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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uu8 | |||||||||
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タイトル | E. coli mutant sigma-S transcription initiation complex with a 7-nt RNA ("Fresh" mutant crystal soaked with GTP, UTP, and CTP for 30 minutes) | |||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA/RNA / Transcription initiation / RNA polymerase / DNA promoter / transcription bubble / de novo RNA synthesis / DNA scrunching / sigma-S factor / TRANSFERASE-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zuo, Y. / De, S. / Steitz, T.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into Transcription Initiation from De Novo RNA Synthesis to Transitioning into Elongation. 著者: Zuo, Y. / De, S. / Feng, Y. / Steitz, T.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6utvC ![]() 6utwC ![]() 6utxC ![]() 6utyC ![]() 6utzC ![]() 6uu0C ![]() 6uu1C ![]() 6uu2C ![]() 6uu3C ![]() 6uu4C ![]() 6uu5C ![]() 6uu6C ![]() 6uu7C ![]() 6uu9C ![]() 6uuaC ![]() 6uubC ![]() 6uucC ![]() 5iplS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 AAABBBCCCDDDEEE
#1: タンパク質 | 分子量: 26899.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 10118.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Synthetic DNA 50-mer (promoter ... , 2種, 2分子 111222
#6: DNA鎖 | 分子量: 15313.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 15562.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 FFF333
#5: タンパク質 | 分子量: 38705.496 Da / 分子数: 1 / Mutation: I219G, S221A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#8: RNA鎖 | 分子量: 2397.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 5分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
#9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-DPO / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350, sodium chloride, HEPES / Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.4→49.4 Å / Num. obs: 31470 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 6.92 |
反射 シェル | 解像度: 4.4→4.66 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.44 / Num. unique obs: 4856 / CC1/2: 0.178 / % possible all: 97.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5IPL 解像度: 4.4→49.378 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.858 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / WRfactor Rfree: 0.349 / WRfactor Rwork: 0.332 / SU B: 732.845 / SU ML: 3.469 / Average fsc free: 0.6948 / Average fsc work: 0.7023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.677 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 270.499 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.4→49.378 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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