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Yorodumi- PDB-6utx: E. coli sigma-S transcription initiation complex with an empty bu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6utx | |||||||||
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Title | E. coli sigma-S transcription initiation complex with an empty bubble ("Old" crystal) | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA / Transcription initiation / RNA polymerase / DNA promoter / transcription bubble / de novo RNA synthesis / DNA scrunching / sigma-S factor / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information sigma factor antagonist complex / response to stress / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly ...sigma factor antagonist complex / response to stress / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.05 Å | |||||||||
Authors | Zuo, Y. / De, S. / Steitz, T.A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Iscience / Year: 2020 Title: Structural Insights into Transcription Initiation from De Novo RNA Synthesis to Transitioning into Elongation. Authors: Zuo, Y. / De, S. / Feng, Y. / Steitz, T.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6utx.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6utx.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 6utx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6utx_validation.pdf.gz | 254.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6utx_full_validation.pdf.gz | 254.1 KB | Display | |
Data in XML | 6utx_validation.xml.gz | 1.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6utx_validation.cif.gz | 32.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/6utx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/6utx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6utvC 6utwC 6utyC 6utzC 6uu0C 6uu1C 6uu2C 6uu3C 6uu4C 6uu5C 6uu6C 6uu7C 6uu8C 6uu9C 6uuaC 6uubC 6uucC 5iplS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 5 molecules AAABBBCCCDDDEEE
#1: Protein | Mass: 26899.572 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | | Mass: 150820.875 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: rpoB, Z5560, ECs4910 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P0A8V4, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | | Mass: 155366.781 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase #4: Protein | | Mass: 10118.352 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: rpoZ, b3649, JW3624 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-Protein , 1 types, 1 molecules FFF
#5: Protein | Mass: 38777.602 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: rpoS, appR, katF, nur, otsX, sigS, b2741, JW5437 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P13445 |
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-Synthetic DNA 50-MER (promoter ... , 2 types, 2 molecules 111222
#6: DNA chain | Mass: 15313.812 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#7: DNA chain | Mass: 15562.970 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 2 types, 3 molecules
#8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-MG / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: PEG3350, sodium chloride, HEPES / Temp details: Room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.05→48.942 Å / Num. obs: 38603 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.19 |
Reflection shell | Resolution: 4.05→4.29 Å / Redundancy: 5.65 % / Mean I/σ(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 5969 / CC1/2: 0.181 / % possible all: 97.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5IPL Resolution: 4.05→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 414.888 / SU ML: 2.09 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.282 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 247.661 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.05→48.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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