PDB-6v4m: Trichuris suis BCL-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v4m

タイトル

Trichuris suis BCL-2

要素

BCL-2

キーワード

APOPTOSIS / BCL-2 / helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of apoptotic process / membrane => GO:0016020 / apoptotic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichuris suis (豚鞭虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.599 Å

データ登録者

Fairlie, W.D. / Lee, E.F. / Smith, B.J.

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Diversity in the intrinsic apoptosis pathway of nematodes.
著者: Young, N.D. / Harris, T.J. / Evangelista, M. / Tran, S. / Wouters, M.A. / Soares da Costa, T.P. / Kershaw, N.J. / Gasser, R.B. / Smith, B.J. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D.

履歴

登録	2019年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v4m.cif.gz	85.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v4m.ent.gz	63 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v4m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v4m_validation.pdf.gz	261.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v4m_full_validation.pdf.gz	261.2 KB	表示
XML形式データ	6v4m_validation.xml.gz	1.1 KB	表示
CIF形式データ	6v4m_validation.cif.gz	3.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fdlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sj9-d 3cbq-d 1avu-d 2y2e-2 6qgk-d 6avx-d 5kde-d 2y2b-3 3wiy-5 2esl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: BCL-2

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.248, 55.248, 111.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-425- HOH

#1: タンパク質	BCL-2 分子量: 19572.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichuris suis (豚鞭虫) / 遺伝子: M513_07322, M514_07322 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085NFU1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-chloride pH8.5, 0.2M Lithium sulphate, 2M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.599→39.199 Å / Num. obs: 23576 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 25.15
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3.94 / Num. unique obs: 3723 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11_2567	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Auto-Rickshaw		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FDL Chain A

3fdl

解像度: 1.599→39.199 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1916	1179	5 %
R_work	0.1689	-	-
obs	0.17	23576	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.44 Å² / B_iso mean: 21.1672 Å² / B_iso min: 8.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.599→39.199 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1279	0	8	121	1408
B_iso mean	-	-	71.33	30.52	-
残基数	-	-	-	-	163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1361
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.774	1851
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	204
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.659	814

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.599-1.6715	0.2453	144	0.2165	2733
1.6715-1.7596	0.1885	144	0.1856	2736
1.7596-1.8698	0.1823	145	0.1758	2756
1.8698-2.0142	0.2167	145	0.1721	2752
2.0142-2.2169	0.1886	146	0.1623	2783
2.2169-2.5376	0.2107	147	0.1638	2789
2.5376-3.1969	0.1972	149	0.1845	2839
3.1969-3.9199	0.1697	159	0.1541	3009

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 36.4645 Å / Origin y: -5.4155 Å / Origin z: 38.9164 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0801 Å²	-0.006 Å²	-0.0017 Å²	-	0.1179 Å²	0.0018 Å²	-	-	0.1027 Å²
L	1.1453 °²	0.0845 °²	0.4285 °²	-	1.1668 °²	0.2686 °²	-	-	1.7896 °²
S	-0.022 Å °	0.084 Å °	-0.055 Å °	-0.0089 Å °	0.0123 Å °	-0.0118 Å °	-0.0038 Å °	0.098 Å °	0.011 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	6 - 168
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	Z	2 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 3
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1

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関連情報:EMDBヘッダ

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