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- PDB-6usr: Telomerase Reverse Transcriptase ternary complex, TERT:DNA:dGpCpp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6usr
タイトルTelomerase Reverse Transcriptase ternary complex, TERT:DNA:dGpCpp
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA/RNA (5'-R(*CP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*C)-D(P*CP*T)-R(P*GP*AP*C)-D(P*C)-3')
  • Telomerase reverse transcriptase
キーワードNUCLEAR PROTEIN / TRANSFERASE/RNA/DNA / telomerase / reverse transcriptase / polymerase / TRANSFERASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2210 / Telomerase reverse transcriptase (TERT), thumb domain / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 - #20 / Alpha-Beta Plaits - #2630 / Telomerase reverse transcriptase, thumb DNA-binding domain / Telomerase reverse transcriptase thumb DNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2210 / Telomerase reverse transcriptase (TERT), thumb domain / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 - #20 / Alpha-Beta Plaits - #2630 / Telomerase reverse transcriptase, thumb DNA-binding domain / Telomerase reverse transcriptase thumb DNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / DNA / DNA (> 10) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Schaich, M.A. / Freudenthal, B.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM128562 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Mechanisms of nucleotide selection by telomerase.
著者: Schaich, M.A. / Sanford, S.L. / Welfer, G.A. / Johnson, S.A. / Khoang, T.H. / Opresko, P.L. / Freudenthal, B.D.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3')
F: DNA/RNA (5'-R(*CP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*C)-D(P*CP*T)-R(P*GP*AP*C)-D(P*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,97710
ポリマ－80,2953
非ポリマー6827
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area31830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.437, 97.437, 164.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 / DNA/RNAハイブリッド , 3種, 3分子 AEF

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase / Telomerase catalytic subunit


分子量: 70645.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: TERT, TcasGA2_TC010963 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0QHL8, RNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 4650.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-R(*CP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*C)-D(P*CP*T)-R(P*GP*AP*C)-D(P*C)-3')


分子量: 4999.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 51分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-G2P / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 11% isopropanol, 0.1 M KCl, 25 mM MgCl2, and 50 mM sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→48.72 Å / Num. obs: 19992 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.93→3.11 Å / Num. unique obs: 3151 / CC1/2: 0.533

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
Blu-Iceデータ収集
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6USO

6uso


解像度: 2.93→48.72 Å / SU ML: 0.6243 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.203
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2897 1005 5.08 %
Rwork0.265 18797 -
obs0.2662 19992 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4750 634 37 44 5465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00495619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82487759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487866
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.28642072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.93-3.080.45151280.41062512X-RAY DIFFRACTION95.14
3.09-3.280.37891510.34512662X-RAY DIFFRACTION99.89
3.28-3.530.34231570.31922651X-RAY DIFFRACTION99.96
3.53-3.890.3121580.27672665X-RAY DIFFRACTION99.96
3.89-4.450.29081270.25592727X-RAY DIFFRACTION99.89
4.45-5.60.26391590.24452707X-RAY DIFFRACTION100
5.6-48.720.24611250.23572873X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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