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- PDB-6v73: Crystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Erythrobacter li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v73
タイトルCrystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Erythrobacter litoralis with beta mercaptoethanol in the active site
要素Beta-lactamase II
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / FORMIC ACID / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Erythrobacter litoralis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Clancy, S. / Endres, M. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Erythrobacter litoralis with beta mercaptoethanol in the active site
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Clancy, S. / Endres, M. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2476
ポリマ－25,9571
非ポリマー2905
水43224
1
A: Beta-lactamase II
ヘテロ分子

A: Beta-lactamase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,49512
ポリマ－51,9142
非ポリマー58110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.139, 121.139, 90.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

FMT

21A-403-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-lactamase II


分子量: 25956.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Erythrobacter litoralis (strain HTCC2594) (バクテリア)
参照: UniProt: Q2N9N3

-
非ポリマー , 5種, 29分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.5M Sodium formate; 0.1M TRIS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 15857 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 56.42 Å2 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 735 / CC1/2: 0.527 / Rsym value: 1.052

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V72

6v72


解像度: 2.4→39.65 Å / SU ML: 0.276 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4066
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 791 5 %
Rwork0.18 --
obs0.183 15816 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 61.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1698 0 10 24 1732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00681773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8182420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0529271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.41248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.550.32961220.2652387X-RAY DIFFRACTION97.44
2.55-2.740.2981370.24282460X-RAY DIFFRACTION99.96
2.74-3.020.31531240.23322486X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.460.24461520.20252468X-RAY DIFFRACTION100
3.46-4.350.19041290.15292536X-RAY DIFFRACTION100
4.35-39.650.23321270.15692688X-RAY DIFFRACTION99.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.29273715939-3.7633636968-1.38313388583.020056273693.32691101888.441602245130.06681700015210.3304892039830.4238167799180.05158972172140.08359552375-0.856469662638-0.8939906765060.734255176683-0.07075268086240.500185338178-0.0678530228335-0.008299428489740.5492767940260.1672185090470.652739180407-17.862017568-23.5053486874-21.6827727118
22.38524447438-0.234100726738-0.3078663543843.545443870741.158954221785.05358320202-0.09270580639430.2040096967710.240609019476-0.1282067095960.0428195503169-0.167706683986-0.388560137757-0.1366350016090.05130381071170.329447106422-0.000667178474621-0.05110823688590.3853062523050.1181963696740.367863415544-27.1322708194-29.9830253446-18.706859636
36.87620558145-2.98007010201-6.138726386467.857172901956.362309527867.6176242406-0.2701674548970.252127395495-0.03266365962830.0073379458201-0.1667786753140.02413983478910.433006180763-0.2990742280090.3779167665210.369278854249-0.0302364285507-0.0526939938710.4912664768220.04889528348120.332824403167-31.1314771836-45.472124507-19.7983871009
46.21096524892-1.257070376865.806306052164.70938821819-1.090645407276.17473262780.1160055486190.351297224876-0.193288757755-0.19262431152-0.0806656443257-0.3014642902150.380743081317-0.108208825911-0.1983958189260.3750516435060.006501757853450.03529427432320.5062888996180.0142642324730.525181378555-23.044189544-45.5654441196-23.1653925729
52.319521077760.925823820519-0.9742757856623.894867641840.8083095381714.55763677992-0.0824832998977-0.0554985965056-0.2006665491060.259659726970.101845933414-0.9005338985760.3497086823080.9712408697010.05151942657250.3864495880910.10891621486-0.1241198934240.6381300584750.02727842689950.660728906334-11.37487541-42.9929753165-15.2950288442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 129 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 162 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 163 through 186 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 187 through 261 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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