ソフトウェア 名称 バージョン 分類 SCALA3.3.22データスケーリング REFMAC5.8.0222精密化 PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 MOSFLMデータ削減 MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB entry 6UQV解像度 : 1.85→40.09 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.953 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.928 / SU B : 9.483 / SU ML : 0.135 / SU R Cruickshank DPI : 0.1496 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.15 / ESU R Free : 0.144 詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2385 2361 4.8 % RANDOM Rwork 0.1913 - - - obs 0.1935 47260 99.13 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 72.77 Å2 / Biso mean : 27.701 Å2 / Biso min : 13.01 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 3.34 Å2 -0 Å2 1.01 Å2 2- - -2.14 Å2 -0 Å2 3- - - -1.47 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.85→40.09 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4424 0 25 344 4793 Biso mean - - 39.1 33.75 - 残基数 - - - - 570
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.016 0.015 4588 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 3945 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.79 1.761 6248 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.616 1.735 9239 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.577 5 578 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg28.642 19.291 254 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.972 15 623 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg18.635 15 50 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.091 0.2 556 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.01 0.021 5391 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 889
LS精密化 シェル 解像度 : 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.35 188 - Rwork 0.297 3480 - all - 3668 - obs - - 99.08 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.0478 0.1752 -0.0287 0.9351 -0.1797 0.0659 -0.0016 -0.0292 0.0151 -0.0553 0.0029 0.0761 0.0079 0.0072 -0.0014 0.0706 -0.003 0.008 0.0749 -0.0052 0.1296 -14.8229 -0.2099 37.5863 2 0.2392 -0.0854 -0.1654 0.2499 0.2437 0.2833 -0.0027 0.0271 -0.0358 -0.0663 -0.0357 0.0152 -0.0771 -0.048 0.0384 0.3072 0.0274 0.0539 0.01 -0.0077 0.0414 -8.2053 -29.3216 -0.2863
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A23 - 403 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B23 - 403