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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v70 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Hirschia baltica with Cadmium in the Active Site | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hirschia baltica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Maltseva, N. / Kim, Y. / Clancy, S. / Endres, M. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Metallo Beta Lactamase from Hirschia baltica. 著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Clancy, S. / Endres, M. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v70.cif.gz | 125.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v70.ent.gz | 79.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v70.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v70_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v70_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6v70_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v70_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/6v70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/6v70 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25852.098 Da / 分子数: 1 / 変異: A257T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hirschia baltica (strain ATCC 49814 / DSM 5838 / IFAM 1418) (バクテリア) 株: ATCC 49814 / DSM 5838 / IFAM 1418 / 遺伝子: Hbal_3075 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: C6XID6, beta-lactamase |
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-非ポリマー , 5種, 116分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-FMT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.72 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 8000; 0.1M TRIS pH 8.5; 0.2M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 22753 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 33.79 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique obs: 1121 / CC1/2: 0.658 / Rsym value: 0.74 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6V54 解像度: 1.95→33.47 Å / SU ML: 0.1972 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.5337
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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