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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v8j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ara h 8.0201 | ||||||
![]() | Ara h 8 allergen isoform | ||||||
![]() | ALLERGEN / peanut / PR-10 | ||||||
機能・相同性 | ![]() abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Offermann, L.R. / Pote, S. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Ara h 8.0201 著者: Offermann, L.R. / Pote, S. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 238 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 193.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 153 / Label seq-ID: 2 - 153
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16432.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Ahy_Scaffold6g108211 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: 10 mM CHES/NaOH, 20%w/v PEG 8000, pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月22日 | |||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 39685 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14.8 | |||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1963 / CC1/2: 0.74 / CC star: 0.922 / Rpim(I) all: 0.348 / Rrim(I) all: 0.514 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 96.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4MAP 解像度: 1.95→31.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.255 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.033 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED Discrepancy between R and Rfree factors most likely are caused by a different handling of twinning as discussed in ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED Discrepancy between R and Rfree factors most likely are caused by a different handling of twinning as discussed in the paper. The authors have used automatic way of handling the twinning as it is implemented in Refmac. Xtriage and Refmac define a different set of twinning operators and twining fractions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.65 Å2 / Biso mean: 29.103 Å2 / Biso min: 9.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→31.96 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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