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- PDB-6v04: DynU16 crystal structure, a putative protein in the dynemicin bio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v04
タイトルDynU16 crystal structure, a putative protein in the dynemicin biosynthetic locus
要素Uncharacterized SRPBCC domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / dynemicin / START domain / SRPBCC domain / cyclase/aromatase
機能・相同性Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START-like domain superfamily / Uncharacterized conserved protein YndB, AHSA1/START domain
機能・相同性情報
生物種Micromonospora chersina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Alvarado, S.K. / Miller, M.D. / Bhardwaj, M. / Thorson, J.S. / Van Lanen, S.G. / Phillips Jr., G.N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM115261 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA217255 米国
National Science Foundation (NSF, United States)STC 1231306 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of DynU16, a START/Bet v1-like protein involved in dynemicin biosynthesis.
著者: Alvarado, S.K. / Miller, M.D. / Bhardwaj, M. / Thorson, J.S. / Van Lanen, S.G. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年4月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12021年9月15日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized SRPBCC domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0896
ポリマ－31,9361
非ポリマー1545
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, gel filtration supports monomeric state in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.171, 73.171, 123.944
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-246-

ARG

21A-301-

NA

31A-614-

HOH

41A-629-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized SRPBCC domain-containing protein


分子量: 31935.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora chersina (バクテリア)
遺伝子: GA0070603_4194 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2BM46
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1ul:1ul, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 0.2M MgCl2, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.31 Å / Num. obs: 112506 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 8.974 % / Biso Wilson estimate: 33.908 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 1.162 / Net I/σ(I): 23.16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.64.6370.7151.39139930.7990.80673.1
1.6-1.716.8290.4253.07176460.9570.4698.5
1.71-1.8410.4630.2417.47166760.9920.25499.9
1.84-2.0210.4820.11815.28153310.9970.124100
2.02-2.2510.1150.07126.36138730.9990.075100
2.25-2.69.9280.05137.45122510.9990.054100
2.6-3.1810.4020.0452.06103300.9990.04299.9
3.18-4.499.3080.03362.9179930.9990.03599.7
4.49-44.3110.2460.03169.7844130.9990.03399.4

-
位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.18.2_3874精密化
SHELX2016/1位相決定
HKL2Map位相決定
XDSNov 11, 2017データスケーリング
XDSNov 11, 2017データ削減
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5→34.61 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1882 2087 3.55 %
Rwork0.1622 56687 -
obs0.1631 58774 95.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.46 Å2 / Biso mean: 38.6997 Å2 / Biso min: 18.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→34.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2129 0 5 287 2421
Biso mean--30.24 43.98 -
残基数----269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00542269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83063108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0528325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0957818
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.540.3284790.27672134221355
1.54-1.580.23011260.23393243336983
1.58-1.620.24261370.21153728386595
1.62-1.670.19341440.19643899404398
1.67-1.720.22631430.18853856399999
1.72-1.780.17251440.17339284072100
1.78-1.850.18731460.17139134059100
1.85-1.940.17951440.161339344078100
1.94-2.040.1761470.153639324079100
2.04-2.170.19011440.152339654109100
2.17-2.340.15381410.148239534094100
2.34-2.570.17381470.16139924139100
2.57-2.940.17471480.160940034151100
2.94-3.710.20351470.156940224169100
3.71-34.610.19121500.1624185433599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18350.0316-0.20890.3428-0.05860.26820.2563-0.6630.81720.2885-0.0959-0.2719-0.74370.26980.00170.4571-0.0388-0.01880.43820.02580.405426.429630.707627.1665
20.1173-0.11480.01130.2173-0.01180.05980.5562-0.0085-0.06790.4948-0.1765-0.1094-0.2559-0.8390.00120.39550.1031-0.0130.67760.01170.39049.602229.606221.1735
31.037-0.61130.41090.418-0.28020.1871-0.08190.2317-0.48340.09230.17240.27210.6601-1.57260.07990.2744-0.1241-0.02860.5850.0610.30369.702617.793514.3653
41.05790.3199-0.11260.7895-0.10792.25530.02960.0047-0.2066-0.0241-0.00850.00780.4757-0.2706-0.00010.3082-0.0767-0.03320.23920.00020.268323.139617.618211.0089
50.3145-0.7372-0.18283.9810.92310.2150.2992-0.852-0.30281.43930.03340.45210.7338-1.19160.12270.4366-0.1577-0.02410.53270.1160.408613.84213.46824.2973
61.10360.44130.44051.0405-1.41073.07350.0476-0.4012-0.12870.14830.00410.0980.0624-0.25920.02680.2517-0.0541-0.02690.2450.01760.257923.980721.668219.7359
70.2806-0.3439-0.42311.2787-0.72892.55180.2479-0.08680.53170.2701-0.035-0.1989-0.3887-0.08850.00040.3092-0.02860.00080.28390.0310.268423.812726.987423.6253
80.25320.10480.24120.40170.04840.2370.2651-0.1106-0.1483-0.0261-0.103-0.4344-0.39830.39580.00640.5094-0.1024-0.06940.36430.02740.350629.939735.315719.4737
90.2107-0.04930.08720.0142-0.02770.05-0.33930.11130.1279-0.01930.2019-0.0895-0.6364-0.3209-0.00010.32460.0079-0.0150.38180.03540.278917.955930.85414.1461
100.50970.4492-0.73050.87820.79665.35020.10580.00530.1587-0.28160.14670.6226-0.6909-1.11450.06720.27720.0099-0.03760.65220.04920.29217.405628.34817.6211
110.25020.1448-0.07081.1338-0.27331.38950.0897-0.3662-0.04580.0684-0.0723-0.109-0.0170.017300.2475-0.0223-0.02650.28780.01980.247436.415530.53299.8417
121.13790.25470.8130.53820.4420.7199-0.08330.510.1695-0.168-0.0076-0.5146-0.3550.73080.00020.2575-0.0668-0.00270.43720.03480.363753.227134.11423.5093
131.6894-0.8059-1.48642.3264-0.78582.4494-0.11770.1456-0.324-0.4551-0.02820.02750.2010.10660.00030.3214-0.02820.0060.3163-0.00980.315343.759532.7074-7.3793
142.1738-1.8804-0.51982.78361.39440.89660.11520.20990.7277-0.1553-0.4925-0.3421-0.9220.7593-0.07670.3404-0.14780.0090.31640.01740.32948.736644.02932.6049
152.4769-0.2232-0.93910.82870.62290.86310.11310.00910.24210.0363-0.1212-0.1379-0.38050.1809-0.00020.2583-0.07380.0210.22790.00070.253242.567541.58612.7941
161.32440.9175-0.31680.704-0.82335.37550.0566-0.25240.80470.41940.21360.2408-1.0571-0.54240.18360.3283-0.0567-0.02890.34070.00950.327642.85738.265812.1568
171.51360.7503-0.5673.5703-2.89553.82380.3452-1.133-0.16660.7257-0.14320.564-0.6837-0.15550.14790.3612-0.1492-0.07170.55460.0490.288843.904130.658324.377
180.8870.3555-0.64040.5126-0.58730.7507-0.0477-0.14740.21660.3367-0.155-0.1712-0.52320.0507-0.00540.2895-0.0441-0.01690.24750.00390.246636.630637.21556.9744
191.42850.2942-0.86691.2933-0.09011.06030.11110.2988-0.1447-0.1239-0.02590.08370.0618-0.002500.1995-0.01460.00230.1983-0.01850.20634.534931.0686-1.4471
200.76430.50040.33040.33960.28630.56680.3084-0.3486-2.0590.03350.1099-0.05811.8691-0.25720.04710.4329-0.0281-0.07770.37490.1170.612849.76521.226811.5878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 16 )A10 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 21 )A17 - 21
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 22 through 35 )A22 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 36 through 71 )A36 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 72 through 76 )A72 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 77 through 101 )A77 - 101
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 102 through 115 )A102 - 115
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 116 through 123 )A116 - 123
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 124 through 134 )A124 - 134
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 135 through 142 )A135 - 142
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 143 through 164 )A143 - 164
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 165 through 181 )A165 - 181
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 182 through 199 )A182 - 199
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 200 through 204 )A200 - 204
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 205 through 225 )A205 - 225
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 226 through 229 )A226 - 229
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 230 through 234 )A230 - 234
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 235 through 247 )A235 - 247
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 248 through 273 )A248 - 273
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 274 through 278 )A274 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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