PDB-6v6n: The crystal structure of a class D beta-lactamase from Agrobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v6n

タイトル

The crystal structure of a class D beta-lactamase from Agrobacterium tumefaciens

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Class D beta-lactamase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium radiobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a class D beta-lactamase from Agrobacterium tumefaciens
著者: Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2019年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6v6n.ent.gz	335.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v6n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6v6n_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v6n_full_validation.pdf.gz	493.3 KB	表示
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CIF形式データ	6v6n_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6n	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3sc0-d 4atf-2 6tv5-d 1q74-1 6bdr-d 2ovh-d 1k4o-d 3t7r-1 6bcd-d 3nro-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97214

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: CSGID-IDP97214

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

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3

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

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28 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.119, 101.655, 108.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.841, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27798.094 Da / 分子数: 4 / 変異: D195Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア) 遺伝子: oxa, AtA6_05530, BV900_07365 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: A0A1V2APZ1, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.15 M DL-Malic acid, 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月25日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→46 Å / Num. obs: 102685 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.72 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 1.895 / Net I/σ(I): 15.92
反射シェル	解像度: 1.85→1.87 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 3294 / CC_1/2: 0.642 / R_pim(I) all: 0.369 / R_rim(I) all: 0.632 / Χ²: 0.365 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→45.92 Å / SU ML: 0.2533 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.0628

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2479	5113	4.98 %	random
R_work	0.2114	-	-	-
obs	0.2132	102587	96.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7634	0	32	391	8057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	7985
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7108	10882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	1435
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.1355	4749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.3265	160	0.2838	2835	X-RAY DIFFRACTION	84.72
1.87-1.89	0.3609	156	0.276	3257	X-RAY DIFFRACTION	97.63
1.89-1.92	0.3099	167	0.2563	3311	X-RAY DIFFRACTION	98.81
1.92-1.94	0.2808	180	0.2569	3301	X-RAY DIFFRACTION	98.7
1.94-1.97	0.298	172	0.2501	3258	X-RAY DIFFRACTION	98.71
1.97-1.99	0.2913	168	0.2532	3349	X-RAY DIFFRACTION	98.57
1.99-2.02	0.2938	170	0.2429	3239	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.02-2.05	0.3395	158	0.2386	3312	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.05-2.09	0.2731	184	0.2322	3291	X-RAY DIFFRACTION	98.22
2.09-2.12	0.2811	167	0.232	3214	X-RAY DIFFRACTION	97.46
2.12-2.16	0.2982	165	0.2248	3270	X-RAY DIFFRACTION	96.98
2.16-2.2	0.2684	170	0.2245	3180	X-RAY DIFFRACTION	95.91
2.2-2.24	0.2852	179	0.2204	3314	X-RAY DIFFRACTION	98.2
2.24-2.28	0.2855	171	0.2233	3262	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.28-2.33	0.269	193	0.2188	3308	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.33-2.39	0.2808	189	0.2236	3262	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.39-2.45	0.2429	159	0.2198	3284	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.45-2.51	0.2779	184	0.2316	3277	X-RAY DIFFRACTION	97.77
2.51-2.59	0.2878	175	0.2266	3223	X-RAY DIFFRACTION	97.06
2.59-2.67	0.2848	159	0.2314	3242	X-RAY DIFFRACTION	95.99
2.67-2.77	0.275	172	0.2299	3307	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.77-2.88	0.2684	163	0.2273	3275	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.88-3.01	0.2384	161	0.22	3294	X-RAY DIFFRACTION	97.57
3.01-3.17	0.2623	162	0.2198	3279	X-RAY DIFFRACTION	97.01
3.17-3.36	0.2458	174	0.2234	3216	X-RAY DIFFRACTION	95.95
3.36-3.62	0.2288	157	0.2012	3242	X-RAY DIFFRACTION	95.83
3.62-3.99	0.231	194	0.1891	3233	X-RAY DIFFRACTION	97.14
3.99-4.56	0.2098	165	0.1707	3231	X-RAY DIFFRACTION	95.61
4.56-5.75	0.1878	157	0.1747	3197	X-RAY DIFFRACTION	93.84
5.75-45.9	0.2034	182	0.198	3211	X-RAY DIFFRACTION	93.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.36839473512	-5.77297830241	0.378345191472	6.32862421863	-0.631778122736	1.59598571831	0.0226030804955	0.0666251456335	0.29215533973	-0.074932975995	0.120975411334	0.0868193640031	-0.637099274417	-0.208351640688	-0.190894786967	0.5344315089	0.0767708911054	-0.082314183228	0.357634342665	0.0287429648522	0.513437647366	-12.9710966181	-45.6478557484	17.9223201265
2	3.06635134566	0.368769345723	1.0767229582	2.59491542758	-0.0339762425107	2.0824708068	0.224601146658	0.343006318492	-0.115592262323	-0.285128213546	0.0802221477187	-0.103977309861	0.00146784185454	0.160577222177	-0.278750522286	0.296953040344	0.0213209599458	-0.0347481455622	0.293610134284	-0.067489622859	0.271644644621	2.20476953324	-52.7949771186	19.344929689
3	1.55641177083	-1.37310368481	-1.38695934739	4.30554810648	0.833663449619	1.38991325675	-0.929743287166	0.00480259969468	0.49828055272	0.662178157386	-0.0417000814711	0.0861692612662	-0.32185144927	0.316567357499	0.403935431378	0.347052394572	-0.225296512486	-0.279699828505	0.588714725697	-0.434009695697	0.848477968278	17.1735041663	-41.9582110927	34.1511465421
4	2.38303740586	-0.384360113273	0.108391789584	2.97658103681	-0.763222255803	3.72282022534	0.0727220266442	-0.0367537196953	0.678969100031	-0.0805880984616	0.152095175841	-0.801072778293	-0.45595622407	0.505074006583	-0.187764561149	0.260457622734	-0.0879839920919	0.0734758667131	0.348865952207	-0.0849533885149	0.552174860028	12.4448800431	-41.4654290955	24.0133443729
5	2.21982644702	0.800665862559	-0.903489437145	2.48835188235	-0.348853603735	2.43910536253	-0.0993740221999	-0.00678571771424	0.0891451943993	-0.089528382447	0.0984133878882	-0.305654527372	0.0775236264933	0.168399106939	0.0179954027678	0.18941333348	-0.00872951023731	0.0124809984682	0.27165415601	-0.0478697853851	0.235770566449	5.89972332351	-53.7565366889	23.0857952718
6	3.60144884866	-3.32990228882	0.725668832971	3.19862312278	-1.58124830299	3.24017904052	0.107865898651	0.0354940748083	0.331492862668	0.0282874004925	-0.176263699232	0.000891972132679	-0.302198586235	-0.0532792179119	0.0863284194641	0.200355186861	0.0165998017351	-0.0353828483554	0.27166277214	-0.0237942796234	0.262669484342	-5.52075689197	-46.958904483	24.5305135695
7	5.32786092425	1.38097266442	-0.10211617275	4.47221821519	4.50316298357	6.28595518811	0.0639937492814	-0.254589339167	0.306855784628	-0.34149487861	-0.800599267266	1.86151491927	0.124594885914	-1.03233826199	0.547316237243	0.257552110555	0.0183755158401	-0.110017183256	0.340931523559	0.00547531542241	0.328860645767	-9.20951844973	-56.9739581626	29.570757238
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30	5.67261404097	1.24213860872	-0.883450064431	4.99980541823	-1.31825235734	7.21630046862	-0.110873832605	-0.0504271291749	0.172624198533	-0.259624222565	-0.246376410007	-0.946957385934	0.293211437178	0.700791627123	0.311748674798	0.234015364876	0.0165097683159	0.0115436104941	0.229934264174	-0.013044619391	0.260386876537	28.752860016	-5.40468132632	23.7205623863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 72 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 92 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 147 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 148 through 209 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 210 through 253 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 254 through 272 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 57 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 147 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 148 through 209 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 210 through 273 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 28 through 57 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 58 through 72 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 73 through 92 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 93 through 132 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 133 through 161 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 162 through 174 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 175 through 190 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 191 through 209 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 210 through 233 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 234 through 253 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 254 through 273 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 28 through 72 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 73 through 109 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 110 through 161 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 162 through 174 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 175 through 192 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 193 through 233 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 234 through 253 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 254 through 271 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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