[日本語] English
万見
- PDB-6v3o: Crystal structure of the T-state of maize C4-phosphoenolpyruvate ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v3o
タイトルCrystal structure of the T-state of maize C4-phosphoenolpyruvate carboxylase in complex with citrate
要素Phosphoenolpyruvate carboxylase
キーワードLYASE / C4 metabolism / allosteric regulation / R and T states / Plant Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to cytokinin / phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / response to nitrate / leaf development / response to ammonium ion / carbon fixation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxylase, Lys active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase, bacterial/plant-type / Phosphoenolpyruvate carboxylase, His active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 2. / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 1. / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / phosphoenolpyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.909 Å
データ登録者Carrizosa-Carbajal, E.I. / Munoz-Clares, R.A. / Gonzalez-Segura, L.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Programa de Apoyo a Proyectos de Investigacion e Innovacion Tecnologica (PAPIIT)IN227920 メキシコ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Two new T-state crystal structures of maize C 4 -phosphoenolpyruvate carboxylase reveal and suggest novel structural features of the allosteric regulation and carboxylation step.
著者: Carrizosa-Carbajal, E.I. / Gonzalez-Segura, L. / Munoz-Clares, R.A.
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年5月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxylase
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase
C: Phosphoenolpyruvate carboxylase
D: Phosphoenolpyruvate carboxylase
E: Phosphoenolpyruvate carboxylase
F: Phosphoenolpyruvate carboxylase
G: Phosphoenolpyruvate carboxylase
H: Phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)879,42439
ポリマ－875,8728
非ポリマー3,55231
水1086
1
A: Phosphoenolpyruvate carboxylase
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase
C: Phosphoenolpyruvate carboxylase
D: Phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)439,77319
ポリマ－437,9364
非ポリマー1,83715
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15860 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area136390 Å2
手法PISA
2
E: Phosphoenolpyruvate carboxylase
F: Phosphoenolpyruvate carboxylase
G: Phosphoenolpyruvate carboxylase
H: Phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)439,65120
ポリマ－437,9364
非ポリマー1,71516
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16440 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area135430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.692, 217.976, 173.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Phosphoenolpyruvate carboxylase


分子量: 109484.016 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ppc1 / プラスミド: pET32-ZmPEPC-C4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: Q84KR7, UniProt: P04711*PLUS, phosphoenolpyruvate carboxylase

-
非ポリマー , 5種, 37分子

#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE/KOH, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 12% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.909→49.2 Å / Num. obs: 225088 / % possible obs: 98.46 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.65 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.91→3.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.523 / Num. unique obs: 103014

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6U2T

6u2t


解像度: 2.909→49.198 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2495 11280 5.01 %
Rwork0.2184 213771 -
obs0.2199 225051 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.39 Å2 / Biso mean: 60.6344 Å2 / Biso min: 34.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.909→49.198 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数59474 0 208 6 59688
Biso mean--69.8 44.57 -
残基数----7480
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.909-2.94210.37153060.3193573779
2.9421-2.97670.3363910.27557121100
2.9767-3.0130.32613780.27227228100
3.013-3.05110.30893460.2696722599
3.0511-3.09130.29753530.2588717099
3.0913-3.13360.31283810.2637721499
3.1336-3.17840.29514080.2648711099
3.1784-3.22580.33333900.2703709899
3.2258-3.27620.29223560.2642720998
3.2762-3.32990.32073920.2636703898
3.3299-3.38730.2893380.2582707198
3.3873-3.44890.29483830.2583706597
3.4489-3.51520.29773810.2521707898
3.5152-3.58690.27073580.23547174100
3.5869-3.66490.25334170.2327161100
3.6649-3.75010.2553950.23257247100
3.7501-3.84390.28273610.23367222100
3.8439-3.94780.2513660.2317263100
3.9478-4.06390.25113590.21827194100
4.0639-4.1950.24753900.21637200100
4.195-4.34480.24174140.209717899
4.3448-4.51870.25913620.21017215100
4.5187-4.72420.24513880.2064716699
4.7242-4.9730.24413400.2023713698
4.973-5.28430.22053870.2063704697
5.2843-5.69170.24623930.21057248100
5.6917-6.26350.23823840.22087252100
6.2635-7.16740.2213950.19537253100
7.1674-9.02110.16073570.1529725699
9.0211-49.1980.16474110.1511719698

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る