -L30.204
11-H, -H+K, -L40.177
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 39685 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1963 / CC1/2: 0.74 / CC star: 0.922 / Rpim(I) all: 0.348 / Rrim(I) all: 0.514 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MAP

4map


解像度: 1.95→31.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.255 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.033
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED Discrepancy between R and Rfree factors most likely are caused by a different handling of twinning as discussed in ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED Discrepancy between R and Rfree factors most likely are caused by a different handling of twinning as discussed in the paper. The authors have used automatic way of handling the twinning as it is implemented in Refmac. Xtriage and Refmac define a different set of twinning operators and twining fractions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2192 1965 5 %RANDOM
Rwork0.1728 ---
obs0.175 37683 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.65 Å2 / Biso mean: 29.103 Å2 / Biso min: 9.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.15 Å21.32 Å2-0.75 Å2
2---3.1 Å23.06 Å2
3---7.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→31.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4524 0 44 153 4721
Biso mean--51.7 26.08 -
残基数----605
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0134639
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0174314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4271.656301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3541.58310098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8835599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89726.686172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.58515781
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02784
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A41820.13
12B41820.13
21A41950.14
22C41950.14
31A42060.12
32D42060.12
41B42390.11
42C42390.11
51B41800.12
52D41800.12
61C41400.13
62D41400.13
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 180 -
Rwork0.206 2601 -
obs--90.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7933-6.54361.397624.2142-2.86872.06630.1490.08540.0199-0.295-0.09910.3280.26050.1434-0.050.0959-0.05590.01920.0994-0.02940.03744.55-1.85113.75
20.06330.2317-0.11441.39250.29561.2488-0.022-0.01180.0228-0.14040.00220.03990.09450.0080.01990.1771-0.12120.06560.12920.0010.2327-2.659-0.256-4.773
31.477-2.9925-0.58468.70132.40140.7930.23070.1309-0.1757-0.5454-0.0844-0.1264-0.12670.0292-0.14640.1348-0.0157-0.01510.1921-0.13330.339910.114-12.5853.283
43.288-3.41281.01035.1313-2.3711.6440.02450.05270.0770.1258-0.09-0.01640.0858-0.05980.06550.2091-0.12230.05420.1122-0.04180.15372.319-0.5128.76
52.3493-3.1042.76936.8658-5.37224.32840.10890.03220.0604-0.2662-0.1795-0.09980.18770.13080.07070.1506-0.06960.050.0528-0.00350.15145.626.958-1.392
60.9489-1.5198-1.60296.11451.51053.7234-0.0467-0.082-0.05940.19410.04230.11630.13170.15280.00440.1141-0.12160.02650.1644-0.01090.197911.77419.8446.989
70.03240.11930.11983.1952-0.92581.25730.0263-0.0035-0.0109-0.3006-0.035-0.08230.13640.1290.00880.2514-0.13710.08590.1269-0.00550.191213.81528.332-8.743
81.5676-0.48211.78990.2159-0.15144.4378-0.0851-0.1494-0.0797-0.02710.07710.0313-0.3549-0.09460.0080.1992-0.13090.07450.1313-0.00420.250214.95231.085-2.311
90.7624-0.924-0.23923.70920.43270.78160.00790.0043-0.03970.03590.00090.0686-0.1459-0.0861-0.00880.158-0.08380.08750.139-0.00750.13477.70730.0396.184
103.07531.846-2.67645.3609-0.71312.5183-0.0214-0.13210.00180.0087-0.0110.11770.01560.13670.03240.1278-0.1010.03320.0892-0.01990.17779.01216.477-4.047
110.24050.011-0.30882.1217-0.72450.652-0.0017-0.02160.02250.1604-0.0268-0.0003-0.03930.0480.02860.1551-0.11480.08190.1287-0.0180.196114.0165.93336.288
123.05061.9385-2.19761.3116-1.09562.96910.1356-0.03810.00810.157-0.0799-0.04780.1251-0.1149-0.05580.2148-0.11390.03970.09790.01760.211412.667-1.83636.358
1312.98753.461-5.01891.3131-2.40095.88230.1401-0.01490.20430.0535-0.02280.12630.3659-0.2105-0.11720.391-0.15710.03960.0881-0.01150.09683.894-8.56329.136
142.82333.06980.20064.0191.09731.4446-0.0980.140.1352-0.09170.16780.14280.0917-0.0354-0.06980.1142-0.0870.02330.09210.01930.14477.9293.17124.84
151.87891.59452.08257.66781.60293.3805-0.0286-0.1084-0.01690.1568-0.05030.05830.20010.07270.07890.1916-0.06780.10390.146-0.02410.13147.85312.47236.797
160.31580.0893-0.08262.37270.94411.37420.0240.0248-0.02760.2636-0.02460.00880.1517-0.09180.00060.1849-0.10570.06830.0864-0.00240.1905-1.31126.34436.134
179.644-1.67696.48473.3237-1.18284.6507-0.00580.1426-0.48470.39390.1496-0.1717-0.08140.0313-0.14380.2461-0.04360.00810.1418-0.04380.21810.7838.21640.902
183.53593.00540.34293.28150.33161.61880.1547-0.1241-0.10620.1037-0.0836-0.0653-0.060.0589-0.0710.1409-0.09960.09390.1028-0.00990.1741-2.70633.86529.488
192.79244.3877-1.01677.6526-2.46451.6385-0.0165-0.0496-0.0119-0.1829-0.0289-0.04260.01310.08180.04530.1801-0.09370.08270.111-0.02230.15832.36629.34323.293
201.56771.5948-1.57485.603-4.16343.6720.10040.081-0.00850.4173-0.0466-0.0516-0.23520.1143-0.05380.1625-0.1010.03940.1572-0.03540.16636.78724.92633.684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3A91 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4A97 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5A132 - 153
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 19
7X-RAY DIFFRACTION7B20 - 60
8X-RAY DIFFRACTION8B61 - 79
9X-RAY DIFFRACTION9B80 - 138
10X-RAY DIFFRACTION10B139 - 153
11X-RAY DIFFRACTION11C2 - 53
12X-RAY DIFFRACTION12C54 - 90
13X-RAY DIFFRACTION13C91 - 98
14X-RAY DIFFRACTION14C99 - 136
15X-RAY DIFFRACTION15C137 - 153
16X-RAY DIFFRACTION16D2 - 45
17X-RAY DIFFRACTION17D46 - 69
18X-RAY DIFFRACTION18D70 - 104
19X-RAY DIFFRACTION19D105 - 128
20X-RAY DIFFRACTION20D129 - 153

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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