PDB-6v4s: A Closed pore conformation of a Pentameic ligand-gated ion channe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v4s

タイトル

A Closed pore conformation of a Pentameic ligand-gated ion channel with additional N-terminal domain

要素

Neur_chan_LBD domain-containing protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.55 Å

データ登録者

Delarue, M. / Hu, H.D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for allosteric transitions of a multidomain pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Hu, H. / Howard, R.J. / Bastolla, U. / Lindahl, E. / Delarue, M.

履歴

登録	2019年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v4s.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v4s.ent.gz	1019.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v4s_validation.pdf.gz	749.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v4s_full_validation.pdf.gz	759 KB	表示
XML形式データ	6v4s_validation.xml.gz	4.8 KB	表示
CIF形式データ	6v4s_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6v4aC 6v4bC 2vl0S 4hfiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7299 20085 0639 5wp6-d 10555 7081 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Neur_chan_LBD domain-containing protein

E: Neur_chan_LBD domain-containing protein

D: Neur_chan_LBD domain-containing protein

C: Neur_chan_LBD domain-containing protein

B: Neur_chan_LBD domain-containing protein

ヘテロ分子

364 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.406, 337.254, 111.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 35 - 639 / Label seq-ID: 35 - 639

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 15分子 AEDCB

#1: タンパク質	Neur_chan_LBD domain-containing protein 分子量: 71733.992 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) uncultured Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア) 遺伝子: N839_03575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V4JF97
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 22分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Tris pH 7.5, 250 mM CaCl2, 14.5% (w/v) PEG-MME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.55→48.18 Å / Num. obs: 73420 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 3.55→3.64 Å / 冗長度: 12.7 % / Num. unique obs: 5125 / CC_1/2: 0.372 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VL0, 4HFI

2vl0

4hfi

解像度: 3.55→48.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 83.933 / SU ML: 0.508 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.615
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2681	3250	5 %	RANDOM
R_work	0.1935	-	-	-
obs	0.1972	62330	88.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 319.72 Å² / B_iso mean: 140.679 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.69 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	18.68 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.55→48.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22983	0	268	5	23256
B_iso mean	-	-	195.88	105.66	-
残基数	-	-	-	-	2941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	23775
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	21744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.269	1.968	32366
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.224	3	50300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.998	5	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.774	24.166	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.95	15	3706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.803	15	135
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	26354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.033	3	45519
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	83.697	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	41.827	5	44989

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	35874	0.07
1	2	E	35874	0.07
2	1	A	36068	0.06
2	2	D	36068	0.06
3	1	A	35708	0.07
3	2	C	35708	0.07
4	1	A	35958	0.06
4	2	B	35958	0.06
5	1	E	36344	0.06
5	2	D	36344	0.06
6	1	E	36068	0.07
6	2	C	36068	0.07
7	1	E	35960	0.07
7	2	B	35960	0.07
8	1	D	36404	0.06
8	2	C	36404	0.06
9	1	D	36318	0.06
9	2	B	36318	0.06
10	1	C	36180	0.06
10	2	B	36180	0.06

LS精密化シェル

解像度: 3.551→3.643 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.423	115	-
R_work	0.366	2226	-
all	-	2341	-
obs	-	-	43.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4006	0.5425	0.1392	4.7294	-0.2844	0.6829	-0.1315	0.5036	0.7403	-0.9793	0.1528	-0.057	-0.4435	0.096	-0.0213	0.8692	0.0005	0.1169	0.2103	0.2365	0.572	11.275	415.748	224.455
2	0.6348	0.4	-0.1407	2.516	-0.099	0.9347	-0.0192	-0.0556	0.3661	-0.1625	0.0792	-0.2855	-0.5967	0.2923	-0.06	0.708	-0.144	0.0006	0.1071	-0.0334	0.5997	29.643	416.455	253.864
3	0.9056	0.5736	0.1149	2.2465	0.544	0.8103	-0.0434	-0.2474	0.5571	0.1347	0.0852	0.085	-0.4157	0.0594	-0.0419	0.6162	-0.0044	-0.0043	0.1044	-0.1653	0.5337	7.771	416.773	280.385
4	0.6337	-0.251	-0.1151	4.1827	0.699	1.0568	-0.0306	-0.1509	0.4414	0.1957	0.0262	0.4703	-0.5351	-0.256	0.0044	0.4876	0.1535	-0.0082	0.1232	-0.0995	0.5822	-24.889	416.898	268.028
5	1.311	-0.7941	-0.0257	4.5331	-0.19	0.6886	-0.0412	0.2877	0.5809	-0.4976	0.0722	0.2895	-0.515	-0.2449	-0.031	0.7629	0.1363	-0.1492	0.1665	0.1241	0.4844	-23.071	416.132	232.484

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	200 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	322 - 514
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	515 - 639
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	35 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	200 - 308
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	320 - 514
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	515 - 639
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	35 - 196
10	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201 - 311
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	321 - 514
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	515 - 639
13	X-RAY DIFFRACTION	4	D	35 - 196
14	X-RAY DIFFRACTION	4	D	200 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	4	D	319 - 514
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	515 - 639
17	X-RAY DIFFRACTION	5	E	35 - 196
18	X-RAY DIFFRACTION	5	E	200 - 311
19	X-RAY DIFFRACTION	5	E	319 - 514
20	X-RAY DIFFRACTION	5	E	515 - 639

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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