PDB-6uvk: OXA-48 bound by inhibitor CDD-97

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uvk

タイトル

OXA-48 bound by inhibitor CDD-97

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Inhibitor / beta-lactamase / OXA-48 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Taylor, D.M. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. / Sankaran, B. / Palzkill, T.G.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI32956	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-05CH11231	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM120011	米国

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Identifying Oxacillinase-48 Carbapenemase Inhibitors Using DNA-Encoded Chemical Libraries.
著者: Taylor, D.M. / Anglin, J. / Park, S. / Ucisik, M.N. / Faver, J.C. / Simmons, N. / Jin, Z. / Palaniappan, M. / Nyshadham, P. / Li, F. / Campbell, J. / Hu, L. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / ...

履歴

登録	2019年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年6月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uvk.cif.gz	501.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uvk.ent.gz	346 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uvk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6uvk_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uvk_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6uvk_validation.xml.gz	40.2 KB	表示
CIF形式データ	6uvk_validation.cif.gz	55.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3hbrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oe0-d 3hbr-1 5faq-d 4s2j-1 5oe2-1 4s2n-2 7khq-d 6v1o-1 3hbr-2 4s2k-1 5dva-1 5dva-4 5dtt-1 6goa-1 5dva-2 5dts-3 5oft-d 6p96-d 5fat-d 7ass-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
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1

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.054, 123.054, 161.329
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Beta-lactamase / OXA-48 Beta-lactamase 分子量: 28295.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The protein was expressed with a His-tag, which was cleaved off using a protease. The mature protein sequence begins with a Trp (W) (at position 25 in the endogenous enzyme numbering) however ...詳細: The protein was expressed with a His-tag, which was cleaved off using a protease. The mature protein sequence begins with a Trp (W) (at position 25 in the endogenous enzyme numbering) however protease cleavage left behind a GHM before the mature sequence. 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, FNY87_29090, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

#1: タンパク質

Beta-lactamase / OXA-48 Beta-lactamase

分子量: 28295.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was expressed with a His-tag, which was cleaved off using a protease. The mature protein sequence begins with a Trp (W) (at position 25 in the endogenous enzyme numbering) however ...
由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, FNY87_29090, KPE71T_00045 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 419分子

#2: 化合物	ChemComp-QHY / 1-{4-[4-(2-ethoxyphenyl)piperazin-1-yl]-1,3,5-triazin-2-yl}piperidine-4-carboxylic acid 分子量: 412.485 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.77M Tris pH 8, 27% PEG550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射	モノクロメーター: Double-crystal, Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→34.69 Å / Num. obs: 65748 / % possible obs: 93.77 % / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 24.76
反射シェル	解像度: 2.2→2.278 Å / R_merge(I) obs: 1.031 / Num. unique obs: 4164 / R_pim(I) all: 0.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr

解像度: 2.2→34.69 Å / SU ML: 0.2203 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.4265
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2229	3313	5.04 %
R_work	0.184	62411	-
obs	0.1859	65724	93.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7907	0	137	409	8453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	8246
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7159	11158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0505	1160
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	1490
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.4972	1182

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.2832	85	0.2446	1495	X-RAY DIFFRACTION	54.28
2.23-2.26	0.3478	81	0.2586	1645	X-RAY DIFFRACTION	59.83
2.26-2.3	0.301	123	0.2424	2112	X-RAY DIFFRACTION	76.51
2.3-2.34	0.2881	130	0.2466	2390	X-RAY DIFFRACTION	86.42
2.34-2.38	0.2516	126	0.2424	2379	X-RAY DIFFRACTION	86.95
2.38-2.42	0.2751	151	0.2308	2713	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.42-2.47	0.2553	175	0.2435	2710	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.47-2.52	0.2544	158	0.2269	2739	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.52-2.57	0.2934	145	0.2149	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.57-2.63	0.2731	145	0.2204	2716	X-RAY DIFFRACTION	98.05
2.63-2.7	0.2869	158	0.2245	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.7-2.77	0.2548	152	0.207	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.77-2.85	0.2949	137	0.2108	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.85-2.94	0.2366	109	0.2082	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.94-3.05	0.2099	131	0.2012	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.05-3.17	0.244	151	0.208	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.17-3.32	0.2335	131	0.1986	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.32-3.49	0.2198	151	0.1863	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.49-3.71	0.2147	144	0.1704	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.71-3.99	0.1791	147	0.157	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4-4.4	0.1864	133	0.1451	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.4-5.03	0.1746	154	0.1359	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.03-6.33	0.2065	154	0.1595	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.33-34.69	0.1679	142	0.1455	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.19

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.00777483263	-2.97738403733	1.74561911453	5.37418030357	-0.919800267042	2.22136773743	0.245233049226	0.435512616708	-1.51142374476	-0.386931121471	-0.0719739522636	0.0970067408825	0.885083956328	0.0189157824279	-0.176176516478	1.20833041728	-0.14671067447	0.174656909211	0.396796392981	-0.0660867064454	0.632814562133	80.9014489261	1.08410994074	-4.06407408785
2	0.937401633075	0.700028232843	0.0717327306819	1.49351409381	-0.0366074121908	0.538433273137	0.00476845815249	0.0650938113724	-0.241732539132	-0.152382757501	0.0724200285775	-0.173219095477	0.107956421311	-0.0374930446569	-0.0656559393587	0.693756714647	-0.268007105485	0.0935020203058	0.269392970121	-0.0238788906217	0.357949420364	74.9035530969	10.3439937845	4.99783727736
3	1.73343630888	1.08514235982	0.296071989077	2.07159500899	0.691041422881	0.556658792176	0.18416697298	-0.306039043999	0.00942740058885	0.807895718674	-0.216004528121	-0.279015913991	0.127811697457	-0.012010179541	0.0139491906567	0.905379519736	-0.354898181756	-0.0636536716788	0.41843603509	0.0205613387492	0.346629590637	85.8931975285	27.0509666643	19.3925531421
4	1.4034196293	0.762041809943	-0.481383897662	1.52726858677	-1.00591579945	1.19549045237	0.166692379352	-0.21140069401	0.0540012671909	0.320539689101	-0.0810739014306	0.221197821834	-0.0333476721225	-0.100051944964	-0.116007569156	0.784639778711	-0.31550407034	0.183074724448	0.40440731369	-0.0514896422503	0.364276127896	71.3002115244	21.2789532789	21.8261451791
5	0.176602813306	0.37723878233	-0.0295027374917	0.801897830729	-0.0658833563598	0.176927359177	0.101129847148	-0.104718025894	-0.107613382835	0.220159998244	0.0068391353851	0.147492133465	0.0830863008574	-0.0780786600486	-0.0558497627298	0.634269559338	-0.303463126752	0.127367656186	0.296755460989	-0.00985967619852	0.325078147035	70.5705579212	17.7320522909	11.6449108726
6	2.78901876806	-0.87158450002	0.393797002238	4.82913155478	-2.28026657228	2.1386264746	-0.199171002121	-0.25174500169	-0.603256000576	0.116679650209	0.0410054313673	-0.369186916905	0.477382431302	-0.122781110337	0.194716723255	0.651693742521	-0.232125525331	0.0726404547199	0.313593205247	0.0300356470852	0.358672197607	83.7485924911	15.4580233432	6.68639015997
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精密化 TLSグループ

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12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 143 through 194 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 195 through 218 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 219 through 265 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 24 through 38 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 39 through 82 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 83 through 119 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 120 through 142 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 143 through 194 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 195 through 218 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 219 through 265 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 24 through 58 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 59 through 119 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 120 through 142 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 143 through 194 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 195 through 218 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 219 through 265 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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