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- PDB-6v6a: Inhibitory scaffolding of the ancient MAPK, ERK7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v6a
タイトルInhibitory scaffolding of the ancient MAPK, ERK7
要素
  • Apical Cap Protein 9 (AC9)
  • Mitogen-activated protein kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein kinase / MAPK / intrinsically-disordered protein / scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / protein serine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dewangan, P.S. / O'Shaughnessy, W.J. / Back, P.S. / Hu, X. / Bradley, P.J. / Reese, M.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1553334 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI123360 米国
Welch FoundationI-1936-20170325 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Ancient MAPK ERK7 is regulated by an unusual inhibitory scaffold required forToxoplasmaapical complex biogenesis.
著者: Back, P.S. / O'Shaughnessy, W.J. / Moon, A.S. / Dewangan, P.S. / Hu, X. / Sha, J. / Wohlschlegel, J.A. / Bradley, P.J. / Reese, M.L.
履歴
登録2019年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase
B: Apical Cap Protein 9 (AC9)
C: Mitogen-activated protein kinase
D: Apical Cap Protein 9 (AC9)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8959
ポリマ－88,5854
非ポリマー3105
水8,971498
1
A: Mitogen-activated protein kinase
B: Apical Cap Protein 9 (AC9)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4795
ポリマ－44,2922
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
2
C: Mitogen-activated protein kinase
D: Apical Cap Protein 9 (AC9)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4174
ポリマ－44,2922
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.890, 52.938, 67.800
Angle α, β, γ (deg.)82.550, 84.580, 81.350
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase


分子量: 40717.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: RH / 遺伝子: MAPK2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2QDG8, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Apical Cap Protein 9 (AC9)


分子量: 3574.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: RH / 遺伝子: TGGT1_246950 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S7V0W9
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.15 M DL-Malic acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.89 Å / Num. obs: 39049 / % possible obs: 96.68 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 17.81 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.05342 / Rpim(I) all: 0.03903 / Rrim(I) all: 0.0665 / Net I/σ(I): 15.17
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1976 / Mean I/σ(I) obs: 3.48 / Num. unique obs: 3083 / CC1/2: 0.894 / Rpim(I) all: 0.1898 / Rrim(I) all: 0.2744 / % possible all: 76.39

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrysalisPro40.37aデータ削減
CrysalisPro40.37aデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OZ6

3oz6


解像度: 2.1→29.89 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 1718 4.4 %
Rwork0.1583 --
obs0.1607 39043 96.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 162.23 Å2 / Biso mean: 29.4177 Å2 / Biso min: 4.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5422 0 20 498 5940
Biso mean--44.08 31.59 -
残基数----682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.617565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8762134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044839
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004970
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.160.23411100.17892406251675
2.16-2.230.24831360.17952968310492
2.23-2.310.24961290.17383142327197
2.31-2.40.21281620.16813175333799
2.4-2.510.22561460.16693179332599
2.51-2.650.23921460.162931763322100
2.65-2.810.21481550.163432243379100
2.81-3.030.24761370.165232133350100
3.03-3.330.20291460.159432123358100
3.33-3.810.19441520.140332283380100
3.81-4.80.17571500.124932053355100
4.8-29.890.20431490.17773197334699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3674-1.30160.09492.04550.030.43740.09470.27780.0667-0.2312-0.03730.218-0.0497-0.17040.22820.12530.0642-0.01640.26950.09680.2903-7.873815.073259.6324
22.41640.94050.9542.3251-1.56462.6126-0.00310.1558-0.2143-0.19380.11690.07080.0929-0.2191-0.09260.14090.05680.01890.26780.04120.2677-12.45233.683265.2181
30.6947-0.82720.06491.5633-0.28910.08320.03440.2075-0.1245-0.02980.180.4949-0.1897-0.44010.36340.0877-0.0011-0.00020.32410.07820.2831-12.83737.061867.3945
40.5644-0.12510.26311.2379-0.52451.8230.00310.03070.10760.13360.02960.0894-0.113-0.07220.03120.09090.020.00140.09260.00790.09662.1013.81376.5292
50.7126-0.4921-0.21011.6652-0.36451.6195-0.0616-0.0019-0.1276-0.0880.03830.11110.1758-0.08240.03920.1017-0.0198-0.01750.0920.00770.07312.6033-10.88974.3152
61.7980.28750.20232.4043-0.32464.14130.07-0.1237-0.03280.04320.1646-0.45480.39660.401-0.02060.11550.03620.00540.1517-0.03420.121414.8819-14.547571.3607
72.89971.0450.89251.5949-0.46463.27120.0366-0.1126-0.47890.39570.0779-0.26910.96630.2695-0.02580.44930.0518-0.03670.18140.00350.25937.798-28.128476.611
81.32580.4572-0.08553.07730.60162.29970.0351-0.0278-0.25670.16150.0754-0.44840.26430.4095-0.00070.1580.0378-0.03440.17670.020.145114.2846-12.421983.8869
97.42831.64810.47883.8340.2844.50930.0726-0.32420.14540.36020.00710.1207-0.2043-0.0478-0.01480.19790.0328-0.00460.1535-0.00020.06133.46330.327992.5715
101.50390.04220.89781.2402-1.32423.5352-0.16630.14530.0361-0.24120.37510.6783-0.0271-1.0366-0.20050.2508-0.0324-0.03120.53040.05210.5191-19.6226-0.383771.1741
112.63960.39441.11021.69330.32444.23460.0324-0.05610.3480.1721-0.0820.0053-0.1648-0.06710.10270.18690.01980.00180.0704-0.00770.16046.701212.674675.9905
121.1276-0.16970.0176.5923-2.45193.61740.00280.14930.2727-0.4675-0.09260.3071-0.24890.0756-0.05310.14340.0186-0.01860.15390.02560.1395.2738-4.909261.9743
131.74470.0279-0.55131.6120.2271.3404-0.12680.3427-0.3564-0.35240.0277-0.25580.20670.0732-0.05840.22580.00120.06430.22-0.05020.197423.217214.94638.412
140.3875-0.03720.31331.3625-0.42592.2379-0.03910.02370.0544-0.0839-0.0151-0.0073-0.2546-0.0656-0.01690.11740.0115-0.00890.1331-0.00540.096213.266135.121445.8945
151.83670.203-1.30561.9430.16195.3949-0.02130.0746-0.4265-0.2864-0.0469-0.07840.31140.05550.07290.20070.01010.00880.1226-0.00640.224313.238310.146348.8747
162.94181.4044-0.16290.9937-1.22674.0935-0.02150.3137-0.2939-0.39370.0220.0650.51170.096-0.67520.26970.0208-0.06390.2448-0.07560.097611.921723.212230.3962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 32 )A4 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 67 )A33 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 87 )A68 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 88 through 152 )A88 - 152
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 153 through 216 )A153 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 217 through 237 )A217 - 237
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 238 through 259 )A238 - 259
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 260 through 296 )A260 - 296
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 297 through 314 )A297 - 314
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 315 through 349 )A315 - 349
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 420 through 440 )B420 - 440
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 441 through 452 )B441 - 452
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 5 through 177 )C5 - 177
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 178 through 324 )C178 - 324
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 420 through 440 )D420 - 440
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 441 through 452 )D441 - 452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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