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- PDB-6ur5: Resurfaced influenza hemagglutinin in complex with a broadly neut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ur5
タイトルResurfaced influenza hemagglutinin in complex with a broadly neutralizing antibody
要素
  • Antibody heavy chain
  • Antibody light chain
  • Influenza hemagglutinin HA1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / hemagglutinin / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Bajic, G. / Schmidt, A.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI89618-A1 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Molecular Grafting of a Complex Broadly Neutralizing Viral Epitope.
著者: Bajic, G. / Maron, M.J. / Caradonna, T.M. / Tian, M. / Mermelstein, A. / Fera, D. / Kelsoe, G. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G.
履歴
登録2019年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody heavy chain
B: Antibody light chain
C: Influenza hemagglutinin HA1
D: Influenza hemagglutinin HA1
G: Antibody heavy chain
H: Antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,4149
ポリマ－163,4026
非ポリマー2,0123
水00
1
A: Antibody heavy chain
B: Antibody light chain
C: Influenza hemagglutinin HA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5804
ポリマ－81,7013
非ポリマー8791
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Influenza hemagglutinin HA1
G: Antibody heavy chain
H: Antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8345
ポリマ－81,7013
非ポリマー1,1332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.270, 141.470, 166.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 AGBH

#1: 抗体 Antibody heavy chain


分子量: 26690.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody light chain


分子量: 22562.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 CD

#3: タンパク質 Influenza hemagglutinin HA1


分子量: 32447.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: M1UPL4*PLUS
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_a6-e1_b4-c1_b6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1040.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_b6-e1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate (pH 4.5), 20% (wt/vol) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→48.59 Å / Num. obs: 17321 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.642 % / Biso Wilson estimate: 51.275 Å2 / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.29 / Rrim(I) all: 0.34 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 4.51 / Num. measured all: 63077 / Scaling rejects: 230
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
4-4.23.2840.7341.677101241421620.5690.87589.6
4.2-4.33.7760.5752.343829101910140.7680.67399.5
4.3-4.43.8080.5052.7236149539490.8020.5999.6
4.4-4.53.7050.4043.1631018408370.8640.47299.6
4.5-53.7510.3533.7112580338733540.8910.41399
5-63.7230.316414146384038000.9050.36999
6-83.6630.284.5710959303729920.9360.32898.5
8-103.4560.1129.353701109810710.9850.13397.5
10-153.5440.07913.0428358218000.9940.09297.4
15-203.6090.07813.657292082020.9920.09197.1
20-303.510.0617.353651071040.9980.06997.2
30-403.3850.04718.038827260.9950.05496.3
40-462.6250.0418.7921780.9990.05100
46-48.5940.04121.7481420.04814.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HA0

1ha0


解像度: 4→48.59 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3218 992 5.73 %
Rwork0.2997 16322 -
obs0.301 17314 97.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 219.64 Å2 / Biso mean: 97.2961 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4→48.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10781 0 135 0 10916
Biso mean--122.95 --
残基数----1416
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4-4.210.39631360.36142137227390
4.21-4.470.33661490.32642345249499
4.47-4.820.35861310.30372372250399
4.82-5.30.35311340.30392368250299
5.3-6.070.29751530.30642359251299
6.07-7.640.29731530.31362357251099
7.64-48.590.2761360.24652384252098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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