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万見
- PDB-6uxc: 1.65A resolution structure of the hypothetical protein CT253 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uxc
タイトル1.65A resolution structure of the hypothetical protein CT253 from Chlamydia trachomatis
要素CT253
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CT253 / Chlamydia trachomatis
機能・相同性Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Chlamydia trachomatis serovar L2 (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hefty, P.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: 1.65A resolution structure of the hypothetical protein CT253 from Chlamydia trachomatis
著者: Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hefty, P.S.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CT253
B: CT253
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7544
ポリマ－42,7082
非ポリマー462
水4,774265
1
A: CT253
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3772
ポリマ－21,3541
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CT253
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3772
ポリマ－21,3541
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.187, 80.187, 114.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-513-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CT253


分子量: 21354.154 Da / 分子数: 2 / 断片: S26-S215 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis serovar L2 (strain 434/Bu / ATCC VR-902B) (トラコーマクラミジア)
株: 434/Bu / ATCC VR-902B / 遺伝子: CTL0505 / プラスミド: pTBSG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3MBU8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2 M sodium formate, 0.1M Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→44.25 Å / Num. obs: 51872 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 487014 / Scaling rejects: 4752
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.689.81.5252498925620.6471.6100
9.04-44.259.10.02434263780.99968.599.4

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.35 Å34.72 Å
Translation6.35 Å34.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3678精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→34.72 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 19.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 2426 4.83 %
Rwork0.1713 47832 -
obs0.1729 50258 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.49 Å2 / Biso mean: 37.3254 Å2 / Biso min: 19.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→34.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2596 0 2 265 2863
Biso mean--25.99 42.85 -
残基数----335
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.680.28181760.26932822299899
1.68-1.720.27921370.23862822295998
1.72-1.760.23631370.21992830296798
1.76-1.80.23421520.21182799295198
1.8-1.850.25531360.20282810294697
1.85-1.910.24631610.192773293497
1.91-1.970.20471120.17332821293397
1.97-2.040.1991460.165228883034100
2.04-2.120.19161550.158328883043100
2.12-2.220.19781270.151428963023100
2.22-2.330.18581250.16052752287794
2.33-2.480.21581310.16742612274390
2.48-2.670.20651450.17642748289394
2.67-2.940.21511600.182229103070100
2.94-3.370.22451320.18242716284892
3.37-4.240.1761380.14782920305898
4.24-34.720.19271560.17082825298191
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1999-0.3568-0.16570.58561.06942.16380.10540.08970.1392-0.2045-0.0096-0.1653-0.38280.1865-0.04830.3172-0.0201-0.00090.23510.02580.2764-12.734723.5033-8.3852
21.98991.0721-1.52652.9456-1.85024.1864-0.18180.0888-0.2519-0.35080.1098-0.21190.5956-0.17280.07680.3019-0.01730.01890.2115-0.01540.2836-16.359913.7332-8.0099
32.29490.8066-0.07581.33990.34030.69970.1466-0.26350.19740.1665-0.12530.0624-0.0080.0363-0.02690.3079-0.0414-0.0090.27610.00320.278-18.200625.00266.2345
41.1361-0.0365-0.18631.1406-0.17873.24310.1014-0.0507-0.0305-0.141-0.0756-0.3327-0.0520.567-0.01520.2688-0.00120.02830.27150.02820.3523-4.291221.0796-5.7169
53.90773.0290.24279.2159-0.68515.47090.0235-1.0547-0.08240.3629-0.0571-0.070.37340.47420.11320.3991-0.054-0.02980.45380.08150.2866-17.703517.497314.8398
61.17560.3896-0.68851.308-1.42754.1808-0.12220.0276-0.2282-0.38050.0188-0.31960.59640.14070.0920.3791-0.02250.08380.2247-0.0240.362-5.746117.2014-16.4703
72.43570.6672-1.88513.0449-2.53036.2791-0.1211-0.1265-0.2871-0.13-0.0709-0.44470.41540.29230.17160.32950.06420.00620.21520.00530.4078-6.903711.4326-6.7396
86.0048-0.1942.38882.3109-0.83873.17970.07030.0125-0.10520.16950.0689-0.126-0.21330.8308-0.24370.2562-0.04590.020.3627-0.02480.186-4.243546.435210.4594
95.794-1.59054.87775.6308-1.0554.12520.0296-1.24930.23960.9637-0.3825-0.7397-0.29280.38480.38410.3967-0.0766-0.04210.47560.00120.383111.476654.511214.0507
102.5138-0.45991.03741.5262-0.17040.8595-0.0661-0.20650.06130.05380.0450.1122-0.0492-0.00790.03750.2536-0.01940.00180.24580.00780.2149-7.861147.92047.8103
114.80290.3392-2.56194.6709-2.80938.7694-0.0329-0.5221-0.02870.54330.44180.42350.0602-0.6183-0.46120.2870.01680.01860.35780.05270.3147-20.737845.534610.1016
125.5170.78660.85511.6702-0.61911.40840.0659-0.41590.0861-0.0225-0.2017-0.28390.09190.18740.07920.2374-0.01510.00810.31390.04430.22151.391842.223210.6829
134.8757-4.1667-4.08855.98134.25913.7338-0.1092-0.325-0.21760.21590.5340.29391.02150.1466-0.33440.56650.14380.03580.73940.15350.753523.445236.89097.942
141.4883-0.4428-0.54760.9951-0.11311.51630.0546-0.6955-0.34350.0672-0.01690.14710.1026-0.1381-0.02040.261-0.0474-0.00330.26140.0470.2642-7.421138.73797.9999
152.69040.95230.91361.65440.07190.7177-0.1680.3170.1153-0.24080.0651-0.1185-0.05220.16390.08330.2698-0.03010.00480.32520.06220.29599.968347.40374.6221
167.12332.21832.09282.61410.62142.4981-0.14280.2387-0.0637-0.23990.0894-0.07980.04950.25830.10950.2286-0.0070.01550.2130.01550.16461.280242.187-0.402
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 43 through 65 )A43 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 86 )A66 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 87 through 118 )A87 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 149 )A119 - 149
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 150 through 155 )A150 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 156 through 189 )A156 - 189
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 190 through 213 )A190 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 58 )B42 - 58
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 59 through 65 )B59 - 65
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 66 through 107 )B66 - 107
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 108 through 118 )B108 - 118
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 119 through 130 )B119 - 130
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 131 through 137 )B131 - 137
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 138 through 155 )B138 - 155
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 156 through 189 )B156 - 189
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 190 through 213 )B190 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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