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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v57 | ||||||
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タイトル | Coiled-coil Trimer with Glu:Norvaline:Lys Triad | ||||||
要素 | Coiled-coil Trimer with Glu:Norvaline:Lys Triad | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / Trimer / Helix | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.696 Å | ||||||
データ登録者 | Smith, M.S. / Stern, K.L. / Billings, W.M. / Price, J.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020 タイトル: Context-Dependent Stabilizing Interactions among Solvent-Exposed Residues along the Surface of a Trimeric Helix Bundle. 著者: Stern, K.L. / Smith, M.S. / Billings, W.M. / Loftus, T.J. / Conover, B.M. / Della Corte, D. / Price, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v57.cif.gz | 28.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v57.ent.gz | 18.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v57.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v57_validation.pdf.gz | 410.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v57_full_validation.pdf.gz | 410.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6v57_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v57_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/6v57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/6v57 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6os8C 6osdC 6ov9C 6ovsC 6ovuC 6ovvC 6q1wC 6q22C 6q25C 6u47C 6v4yC 6v50C 6v58C 6v5gC 6v5iC 6v5jC 5uxtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3852.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 40% v/v PEG600, 100 mM sodium citrate tribasic/citric acid, pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5406 Å |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.696→19.16 Å / Num. obs: 6357 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.696→1.7641 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1233 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.174 / Rrim(I) all: 0.383 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5UXT 解像度: 1.696→19.16 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.15
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 41.34 Å2 / Biso mean: 15.2013 Å2 / Biso min: 3.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.696→19.16 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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