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万見
- PDB-6v3z: Structure of Salmonella enteritidis Sen1395 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v3z
タイトルStructure of Salmonella enteritidis Sen1395
要素Sen1395
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Muramidase Lysozyme-like Peptidoglycan-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
TtsA-like, Glycoside hydrolase family 108 domain / Peptidoglycan binding domain / Glycosyl hydrolase 108 / Predicted Peptidoglycan domain / Chitosanase, subunit A; domain 1 / Chitosanase, subunit A, domain 1 / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoside hydrolase family 108 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enteritidis (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Galan, J.E. / Lara-Tejero, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2R01AI114618-06 米国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Mechanisms of substrate recognition by a typhoid toxin secretion-associated muramidase.
著者: Geiger, T. / Lara-Tejero, M. / Xiong, Y. / Galan, J.E.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanisms of substrate recognition by a typhoid toxin secretion-associated muramidase
著者: Geiger, T. / Lara-Tejero, M. / Xiong, Y. / Galan, J.E.
履歴
登録2019年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sen1395
B: Sen1395


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9152
ポリマ－44,9152
非ポリマー00
水91951
1
A: Sen1395

B: Sen1395


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9152
ポリマ－44,9152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.374, 49.371, 58.639
Angle α, β, γ (deg.)91.410, 107.550, 93.610
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 11 - 186 / Label seq-ID: 21 - 196

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Sen1395 / Putative secretion activating protein


分子量: 22457.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enteritidis (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1R2HMX1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7.0 and 20% w/v PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.27 Å / Num. obs: 26682 / % possible obs: 89.85 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.25
反射 シェル解像度: 1.904→1.972 Å / Rmerge(I) obs: 0.572 / Num. unique obs: 2484 / CC1/2: 0.376

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TTSA

解像度: 1.9→49.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 12.728 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23616 1317 5 %RANDOM
Rwork0.20144 ---
obs0.20315 25201 89.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.678 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.98 Å2-3.16 Å21.33 Å2
2--2.73 Å2-1.32 Å2
3----4.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2835 0 0 51 2886
Biso mean---54.34 -
残基数----356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.6563899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4511.5916231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0145354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.19220.889180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.54315508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9491532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1064.2121422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1054.2081421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6156.3051774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6146.311775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9144.6881471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9134.6921472
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0586.8322126
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.93678.90912257
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.93678.89312242
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5497 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.904→1.954 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5 85 -
Rwork0.475 1599 -
all-1684 -
obs--76.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0504-0.0527-0.84010.1767-0.22934.04930.02330.42810.11010.1061-0.1365-0.0362-0.13120.28890.11310.1031-0.0450.03110.21480.08580.0885-55.695-44.37739.8875
20.88450.6177-0.72970.6323-0.10791.55350.1262-0.06420.0144-0.03880.02290.0257-0.34060.1607-0.14910.1391-0.005-0.03170.09040.02620.1967-64.4336-53.003532.5644
31.7081-0.4205-0.60280.10390.11936.3211-0.6586-0.1351-0.34830.16210.04060.0846-0.031-0.16350.6180.27920.02850.10460.10420.03330.1169-54.6209-31.526950.4774
40.48640.8167-0.07161.76830.48881.07490.04280.0174-0.00220.084-0.0615-0.0350.089-0.04910.01870.07370.0586-0.03980.09550.03350.2012-42.8011-24.47129.1172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2A70 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3B10 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4B70 - 186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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