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Yorodumi- PDB-6v6f: Crystal structure of Q61L KRAS(GMPPNP)-NF1(GRD)-SPRED1(EVH1) complex -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v6f | ||||||
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Title | Crystal structure of Q61L KRAS(GMPPNP)-NF1(GRD)-SPRED1(EVH1) complex | ||||||
Components |
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Keywords | ONCOPROTEIN / Neurofibromin / RAS / Legius syndrome / RasGAP / GAP / SPRED / K-Ras / EVH1 / GRD | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of protein deacetylation / negative regulation of lens fiber cell differentiation / stem cell factor receptor binding / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration ...regulation of protein deacetylation / negative regulation of lens fiber cell differentiation / stem cell factor receptor binding / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mast cell proliferation / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / mast cell apoptotic process / Schwann cell proliferation / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mast cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of adenylate cyclase activity / forebrain morphogenesis / hair follicle maturation / regulation of cell-matrix adhesion / regulation of blood vessel endothelial cell migration / smooth muscle tissue development / camera-type eye morphogenesis / cell communication / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / peripheral nervous system development / sympathetic nervous system development / myeloid leukocyte migration / myelination in peripheral nervous system / phosphatidylcholine binding / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / metanephros development / negative regulation of Ras protein signal transduction / phosphatidylethanolamine binding / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / regulation of bone resorption / collagen fibril organization / regulation of long-term synaptic potentiation / neural tube development / endothelial cell proliferation / forebrain astrocyte development / artery morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / pigmentation / regulation of postsynapse organization / negative regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of synaptic transmission, GABAergic / adrenal gland development / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of GTPase activity / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / spinal cord development / Rac protein signal transduction / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of MAPK cascade / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / oligodendrocyte differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / negative regulation of astrocyte differentiation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuroblast proliferation / Signalling to RAS / negative regulation of MAPK cascade / SHC-related events triggered by IGF1R / phosphatase binding / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / glial cell proliferation / regulation of angiogenesis / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Schwann cell development Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.542 Å | ||||||
Authors | Yan, W. / Simanshu, D.K. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2020 Title: Structural Insights into the SPRED1-Neurofibromin-KRAS Complex and Disruption of SPRED1-Neurofibromin Interaction by Oncogenic EGFR. Authors: Yan, W. / Markegard, E. / Dharmaiah, S. / Urisman, A. / Drew, M. / Esposito, D. / Scheffzek, K. / Nissley, D.V. / McCormick, F. / Simanshu, D.K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6v6f.cif.gz | 255.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6v6f.ent.gz | 202.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6v6f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6v6f_validation.pdf.gz | 350.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6v6f_full_validation.pdf.gz | 350.5 KB | Display | |
Data in XML | 6v6f_validation.xml.gz | 1.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6v6f_validation.cif.gz | 7.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6f | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6v65SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 12853.724 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SPRED1 / Production host: unidentified baculovirus / References: UniProt: Q7Z699 |
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#2: Protein | Mass: 37570.180 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NF1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P21359 |
#3: Protein | Mass: 19313.840 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Q61L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KRAS, KRAS2, RASK2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P01116 |
-Non-polymers , 5 types, 32 molecules
#4: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||
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#5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Chemical | ChemComp-GNP / | #7: Chemical | ChemComp-MG / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.8 Details: 100 mM Tris pH 7.8, 100 mM ammonium sulfate, 300 mM sodium formate, 3% PEG3350, 3.5% PGA-LM 10% detergent ANAPOE-80 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 9, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.54→78.321 Å / Num. obs: 25489 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.387 % / Biso Wilson estimate: 68.213 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 11.47 / Num. measured all: 86332 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6V65 Resolution: 2.542→78.321 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 36.13
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 185.43 Å2 / Biso mean: 87.9056 Å2 / Biso min: 36.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.542→78.321 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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