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万見
- PDB-6v58: Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v58
タイトルCoiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad
要素Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad
キーワードDE NOVO PROTEIN / Trimer / Helix
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Smith, M.S. / Stern, K.L. / Billings, W.M. / Price, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR15 GM116055-01 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Context-Dependent Stabilizing Interactions among Solvent-Exposed Residues along the Surface of a Trimeric Helix Bundle.
著者: Stern, K.L. / Smith, M.S. / Billings, W.M. / Loftus, T.J. / Conover, B.M. / Della Corte, D. / Price, J.L.
履歴
登録2019年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad
B: Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7332
ポリマ－7,7332
非ポリマー00
水41423
1
A: Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad

A: Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad

A: Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5993
ポリマ－11,5993
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area6340 Å2
手法PISA
2
B: Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad

B: Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad

B: Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5993
ポリマ－11,5993
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area6710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.068, 39.068, 113.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-111-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Coiled-coil Trimer with Glu:Norleucine:Lys Triad


分子量: 3866.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40% v/v PEG600, 100 mM sodium citrate tribasic/citric acid, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.78 Å / Num. obs: 3261 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1210 / CC1/2: 0.796 / Rpim(I) all: 0.248 / Rrim(I) all: 0.408

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2906精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5UXT

5uxt


解像度: 2.201→37.78 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2791 580 9.54 %
Rwork0.2036 --
obs0.2111 3261 92.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.57 Å2 / Biso mean: 38.0147 Å2 / Biso min: 21.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.201→37.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数533 0 0 23 556
Biso mean---41.78 -
残基数----67
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2014-2.42240.30821210.2049121081
2.4224-2.77170.30771350.2352137893
2.7717-3.48740.32451580.2167143198
3.4874-37.780.24221660.1871147899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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