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- PDB-6uw0: Engineered variant of I-OnuI meganuclease with improved thermosta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uw0
タイトルEngineered variant of I-OnuI meganuclease with improved thermostability and fully altered specificity targeting cholera toxin A subunit
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • I-OnuI-e-Therm-bCtxA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Meganuclease / Homing Endonuclease / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Roll / Alpha Beta / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Werther, R. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM105691 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Optimization of Protein Thermostability and Exploitation of Recognition Behavior to Engineer Altered Protein-DNA Recognition.
著者: Lambert, A.R. / Hallinan, J.P. / Werther, R. / Glow, D. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: I-OnuI-e-Therm-bCtxA
B: I-OnuI-e-Therm-bCtxA
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)
E: DNA (27-MER)
F: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,86414
ポリマ－101,4776
非ポリマー3878
水18010
1
A: I-OnuI-e-Therm-bCtxA
E: DNA (27-MER)
F: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0058
ポリマ－50,7393
非ポリマー2665
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area18080 Å2
手法PISA
2
B: I-OnuI-e-Therm-bCtxA
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8596
ポリマ－50,7393
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.246, 79.679, 168.941
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 51 or (resid 52...
21(chain B and (resid 8 through 32 or (resid 33...
12(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...
22chain E
13(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERASNASN(chain A and (resid 8 through 51 or (resid 52...AA8 - 513 - 46
121LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 8 through 51 or (resid 52...AA5247
131SERSERARGARG(chain A and (resid 8 through 51 or (resid 52...AA8 - 3013 - 296
141SERSERARGARG(chain A and (resid 8 through 51 or (resid 52...AA8 - 3013 - 296
151SERSERARGARG(chain A and (resid 8 through 51 or (resid 52...AA8 - 3013 - 296
161SERSERARGARG(chain A and (resid 8 through 51 or (resid 52...AA8 - 3013 - 296
211SERSERARGARG(chain B and (resid 8 through 32 or (resid 33...BB8 - 323 - 27
221ASNASNSERSER(chain B and (resid 8 through 32 or (resid 33...BB33 - 3628 - 31
231ALAALAARGARG(chain B and (resid 8 through 32 or (resid 33...BB7 - 3012 - 296
241ALAALAARGARG(chain B and (resid 8 through 32 or (resid 33...BB7 - 3012 - 296
251ALAALAARGARG(chain B and (resid 8 through 32 or (resid 33...BB7 - 3012 - 296
261ALAALAARGARG(chain B and (resid 8 through 32 or (resid 33...BB7 - 3012 - 296
112DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-11
122DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
132DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
142DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
152DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
162DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
172DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
182DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
192DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
1102DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
1112DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
1122DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
1132DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
1142DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
1152DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
1162DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
1172DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
1182DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
1192DGDGDGDG(chain C and ((resid -1 and (name O5 or name...CC-1 - 251 - 27
212DGDGDGDGchain EEE-1 - 251 - 27
113DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD01
123DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
133DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
143DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
153DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
163DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
173DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
183DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
193DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
1103DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
1113DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
1123DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
1133DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
1143DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
1153DCDCDCDC(chain D and ((resid 0 and (name C5 or name...DD0 - 261 - 27
213DCDCDCDCchain FFF0 - 261 - 27

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 I-OnuI-e-Therm-bCtxA


分子量: 34146.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8344.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8247.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 18分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM HEPES pH 8.5, 200mM ammonium sulfate, 30% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 27693 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 315424
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.89.10.41624930.9650.1380.4390.90890.5
2.8-2.9110.40.32826520.9850.1040.3450.89496.6
2.91-3.0410.70.23427550.9950.0730.2450.90499.6
3.04-3.2120.17327710.9980.0520.1810.898100
3.2-3.411.70.09327760.9990.0280.0980.896100
3.4-3.6612.10.09727800.9990.0290.1010.925100
3.66-4.0312.40.07627970.9990.0220.0790.934100
4.03-4.6211.90.055280710.0170.0570.985100
4.62-5.8112.10.05228580.9990.0150.0540.952100
5.81-5011.30.035300410.0110.0370.989100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.92 Å45.99 Å
Translation2.92 Å45.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QQY

3qqy


解像度: 2.72→45.99 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 2006 7.29 %
Rwork0.2234 25502 -
obs0.2276 27508 97.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.14 Å2 / Biso mean: 53.8399 Å2 / Biso min: 35.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.72→45.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4396 2204 35 10 6645
Biso mean--63.67 46.47 -
残基数----696
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1766X-RAY DIFFRACTION9.666TORSIONAL
12B1766X-RAY DIFFRACTION9.666TORSIONAL
21C532X-RAY DIFFRACTION9.666TORSIONAL
22E532X-RAY DIFFRACTION9.666TORSIONAL
31D530X-RAY DIFFRACTION9.666TORSIONAL
32F530X-RAY DIFFRACTION9.666TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.72-2.780.36441170.30691470158781
2.78-2.860.36871330.3041725185894
2.86-2.940.39161470.31803195098
2.94-3.040.33931400.29321824196499
3.04-3.150.4021400.27218501990100
3.15-3.270.28941420.23961803194599
3.27-3.420.26671490.22231819196898
3.42-3.60.26821440.21541837198199
3.6-3.830.28391430.23218341977100
3.83-4.120.24571430.209618802023100
4.12-4.540.26911500.191818652015100
4.54-5.190.24661500.205118872037100
5.19-6.540.28051470.229619042051100
6.54-45.990.24711610.18852001216299

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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