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- PDB-6ute: Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ute
タイトルCrystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII
要素
  • Envelope domain III
  • Z032 Fab heavy chain
  • Z032 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...flavivirin / immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / adaptive immune response / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B ...Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / : / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / : / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa light chain / Envelope / Genome polyprotein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
West Nile virus (西ナイルウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Esswein, S.R. / Gristick, H.B. / Keeffe, J.R. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01-1-ROCKU.AI138938 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM007616-40 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F30AI147579 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008042 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for Zika envelope domain III recognition by a germline version of a recurrent neutralizing antibody.
著者: Esswein, S.R. / Gristick, H.B. / Jurado, A. / Peace, A. / Keeffe, J.R. / Lee, Y.E. / Voll, A.V. / Saeed, M. / Nussenzweig, M.C. / Rice, C.M. / Robbiani, D.F. / MacDonald, M.R. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Z032 Fab heavy chain
D: Z032 Fab light chain
S: Envelope domain III
A: Z032 Fab heavy chain
B: Z032 Fab light chain
E: Z032 Fab heavy chain
F: Z032 Fab light chain
G: Z032 Fab heavy chain
H: Z032 Fab light chain
I: Z032 Fab heavy chain
J: Z032 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,67916
ポリマ－253,21811
非ポリマー4605
水00
1
C: Z032 Fab heavy chain
D: Z032 Fab light chain
S: Envelope domain III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1465
ポリマ－58,9623
非ポリマー1842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Z032 Fab heavy chain
B: Z032 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6563
ポリマ－48,5642
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
3
E: Z032 Fab heavy chain
F: Z032 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6563
ポリマ－48,5642
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
4
G: Z032 Fab heavy chain
H: Z032 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5642
ポリマ－48,5642
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
5
I: Z032 Fab heavy chain
J: Z032 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6563
ポリマ－48,5642
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.230, 114.020, 127.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体
Z032 Fab heavy chain


分子量: 24844.746 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291
#2: 抗体
Z032 Fab light chain


分子量: 23719.354 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX7
#3: タンパク質 Envelope domain III


分子量: 10397.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) West Nile virus (西ナイルウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06C97, UniProt: Q9Q6P4*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→39.99 Å / Num. obs: 57405 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 54.27 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 5695 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.504 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VIG, 1ZTX

5vig

1ztx


解像度: 2.9→39.99 Å / SU ML: 0.4274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.1691
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 2848 4.96 %
Rwork0.2232 54542 -
obs0.2252 57390 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17225 0 30 0 17255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001817663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.539324019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04122701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00443058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.343110499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.950.33361720.29832679X-RAY DIFFRACTION99.51
2.95-30.33871620.29122681X-RAY DIFFRACTION99.51
3-3.060.331390.28842706X-RAY DIFFRACTION98.96
3.06-3.120.32091520.28962649X-RAY DIFFRACTION99.26
3.12-3.190.30431170.27472742X-RAY DIFFRACTION99.41
3.19-3.270.33111270.2682706X-RAY DIFFRACTION99.06
3.27-3.350.29531500.27822745X-RAY DIFFRACTION99.93
3.35-3.440.3091610.24982701X-RAY DIFFRACTION99.86
3.44-3.540.29661430.23512719X-RAY DIFFRACTION99.9
3.54-3.650.29291150.23292738X-RAY DIFFRACTION99.96
3.65-3.780.29071430.23762733X-RAY DIFFRACTION99.93
3.78-3.940.27641570.23812689X-RAY DIFFRACTION99.86
3.94-4.110.25681550.22322717X-RAY DIFFRACTION99.86
4.11-4.330.25441370.2042728X-RAY DIFFRACTION99.93
4.33-4.60.21611500.17572737X-RAY DIFFRACTION99.93
4.6-4.960.20261130.18372786X-RAY DIFFRACTION100
4.96-5.450.24391300.19252753X-RAY DIFFRACTION99.97
5.45-6.240.26821180.22132771X-RAY DIFFRACTION99.93
6.24-7.850.24111620.22352749X-RAY DIFFRACTION99.9
7.85-39.990.20241450.17572813X-RAY DIFFRACTION99.63
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.841876966731.33415290957-0.3717168907693.53736159506-1.288364798661.507069684770.0878420614621-0.4562591856950.01005525625980.578247526728-0.269173257188-0.322043018296-0.2059805537790.1235897870950.1815950196880.5568704958160.0204177596645-0.06304021801380.4792359539270.02039425325820.279752185078-25.470898559414.3204940713-11.1497323434
22.139164028721.3733233616-0.03601559547793.01547016754-0.5010812092671.35650976972-0.0295419231577-0.0004365772956980.2048707080420.0148256989937-0.149927185046-0.220981863305-0.178901763154-0.1237282385840.1755079449490.4602871024980.06464155609870.04631495608620.3062951138730.00933600178650.319540562866-30.287769348121.0243301554-27.5076845634
33.69121680162-2.00864028863-1.264035399482.43806123475-0.09816881483353.02421904826-0.126347002409-0.453095002454-0.4693771499240.3518702235950.329801521846-0.2171098755870.796306189958-0.406990211812-0.1835833379420.829205854517-0.226343584668-0.1947574846340.7407501944330.2311091446110.73667561903-50.9459252556-21.9858791321-13.2973134487
42.57196226314-1.74818245414-2.352540063082.815892206822.133042541163.044923550040.122915968846-0.2624485617030.154465403986-0.2537480412430.138800074289-0.306888824124-0.2693710695290.550204334754-0.2556972967410.450471805641-0.0442457114753-0.05196119057090.362776841561-0.03918652548660.309719312747-8.16128015151-2.94433398151-50.6055506967
51.23438792081-0.348868217208-0.8244023762571.770777611480.7769174571591.13591379159-0.0573001815646-0.115666710294-0.00671494050439-0.2159919368810.0675191592814-0.04514922804310.1227257411220.208073608336-0.004582549955670.545683394330.006635662915330.01009352734670.2372039634090.002141591575750.267533485563-18.2802314319-12.7292738818-62.1246276411
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70.4894731105960.111236784857-0.5506739241242.53785654467-2.320385468183.62884251967-0.0346564421754-0.04130078263270.117988113037-0.09324930901920.1574689386230.2465417754260.248034069019-0.311415620512-0.1326651027070.417742523164-0.04097021189420.00380055834620.26802875692-0.009079509905910.397429144824-50.4518081304-39.9346413775-33.4134516224
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 1 through 213)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'D' and resid 1 through 213)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'S' and resid 303 through 400)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resid 1 through 214)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'B' and resid 1 through 213)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'E' and resid 1 through 213)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'F' and resid 1 through 213)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'G' and resid 1 through 214)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'H' and resid 1 through 213)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'I' and resid 1 through 215)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'J' and resid 1 through 213)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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