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- PDB-6uty: E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatchi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uty
タイトルE. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching CTP ("Old" crystal soaked with CTP for 30 minutes)
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • (Synthetic DNA 50-MER (promoter ...) x 2
  • RNA polymerase sigma factor RpoS
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA / Transcription initiation / RNA polymerase / DNA promoter / transcription bubble / de novo RNA synthesis / DNA scrunching / sigma-S factor / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / response to stress / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / sigma factor activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / response to stress / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / sigma factor activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor RpoS / Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 ...RNA polymerase sigma factor RpoS / Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase sigma factor RpoS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.15 Å
データ登録者Zuo, Y. / De, S. / Steitz, T.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM22778 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into Transcription Initiation from De Novo RNA Synthesis to Transitioning into Elongation.
著者: Zuo, Y. / De, S. / Feng, Y. / Steitz, T.A.
履歴
登録2019年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
BBB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
CCC: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
DDD: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
EEE: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
FFF: RNA polymerase sigma factor RpoS
111: Synthetic DNA 50-MER (promoter non-template strand)
222: Synthetic DNA 50-MER (promoter DNA template strand)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,42213
ポリマ－439,7608
非ポリマー6635
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.576, 152.729, 229.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 AAABBBCCCDDDEEE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 26899.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, Z5560, ECs4910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V4, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10118.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 1分子 FFF

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoS / Sigma S / Sigma-38


分子量: 38777.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rpoS, appR, katF, nur, otsX, sigS, b2741, JW5437 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13445

-
Synthetic DNA 50-MER (promoter ... , 2種, 2分子 111222

#6: DNA鎖 Synthetic DNA 50-MER (promoter non-template strand)


分子量: 15313.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 Synthetic DNA 50-MER (promoter DNA template strand)


分子量: 15562.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350, sodium chloride, HEPES / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.15→49 Å / Num. obs: 35751 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.24
反射 シェル解像度: 4.15→4.4 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 5454 / CC1/2: 0.139 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IPL

5ipl


解像度: 4.15→48.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 538.837 / SU ML: 2.735 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.458 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 1698 4.807 %
Rwork0.3016 --
all0.305 --
obs-35322 98.024 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 277.767 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.012 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.572 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.15→48.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27572 1356 33 0 28961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01329527
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01727619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.151.61840169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4531.61864018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.42653510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.61721.7261582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.875155172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.69215263
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.23871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0520.0232184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0470.026051
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.36675
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2190.329371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1610.52977
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2360.51037
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1240.534
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0780.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2970.386
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3710.3218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3440.511
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0410.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.50925.20614058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.50725.20614057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.66542.51117562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other16.66542.51117563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.74625.85315469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.73525.84715458
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.5543.54722607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.54943.54822608
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it33.579353.515106218
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other33.579353.513106219
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1180.056473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.15-4.2560.5461180.542238X-RAY DIFFRACTION90.4762
4.256-4.3720.4561240.482406X-RAY DIFFRACTION100
4.372-4.4970.421230.422374X-RAY DIFFRACTION100
4.497-4.6350.4121220.3792262X-RAY DIFFRACTION99.9581
4.635-4.7850.4741150.3722229X-RAY DIFFRACTION99.8722
4.785-4.9520.3921160.3672131X-RAY DIFFRACTION99.9111
4.952-5.1370.4011060.3922071X-RAY DIFFRACTION99.9541
5.137-5.3440.393920.3892027X-RAY DIFFRACTION99.7646
5.344-5.5790.43930.3961917X-RAY DIFFRACTION99.5049
5.579-5.8470.536800.4091832X-RAY DIFFRACTION98.9136
5.847-6.1590.474860.3731740X-RAY DIFFRACTION98.014
6.159-6.5260.443660.3331669X-RAY DIFFRACTION98.2446
6.526-6.9680.395840.2911585X-RAY DIFFRACTION99.4044
6.968-7.5150.459800.2631429X-RAY DIFFRACTION98.886
7.515-8.2130.331730.221339X-RAY DIFFRACTION98.0556
8.213-9.1510.288700.1921204X-RAY DIFFRACTION96.735
9.151-10.5080.263450.1491079X-RAY DIFFRACTION95.5782
10.508-12.7290.162350.137923X-RAY DIFFRACTION93.6461
12.729-17.4420.306460.228717X-RAY DIFFRACTION94.1975
17.442-48.960.397240.373452X-RAY DIFFRACTION89.1386
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17110.4041-0.22080.9041-1.26782.7290.0085-0.96590.32870.1156-0.0316-0.15230.05920.39950.02310.07570.122-0.05830.5634-0.43921.608441.1-4.5544.055
22.4456-0.2099-0.03734.02181.51422.82510.32550.74470.2473-0.5011-0.0369-0.02240.3597-1.2272-0.28860.2659-0.17690.15750.91570.40371.443117.796-2.16-40.748
35.2026-0.9695-0.70541.62710.91463.14240.30450.57460.3336-0.1354-0.0458-0.2218-0.0028-0.1436-0.25860.9614-0.04450.36390.14550.31751.524154.5421.179-57.818
45.44973.2681-2.95925.2051.32674.6411-0.28360.28270.6821-0.34290.31880.5045-0.1654-0.0879-0.03520.80320.3689-0.09240.22010.03741.630671.655-30.017-29.403
53.9555-2.9557-3.09483.6229-0.04539.31550.2968-0.27071.1369-0.47860.3243-0.1596-0.80970.0113-0.6211.3895-0.0650.15760.0544-0.10832.042650.28932.126-19.1
68.5632-1.38341.92051.14130.05741.0417-0.11720.2397-0.3845-0.13950.19320.4851-0.94470.2955-0.0761.6241-0.28250.16480.2998-0.50082.003333.7131.3119.987
77.6442.4683.66326.45226.845914.46250.6386-0.495-0.25610.88150.0368-0.25350.93170.0537-0.67550.425-0.17560.03981.33660.18681.3153-29.08-3.5492.156
85.6788-0.47160.20851.9511.99572.30610.11760.11110.22990.57860.1279-0.23410.66990.5571-0.24550.98850.24650.16731.02860.30681.722286.531.239-52.16
99.4083-3.47053.39557.56695.47438.46010.0826-1.08310.41840.3173-0.23080.02150.2632-1.1230.14831.0619-0.18170.25371.4565-0.02581.815376.00721.374-30.162
100.17430.10960.24780.10080.17480.4457-0.11840.173-0.30060.07310.19410.0905-0.40670.1873-0.07572.3160.12930.66561.93950.48093.477234.49848.392-44.498
116.3611.2272-1.63572.71261.32792.03280.3825-0.75420.2371-0.3867-0.1292-0.0764-0.51870.9325-0.25330.5802-0.0687-0.11861.1526-0.15681.676378.6733.183-16.517
125.35750.0244-1.97972.4511-2.11423.15140.2467-0.6571-0.5820.0287-0.2198-0.10730.28090.1886-0.02691.3575-0.0220.01760.3887-0.13751.201173.874-62.616-30.071
130.41360.2989-0.00461.55170.89870.63350.2226-0.5888-0.14961.19270.2042-0.56920.79780.3737-0.42671.826-0.1806-0.26011.6298-0.01981.807772.50727.22813.621
145.29982.34971.6682.4713-1.06315.693-0.1064-0.2730.1671-0.16250.311-0.1301-0.244-0.8551-0.20450.80840.26640.12240.6576-0.25651.5851-0.29718.115.882
154.098-1.8127-2.92043.90224.47895.3775-2.18450.096-0.5590.18831.20260.78410.69331.05790.98192.0824-0.0636-0.08571.743-0.04811.582429.506-48.578-53.039
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精密化 TLSグループ
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1X-RAY DIFFRACTION1ALLCCC1 - 28
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18X-RAY DIFFRACTION3ALLDDD1 - 342
19X-RAY DIFFRACTION3ALLDDD1318 - 1344
20X-RAY DIFFRACTION3ALLDDD1501
21X-RAY DIFFRACTION3ALLFFF218 - 226
22X-RAY DIFFRACTION3ALLFFF232 - 241
23X-RAY DIFFRACTION4ALLCCC153 - 226
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25X-RAY DIFFRACTION4ALL11145 - 49
26X-RAY DIFFRACTION5ALLCCC833 - 891
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36X-RAY DIFFRACTION10ALLCCC892 - 911
37X-RAY DIFFRACTION11ALLCCC29 - 145
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39X-RAY DIFFRACTION12ALLCCC227 - 336
40X-RAY DIFFRACTION13ALLCCC937 - 1039
41X-RAY DIFFRACTION14ALLAAA1 - 51
42X-RAY DIFFRACTION14ALLAAA179 - 235
43X-RAY DIFFRACTION14ALLBBB1 - 51
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45X-RAY DIFFRACTION15ALLDDD1154 - 1212
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47X-RAY DIFFRACTION17ALLDDD501 - 636
48X-RAY DIFFRACTION18ALLDDD944 - 1128
49X-RAY DIFFRACTION19ALLFFF227 - 231
50X-RAY DIFFRACTION19ALL22214 - 21
51X-RAY DIFFRACTION20ALL11120 - 36
52X-RAY DIFFRACTION20ALL22227 - 43
53X-RAY DIFFRACTION21ALL11150 - 59
54X-RAY DIFFRACTION21ALL2223 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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