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- PDB-6uwa: Mouse PKC C1B and C2 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uwa
タイトルMouse PKC C1B and C2 domains
要素Protein kinase C
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of angiotensin-activated signaling pathway / desmosome assembly / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / histone H3T6 kinase activity / protein kinase C / negative regulation of glial cell apoptotic process / regulation of platelet aggregation / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of endothelial cell proliferation ...positive regulation of angiotensin-activated signaling pathway / desmosome assembly / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / histone H3T6 kinase activity / protein kinase C / negative regulation of glial cell apoptotic process / regulation of platelet aggregation / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of endothelial cell proliferation / post-translational protein modification / positive regulation of cell adhesion / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / ciliary basal body / mitochondrial membrane / positive regulation of angiogenesis / enzyme binding / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Classical Protein Kinase C alpha, catalytic domain / Protein kinase C, alpha/beta/gamma types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Classical Protein Kinase C alpha, catalytic domain / Protein kinase C, alpha/beta/gamma types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / LEAD (II) ION / Protein kinase C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Aggarwal, A. / Mire, J. / Sacchettini, J.C. / Igumenova, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mouse PKC C1B and C2 domains
著者: Igumenova, T.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,00812
ポリマ－22,3761
非ポリマー1,63211
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.041, 58.974, 104.954
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein kinase C


分子量: 22375.666 Da / 分子数: 1 / 断片: C1B and C2 domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prkca, mCG_140727 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4VA93, protein kinase C

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非ポリマー , 5種, 239分子

#2: 化合物
ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% PEG 3350, 0.3 mM Lithium sulfate, 50 mM Ammonium citrate tribasic, 0.1 M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.94967 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94967 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→39.203 Å / Num. obs: 126177 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 7.67 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1328 / Rpim(I) all: 0.05395 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.2→1.214 Å / Rmerge(I) obs: 0.7181 / Num. unique obs: 3798 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.348

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3126精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→28.39 Å / SU ML: 0.0917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 12.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1534 6399 5.07 %
Rwork0.1338 --
obs0.1348 126177 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 12.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→28.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1466 0 47 228 1741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00741577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08292149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0834233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5217586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.210.23091930.21563605X-RAY DIFFRACTION87.39
1.21-1.230.23262060.2023772X-RAY DIFFRACTION93.78
1.23-1.240.21712070.18643869X-RAY DIFFRACTION97.79
1.24-1.260.20332260.16684019X-RAY DIFFRACTION98.38
1.26-1.280.14322150.15293911X-RAY DIFFRACTION98.38
1.28-1.290.16031890.14214062X-RAY DIFFRACTION99.14
1.29-1.310.14122130.13224026X-RAY DIFFRACTION98.15
1.31-1.330.161690.12863967X-RAY DIFFRACTION99.33
1.33-1.350.12922210.12113998X-RAY DIFFRACTION98.92
1.35-1.370.14222100.11774026X-RAY DIFFRACTION98.58
1.37-1.40.13852260.123986X-RAY DIFFRACTION99.48
1.4-1.420.12742120.1154050X-RAY DIFFRACTION99.3
1.42-1.450.12022010.11143984X-RAY DIFFRACTION99.08
1.45-1.480.12682060.11314053X-RAY DIFFRACTION99.23
1.48-1.510.13691970.10694002X-RAY DIFFRACTION99.41
1.51-1.550.12722200.10754052X-RAY DIFFRACTION99.84
1.55-1.590.15272080.10353975X-RAY DIFFRACTION99.6
1.59-1.630.12632420.10314061X-RAY DIFFRACTION99.65
1.63-1.680.12212160.09933944X-RAY DIFFRACTION99.71
1.68-1.730.13552290.09944085X-RAY DIFFRACTION99.81
1.73-1.790.12732200.10264055X-RAY DIFFRACTION99.79
1.79-1.860.10892040.1093997X-RAY DIFFRACTION99.9
1.86-1.950.15042190.12114044X-RAY DIFFRACTION99.98
1.95-2.050.14592050.12234043X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.180.1562290.12934034X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.350.15732150.13964020X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.580.18832440.14994019X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.960.16832220.16144033X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.730.15412030.1554065X-RAY DIFFRACTION100
3.73-28.390.1742320.15454021X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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