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- PDB-6uuo: Crystal structure of BRAF kinase domain bound to the PROTAC P4B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uuo
タイトルCrystal structure of BRAF kinase domain bound to the PROTAC P4B
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / PROTAC / Signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / MAP kinase kinase activity / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / response to cAMP / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to calcium ion / substrate adhesion-dependent cell spreading / thymus development / cellular response to nerve growth factor stimulus / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / visual learning / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / T cell differentiation in thymus / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QH1 / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.288 Å
データ登録者Maisonneuve, P. / Posternak, G. / Kurinov, I. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Functional characterization of a PROTAC directed against BRAF mutant V600E.
著者: Posternak, G. / Tang, X. / Maisonneuve, P. / Jin, T. / Lavoie, H. / Daou, S. / Orlicky, S. / Goullet de Rugy, T. / Caldwell, L. / Chan, K. / Aman, A. / Prakesch, M. / Poda, G. / Mader, P. / ...著者: Posternak, G. / Tang, X. / Maisonneuve, P. / Jin, T. / Lavoie, H. / Daou, S. / Orlicky, S. / Goullet de Rugy, T. / Caldwell, L. / Chan, K. / Aman, A. / Prakesch, M. / Poda, G. / Mader, P. / Wong, C. / Maier, S. / Kitaygorodsky, J. / Larsen, B. / Colwill, K. / Yin, Z. / Ceccarelli, D.F. / Batey, R.A. / Taipale, M. / Kurinov, I. / Uehling, D. / Wrana, J. / Durocher, D. / Gingras, A.C. / Al-Awar, R. / Therrien, M. / Sicheri, F.
履歴
登録2019年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02021年3月31日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6674
ポリマ－64,5002
非ポリマー1,1672
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Binding showed by fluorescence polarization assay and functional assay in cells
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area25300 Å2
2
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子

B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6674
ポリマ－64,5002
非ポリマー1,1672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area3480 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.059, 104.244, 109.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 450 through 460 or (resid 461...
21(chain B and (resid 450 through 455 or (resid 456...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TRPTRPGLYGLY(chain A and (resid 450 through 460 or (resid 461...AA450 - 46011 - 21
12GLNGLNPHEPHE(chain A and (resid 450 through 460 or (resid 461...AA461 - 46822 - 29
13TRPTRPSERSER(chain A and (resid 450 through 460 or (resid 461...AA450 - 72211 - 283
14TRPTRPSERSER(chain A and (resid 450 through 460 or (resid 461...AA450 - 72211 - 283
15TRPTRPSERSER(chain A and (resid 450 through 460 or (resid 461...AA450 - 72211 - 283
16TRPTRPSERSER(chain A and (resid 450 through 460 or (resid 461...AA450 - 72211 - 283
21TRPTRPGLYGLY(chain B and (resid 450 through 455 or (resid 456...BB450 - 45511 - 16
22GLNGLNILEILE(chain B and (resid 450 through 455 or (resid 456...BB456 - 45717 - 18
23ASPASPLEULEU(chain B and (resid 450 through 455 or (resid 456...BB448 - 7219 - 282
24ASPASPLEULEU(chain B and (resid 450 through 455 or (resid 456...BB448 - 7219 - 282
25ASPASPLEULEU(chain B and (resid 450 through 455 or (resid 456...BB448 - 7219 - 282
26ASPASPLEULEU(chain B and (resid 450 through 455 or (resid 456...BB448 - 7219 - 282

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 32249.941 Da / 分子数: 2
変異: I543A, I544S, I551K, Q562R, L588N, K630S, F667E, Y673S, A688R, L706S, Q709R, S713E, L716E, S720E, P722S, K723G
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-QH1 / N-(3-{5-[(1-acetylpiperidin-4-yl)(methyl)amino]-3-(pyrimidin-5-yl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridin-1-yl}-2,4-difluorophenyl)propane-1-sulfonamide


分子量: 583.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31F2N7O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M Calcium Chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.288→109.9 Å / Num. obs: 9574 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.312 / Rrim(I) all: 0.367 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3.29→3.55 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 2.03 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1871 / CC1/2: 0.331 / Rrim(I) all: 2.417 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CAD

6cad


解像度: 3.288→54.952 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 478 5.07 %
Rwork0.2632 --
obs0.2645 9422 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 205.86 Å2 / Biso mean: 94.8804 Å2 / Biso min: 47.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.288→54.952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3618 0 72 4 3694
Biso mean--94.22 61.62 -
残基数----506
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1955X-RAY DIFFRACTION11.286TORSIONAL
12B1955X-RAY DIFFRACTION11.286TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2884-3.550.36231350.3275284896
3.7642-4.7420.28581580.27522994100
4.742-54.9520.26991850.23763102100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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