PDB-6v48: The crystal structure of hemagglutinin from A/mallard/Gurjev/263/...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v48

タイトル

The crystal structure of hemagglutinin from A/mallard/Gurjev/263/1982 (H14N5)

要素

Hemagglutinin HA1 chain
Hemagglutinin HA2 chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / Influenza / avian / H14

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.004 Å

データ登録者

Yang, H. / Stevens, J.

引用

ジャーナル: Heliyon / 年: 2020
タイトル: Molecular characterization and three-dimensional structures of avian H8, H11, H14, H15 and swine H4 influenza virus hemagglutinins
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J. / Stevens, J.

履歴

登録	2019年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDBx/mmCIF形式	6v48.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v48.ent.gz	935.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6v48_validation.pdf.gz	996.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v48_full_validation.pdf.gz	999.2 KB	表示
XML形式データ	6v48_validation.xml.gz	3 KB	表示
CIF形式データ	6v48_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v48	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6v44C 6v46C 6v47C 6v49C 3eyjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p6p-2 4wsw-d 6pcx-1 4wss-1 6pd5-1 3ubj-2 4kwm-1 5z88-1 3m6s-2 3hmg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

C: Hemagglutinin HA1 chain

D: Hemagglutinin HA2 chain

E: Hemagglutinin HA1 chain

F: Hemagglutinin HA2 chain

G: Hemagglutinin HA1 chain

H: Hemagglutinin HA2 chain

I: Hemagglutinin HA1 chain

J: Hemagglutinin HA2 chain

K: Hemagglutinin HA1 chain

L: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

355 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

E: Hemagglutinin HA1 chain

F: Hemagglutinin HA2 chain

K: Hemagglutinin HA1 chain

L: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
177 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Hemagglutinin HA1 chain

D: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

G: Hemagglutinin HA1 chain

H: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

I: Hemagglutinin HA1 chain

J: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.665, 100.974, 236.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.930, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain C
3	1	chain E
4	1	chain G
5	1	chain I
6	1	chain K
1	2	chain B
2	2	chain D
3	2	chain F
4	2	chain H
5	2	chain J
6	2	chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	GLY	GLY	chain A	A	A	9 - 327	13 - 331
2	1	GLY	GLY	GLY	GLY	chain C	C	C	9 - 327	13 - 331
3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	chain E	E	E	9 - 327	13 - 331
4	1	GLY	GLY	GLY	GLY	chain G	G	G	9 - 327	13 - 331
5	1	GLY	GLY	GLY	GLY	chain I	I	I	9 - 327	13 - 331
6	1	GLY	GLY	GLY	GLY	chain K	K	K	9 - 327	13 - 331
1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	chain B	B	B	5 - 172	5 - 172
2	2	ALA	ALA	LYS	LYS	chain D	D	D	5 - 172	5 - 172
3	2	ALA	ALA	LYS	LYS	chain F	F	F	5 - 172	5 - 172
4	2	ALA	ALA	LYS	LYS	chain H	H	H	5 - 172	5 - 172
5	2	ALA	ALA	LYS	LYS	chain J	J	J	5 - 172	5 - 172
6	2	ALA	ALA	LYS	LYS	chain L	L	L	5 - 172	5 - 172

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質

Hemagglutinin HA1 chain

分子量: 36407.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (strain A/Mallard/Gurjev/263/1982 H14N5) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Mallard/Gurjev/263/1982 H14N5 / 遺伝子: HA / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P26136

#2: タンパク質

Hemagglutinin HA2 chain

分子量: 21617.939 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (strain A/Mallard/Gurjev/263/1982 H14N5) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Mallard/Gurjev/263/1982 H14N5 / 遺伝子: HA / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P26136

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.2M Sodium cacodylate trihydrate pH5.5, 20% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 79098 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / Num. unique obs: 3949 / R_sym value: 0.56

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EYJ

3eyj

解像度: 3.004→45.11 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2602	3949	4.99 %
R_work	0.2242	-	-
obs	0.226	79098	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 219.19 Å² / B_iso mean: 60.2983 Å² / B_iso min: 1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.004→45.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22902	0	420	0	23322
B_iso mean	-	-	80.31	-	-
残基数	-	-	-	-	2922

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5898	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
1	2	C	5898	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
1	3	E	5898	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
1	4	G	5898	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
1	5	I	5898	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
1	6	K	5898	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
2	1	B	3138	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
2	2	D	3138	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
2	3	F	3138	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
2	4	H	3138	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
2	5	J	3138	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL
2	6	L	3138	X-RAY DIFFRACTION	0.827	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.004-3.0402	0.3334	108	0.3062	2168	80
3.0402-3.0787	0.3306	128	0.2858	2677	100
3.0787-3.1192	0.3083	148	0.2841	2691	100
3.1192-3.1619	0.372	99	0.2936	2741	100
3.1619-3.2071	0.3545	119	0.2802	2683	100
3.2071-3.2549	0.3183	134	0.2503	2789	100
3.2549-3.3058	0.2795	138	0.2585	2614	100
3.3058-3.36	0.2878	165	0.2598	2728	100
3.36-3.4179	0.3195	136	0.2634	2636	100
3.4179-3.48	0.2876	159	0.2493	2730	100
3.48-3.5469	0.2884	128	0.2448	2623	100
3.5469-3.6193	0.2692	154	0.224	2734	100
3.6193-3.6979	0.233	169	0.2182	2661	100
3.6979-3.7839	0.2038	131	0.2189	2694	100
3.7839-3.8785	0.2404	122	0.201	2788	100
3.8785-3.9833	0.2531	151	0.2104	2632	100
3.9833-4.1004	0.2626	139	0.2062	2678	100
4.1004-4.2327	0.2058	166	0.1999	2727	100
4.2327-4.3839	0.2179	141	0.186	2731	100
4.3839-4.5592	0.2491	155	0.1931	2647	100
4.5592-4.7665	0.2444	143	0.1783	2717	100
4.7665-5.0175	0.2402	142	0.1838	2724	100
5.0175-5.3314	0.186	145	0.185	2698	100
5.3314-5.7423	0.2597	168	0.2039	2656	100
5.7423-6.3188	0.2588	131	0.2128	2784	100
6.3188-7.2299	0.2659	156	0.2169	2737	100
7.2299-9.0966	0.2415	141	0.2212	2732	100
8-9.1	0.2798	133	0.246	2729	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.5013 Å / Origin y: -0.8205 Å / Origin z: 53.148 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0007 Å²	0.0066 Å²	0.0026 Å²	-	0.0599 Å²	0.0025 Å²	-	-	0.0419 Å²
L	0.0754 °²	0.019 °²	-0.0092 °²	-	0.1252 °²	-0.0309 °²	-	-	0.0244 °²
S	0.0171 Å °	-0.0783 Å °	0.0117 Å °	0.0802 Å °	-0.0103 Å °	0.0455 Å °	-0.0231 Å °	0.0248 Å °	0.0015 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	9 - 327
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	501 - 602
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	5 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	201 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	9 - 327
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	501 - 602
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	5 - 172
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	201 - 202
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	9 - 327
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	501 - 602
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	5 - 172
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	201 - 202
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	9 - 327
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	501 - 602
15	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	5 - 172
16	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	201 - 202
17	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	9 - 327
18	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	501 - 602
19	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	5 - 172
20	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	201 - 202
21	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	9 - 327
22	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	501 - 602
23	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	5 - 172
24	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	201 - 202

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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