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- PDB-6uyk: Dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase in the nucleoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uyk
タイトルDark-operative protochlorophyllide oxidoreductase in the nucleotide-free form.
要素Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Electron Transfer (電子移動反応) / Nitrogenase (ニトロゲナーゼ) / DPOR / Photosynthesis (光合成) / Iron-Sulfur cluster (鉄・硫黄クラスター)
機能・相同性
機能・相同性情報


プロトクロロフィリドレダクターゼ / photosynthesis, dark reaction / light-independent bacteriochlorophyll biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Light-independent protochlorophyllide reductase, iron-sulphur ATP-binding protein / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bacik, J.P. / Imran, S.M.S. / Watkins, M.B. / Corless, E. / Antony, E. / Ando, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0017866 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The flexible N-terminus of BchL autoinhibits activity through interaction with its [4Fe-4S] cluster and released upon ATP binding.
著者: Corless, E.I. / Saad Imran, S.M. / Watkins, M.B. / Bacik, J.P. / Mattice, J.R. / Patterson, A. / Danyal, K. / Soffe, M. / Kitelinger, R. / Seefeldt, L.C. / Origanti, S. / Bennett, B. / ...著者: Corless, E.I. / Saad Imran, S.M. / Watkins, M.B. / Bacik, J.P. / Mattice, J.R. / Patterson, A. / Danyal, K. / Soffe, M. / Kitelinger, R. / Seefeldt, L.C. / Origanti, S. / Bennett, B. / Bothner, B. / Ando, N. / Antony, E.
履歴
登録2019年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein
B: Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein
C: Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein
D: Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,1768
ポリマ－139,4014
非ポリマー7744
水181
1
A: Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein
B: Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0884
ポリマ－69,7012
非ポリマー3872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA
2
C: Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein
D: Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0884
ポリマ－69,7012
非ポリマー3872
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area20620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.513, 100.918, 117.789
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein / LI-POR subunit L


分子量: 34850.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: bchL, RHOS4_18930, RSP_0288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9RFD6, プロトクロロフィリドレダクターゼ
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.81 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 ul BchL protein in 100 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% (v/v) glycerol was mixed with 2 ul well solution containing 0.6 M sodium chloride, 0.1 M MES:NaOH pH 6.5, 20% (w/v) PEG 4000. Prior ...詳細: 1 ul BchL protein in 100 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% (v/v) glycerol was mixed with 2 ul well solution containing 0.6 M sodium chloride, 0.1 M MES:NaOH pH 6.5, 20% (w/v) PEG 4000. Prior to freezing, the well solution was mixed in an equal volume of cryoprotectant solution with a final concentration of 9% (w/v) sucrose, 2% (w/v) glucose, 8% (v/v) glycerol, and 8% (v/v) ethylene glycol. Crystals were soaked for a few seconds in the cryoprotectant before being frozen in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→42.2 Å / Num. obs: 32733 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 80.66 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3125 / CC1/2: 0.573 / Rpim(I) all: 0.413 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FWY

3fwy


解像度: 2.6→41.71 Å / SU ML: 0.4791 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.6425
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 2873 8.78 %
Rwork0.2314 --
obs0.2354 32732 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 85.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→41.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7648 0 18 1 7667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00197814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.39310651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03981255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.00582690
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.640.44751290.35511325X-RAY DIFFRACTION91.1
2.64-2.690.38341310.34521356X-RAY DIFFRACTION97.19
2.69-2.740.41921360.33541418X-RAY DIFFRACTION99.49
2.74-2.790.3721360.32111417X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.850.33841250.31441436X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.910.34091250.30651414X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.980.34151470.29791449X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.050.3581340.29571425X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.130.40471340.30861414X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.230.36431400.291398X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.330.31431410.28731433X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.450.3451420.26451428X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.590.34771360.24641432X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.750.31461380.25331410X-RAY DIFFRACTION100
3.75-3.950.28421430.24331432X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.20.27881360.22261436X-RAY DIFFRACTION100
4.2-4.520.25121400.20551450X-RAY DIFFRACTION100
4.52-4.970.24211380.19941413X-RAY DIFFRACTION100
4.97-5.690.27261400.21171457X-RAY DIFFRACTION100
5.69-7.160.26481390.22661440X-RAY DIFFRACTION100
7.16-41.710.18931430.17911476X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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