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- PDB-6v6h: Crystal structure of histidine ammonia-lyase from Trypanosoma cruzi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v6h
タイトルCrystal structure of histidine ammonia-lyase from Trypanosoma cruzi
要素Histidine ammonia-lyase
キーワードLYASE / histidine ammonia-lyase / protection domain absence
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine ammonia-lyase / histidine ammonia-lyase activity / : / : / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine ammonia-lyase / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine ammonia-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Miranda, R.R. / Silva, M. / Barison, M.J. / Silber, A.M. / Iulek, J.
資金援助Belize, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development573607/2008-7 and 08/57910-0Belize
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of histidine ammonia-lyase from Trypanosoma cruzi.
著者: Miranda, R.R. / Silva, M. / Barison, M.J. / Silber, A.M. / Iulek, J.
履歴
登録2019年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 3.02026年3月18日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine ammonia-lyase
B: Histidine ammonia-lyase
C: Histidine ammonia-lyase
D: Histidine ammonia-lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,9804
ポリマ－235,9804
非ポリマー00
水11,746652
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27310 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area56040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.812, 144.555, 173.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
14
24
34
15
25
35
16
26
17
27
18
28

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and ( resseq 2:4 or resseq 6:17 or...
211chain B and ( resseq 2:4 or resseq 6:17 or...
311chain C and ( resseq 2:4 or resseq 6:17 or...
411chain D and ( resseq 2:4 or resseq 6:17 or...
112chain A and ( resid 18 or resid 25 or...
212chain B and ( resid 18 or resid 25 or...
312chain C and ( resid 18 or resid 25 or...
412chain D and ( resid 18 or resid 25 or...
113chain B and ( ( name ca or name cb or name sg ) and resseq 315:315 )
213chain C and ( ( name ca or name cb or name sg ) and resseq 315:315 )
313chain D and ( ( name ca or name cb or name sg ) and resseq 315:315 )
114chain A and ( resseq 43:43 or resseq 47:47 or resseq 184:184 )
214chain C and ( resseq 43:43 or resseq 47:47 or resseq 184:184 )
314chain D and ( resseq 43:43 or resseq 47:47 or resseq 184:184 )
115chain A and ( resseq 46:46 )
215chain B and ( resseq 46:46 )
315chain D and ( resseq 46:46 )
116chain C and ( resseq 56:56 )
216chain D and ( resseq 56:56 )
117chain A and ( resseq 368:368 )
217chain C and ( resseq 368:368 )
118chain B and ( resseq 483:484 )
218chain C and ( resseq 483:484 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

-
要素

#1: タンパク質
Histidine ammonia-lyase


分子量: 58994.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4E133, histidine ammonia-lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 mol L-1 succinic acid, 1% (w/v) PEG mme 2.000 and 0.1 mol L-1 HEPES buffer pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→111.13 Å / Num. obs: 72424 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.63 Å / Num. unique obs: 6307 / CC1/2: 0.732

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GKM

1gkm


解像度: 2.55→32.314 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 2004 2.77 %
Rwork0.1794 --
obs0.1805 72347 99.41 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→32.314 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14995 0 0 652 15647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2135488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032699
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2960X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2960X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
13C2959X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
14D2948X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
21A125X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B125X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
23C125X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
24D125X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
31B3X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C3X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
33D3X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
41A21X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42C21X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
43D21X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
51A8X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52B8X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
53D8X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
61C8X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62D8X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
71A8X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72C8X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
81B10X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82C10X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9760.11850.10080.57660.08450.64320.0195-0.05380.00070.0663-0.02420.0590.03820.00420.00440.1725-0.00490.00120.1936-0.01820.16372.374674.168789.1552
21.01120.17460.17830.669-0.00260.5244-0.00690.0277-0.0708-0.0465-0.00570.03830.16910.02720.01350.26030.0428-0.02510.2283-0.04190.2167-0.475152.384965.7051
30.6447-0.2032-0.10650.59470.01460.57160.00080.02430.05660.0093-0.02550.0323-0.07330.01790.02720.176-0.0117-0.01930.1896-0.00950.1868-1.118297.997367.2565
40.7756-0.1819-0.04250.5353-0.1360.63260.00390.1035-0.0126-0.1091-0.01630.07520.05330.0020.02270.23080.0212-0.05810.2814-0.03670.198-3.464376.348943.698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 1:700
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resseq 1:700
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resseq 1:700
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resseq 1:700

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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