PDB-6v6h: Crystal structure of histidine ammonia-lyase from Trypanosoma cruzi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v6h

タイトル

Crystal structure of histidine ammonia-lyase from Trypanosoma cruzi

要素

Histidine ammonia-lyase

キーワード

LYASE / histidine ammonia-lyase / protection domain absence

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine ammonia-lyase / histidine ammonia-lyase activity / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Miranda, R.R. / Silva, M. / Barison, M.J. / Silber, A.M. / Iulek, J.

資金援助

Belize, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of histidine ammonia-lyase from Trypanosoma cruzi.
著者: Miranda, R.R. / Silva, M. / Barison, M.J. / Silber, A.M. / Iulek, J.

履歴

登録	2019年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v6h.cif.gz	754.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v6h.ent.gz	623.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v6h_validation.pdf.gz	467.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v6h_full_validation.pdf.gz	490.5 KB	表示
XML形式データ	6v6h_validation.xml.gz	75.5 KB	表示
CIF形式データ	6v6h_validation.cif.gz	103.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gkmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kdz-2 5l6v-1 2o7d-2 4d06-d 2ohy-1 6i8a-1 5rvw-d 4tnr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Histidine ammonia-lyase

B: Histidine ammonia-lyase

C: Histidine ammonia-lyase

D: Histidine ammonia-lyase

236 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.812, 144.555, 173.762
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

#1: タンパク質	Histidine ammonia-lyase 分子量: 58994.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4E133, histidine ammonia-lyase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1 mol L-1 succinic acid, 1% (w/v) PEG mme 2.000 and 0.1 mol L-1 HEPES buffer pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→111.13 Å / Num. obs: 72424 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.55→2.63 Å / Num. unique obs: 6307 / CC_1/2: 0.732

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GKM

1gkm

解像度: 2.55→32.314 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2166	2004	2.77 %
R_work	0.1794	-	-
obs	0.1805	72347	99.41 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→32.314 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14995	0	0	652	15647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	15290
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.213	5488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2699

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2960	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2960	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	3	C	2959	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	4	D	2948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
2	1	A	125	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	125	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.002
2	3	C	125	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.002
2	4	D	125	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.002
3	1	B	3	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	C	3	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.002
3	3	D	3	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
4	1	A	21	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	C	21	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.002
4	3	D	21	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.002
5	1	A	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
5	3	D	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
6	1	C	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	D	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
7	1	A	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	C	8	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
8	1	B	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.976	0.1185	0.1008	0.5766	0.0845	0.6432	0.0195	-0.0538	0.0007	0.0663	-0.0242	0.059	0.0382	0.0042	0.0044	0.1725	-0.0049	0.0012	0.1936	-0.0182	0.1637	2.3746	74.1687	89.1552
2	1.0112	0.1746	0.1783	0.669	-0.0026	0.5244	-0.0069	0.0277	-0.0708	-0.0465	-0.0057	0.0383	0.1691	0.0272	0.0135	0.2603	0.0428	-0.0251	0.2283	-0.0419	0.2167	-0.4751	52.3849	65.7051
3	0.6447	-0.2032	-0.1065	0.5947	0.0146	0.5716	0.0008	0.0243	0.0566	0.0093	-0.0255	0.0323	-0.0733	0.0179	0.0272	0.176	-0.0117	-0.0193	0.1896	-0.0095	0.1868	-1.1182	97.9973	67.2565
4	0.7756	-0.1819	-0.0425	0.5353	-0.136	0.6326	0.0039	0.1035	-0.0126	-0.1091	-0.0163	0.0752	0.0533	0.002	0.0227	0.2308	0.0212	-0.0581	0.2814	-0.0367	0.198	-3.4643	76.3489	43.698

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resseq 1:700
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and resseq 1:700
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and resseq 1:700
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and resseq 1:700

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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