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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uu9 | |||||||||
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タイトル | E. coli mutant sigma-S transcription initiation complex with an 8-nt RNA ("Fresh" mutant crystal soaked with GTP, UTP, CTP, and ddATP for 30 minutes) | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA/RNA / Transcription initiation / RNA polymerase / DNA promoter / transcription bubble / de novo RNA synthesis / DNA scrunching / sigma-S factor / TRANSFERASE-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / transcription antitermination / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zuo, Y. / De, S. / Steitz, T.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Iscience / 年: 2020 タイトル: Structural Insights into Transcription Initiation from De Novo RNA Synthesis to Transitioning into Elongation. 著者: Zuo, Y. / De, S. / Feng, Y. / Steitz, T.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uu9.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uu9.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6uu9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6uu9_validation.pdf.gz | 334 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6uu9_full_validation.pdf.gz | 334 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6uu9_validation.xml.gz | 1.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6uu9_validation.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uu9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6utvC 6utwC 6utxC 6utyC 6utzC 6uu0C 6uu1C 6uu2C 6uu3C 6uu4C 6uu5C 6uu6C 6uu7C 6uu8C 6uuaC 6uubC 6uucC 5iplS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 AAABBBCCCDDDEEE
#1: タンパク質 | 分子量: 26899.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA_1, NCTC9962_06804 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A377D9Q8, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, Z5560, ECs4910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V4, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 10118.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-Synthetic DNA 50-mer (promoter ... , 2種, 2分子 111222
#6: DNA鎖 | 分子量: 15313.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 15562.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 FFF333
#5: タンパク質 | 分子量: 38705.496 Da / 分子数: 1 / Mutation: I219G, S221A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoS, NCTC9075_01674 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A377K1M2 |
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#8: RNA鎖 | 分子量: 2694.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 6分子
#9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-2DA / | #12: 化合物 | ChemComp-DPO / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350, sodium chloride, HEPES / Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5.395→49 Å / Num. obs: 16580 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.93 |
反射 シェル | 解像度: 5.4→5.72 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 2511 / CC1/2: 0.157 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5IPL 解像度: 5.4→48.988 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.858 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 1079.238 / SU ML: 4.413 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 2.712 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 279.166 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5.4→48.988 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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