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- PDB-6uw5: The crystal structure of FbiA from Mycobacterium smegmatis, GDP a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uw5
タイトルThe crystal structure of FbiA from Mycobacterium smegmatis, GDP and Fo bound form
要素Phosphoenolpyruvate transferase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Factor 420 / Phosphotransferase / Metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


2-phospho-L-lactate transferase / LPPG:FO 2-phospho-L-lactate transferase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
CofD-like domain / Phosphoenolpyruvate transferase/2-phospho-L-lactate transferase / 2-phospho-L-lactate transferase CofD / CofD-like domain superfamily / 2-phospho-L-lactate transferase CofD / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FO1 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphoenolpyruvate transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Grinter, R. / Gillett, D. / Cordero, P.R.F. / Greening, C.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1178715 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1142699 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1139832 オーストラリア
引用ジャーナル: mSystems / 年: 2020
タイトル: Cellular and Structural Basis of Synthesis of the Unique Intermediate Dehydro-F420-0 in Mycobacteria.
著者: Grinter, R. / Ney, B. / Brammananth, R. / Barlow, C.K. / Cordero, P.R.F. / Gillett, D.L. / Izore, T. / Cryle, M.J. / Harold, L.K. / Cook, G.M. / Taiaroa, G. / Williamson, D.A. / Warden, A.C. ...著者: Grinter, R. / Ney, B. / Brammananth, R. / Barlow, C.K. / Cordero, P.R.F. / Gillett, D.L. / Izore, T. / Cryle, M.J. / Harold, L.K. / Cook, G.M. / Taiaroa, G. / Williamson, D.A. / Warden, A.C. / Oakeshott, J.G. / Taylor, M.C. / Crellin, P.K. / Jackson, C.J. / Schittenhelm, R.B. / Coppel, R.L. / Greening, C.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _audit_author.name / _citation.journal_id_ISSN
改定 1.22020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phosphoenolpyruvate transferase
A: Phosphoenolpyruvate transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9919
ポリマ－69,5812
非ポリマー1,4107
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.013, 73.647, 91.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 1 through 93 or resid 100 through 326 or resid 401))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETSERSERchain AAB1 - 3261 - 326
21METMETVALVAL(chain B and (resid 1 through 93 or resid 100 through 326 or resid 401))BA1 - 931 - 93
22LEULEUSERSER(chain B and (resid 1 through 93 or resid 100 through 326 or resid 401))BA100 - 326100 - 326
23GDPGDPGDPGDP(chain B and (resid 1 through 93 or resid 100 through 326 or resid 401))BC401

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate transferase / EPPG:FO PEP transferase


分子量: 34790.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: fbiA, MSMEG_1830, MSMEI_1787
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QTG2, 2-phospho-L-lactate transferase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-FO1 / 1-deoxy-1-(8-hydroxy-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimido[4,5-b]quinolin-10(2H)-yl)-D-ribitol / 7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin


分子量: 363.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18 % PEG6000, 0.1 M Tris, 0.2 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月29日 / 詳細: Silicon
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.864 Å / Num. obs: 30975 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.229 / Rpim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 2.204 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2644 / CC1/2: 0.175 / Rpim(I) all: 1.623 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C3D

3c3d


解像度: 2.2→45.821 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 1563 5.12 %
Rwork0.2059 28968 -
obs0.2088 30531 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.98 Å2 / Biso mean: 41.3258 Å2 / Biso min: 22.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→45.821 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4823 0 103 107 5033
Biso mean--53.43 35.43 -
残基数----646
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1968X-RAY DIFFRACTION12.201TORSIONAL
12B1968X-RAY DIFFRACTION12.201TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.2710.33631250.3014245993
2.271-2.35220.36571290.3042254095
2.3522-2.44640.38881370.2828260498
2.4464-2.55770.30371430.2679264599
2.5577-2.69250.31311380.25342642100
2.6925-2.86120.30151530.23752663100
2.8612-3.08210.29221540.22652672100
3.0821-3.39220.27581460.20342622100
3.3922-3.88280.2561530.17582686100
3.8828-4.8910.18121390.15082690100
4.891-45.8210.21371460.16672745100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.0302 Å / Origin y: 14.2258 Å / Origin z: 34.4565 Å
111213212223313233
T0.1711 Å2-0 Å2-0.0143 Å2-0.1753 Å2-0.0494 Å2--0.5393 Å2
L0.6145 °20.0078 °2-0.4994 °2-0.8188 °2-0.4478 °2--1.0451 °2
S0.0272 Å °0.127 Å °-0.096 Å °-0.0801 Å °-0.0077 Å °0.0992 Å °0.0328 Å °-0.0957 Å °-0.0127 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 326
2X-RAY DIFFRACTION1allB401 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 326
4X-RAY DIFFRACTION1allA401
5X-RAY DIFFRACTION1allS2 - 128
6X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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