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- PDB-6up3: Crystal structure of the murine DHX36 helicase in complex with ANP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6up3
タイトルCrystal structure of the murine DHX36 helicase in complex with ANP
要素Dhx36 protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / helicase / ATP-dependent / RNA-binding / DNA-binding / G4 resolvase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intracellular mRNA localization / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of cardioblast differentiation / telomerase RNA stabilization / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / pre-miRNA binding / G-quadruplex DNA unwinding / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production ...positive regulation of intracellular mRNA localization / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of cardioblast differentiation / telomerase RNA stabilization / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / pre-miRNA binding / G-quadruplex DNA unwinding / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / RNA secondary structure unwinding / G-quadruplex DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of cytoplasmic translation / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / cellular response to arsenite ion / telomerase RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / regulation of embryonic development / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / ATP-dependent activity, acting on DNA / regulation of mRNA stability / DNA helicase activity / ossification / mRNA 3'-UTR binding / response to virus / mRNA 5'-UTR binding / histone deacetylase binding / cytoplasmic stress granule / cellular response to UV / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / G-quadruplex RNA binding / spermatogenesis / defense response to virus / perikaryon / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / chromosome, telomeric region / RNA helicase activity / negative regulation of translation / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / RNA helicase / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / axon / innate immune response / dendrite / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain ...: / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / RNA helicase / ATP-dependent DNA/RNA helicase DHX36
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.691 Å
データ登録者Chuenchor, W. / Jiang, J. / Xiao, T.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Z01AI000960 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the murine DHX36 helicase in complex with ANP
著者: Chuenchor, W. / Jiang, J. / Xiao, T.S.
履歴
登録2019年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dhx36 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5962
ポリマ－95,0901
非ポリマー5061
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area35660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.446, 116.147, 132.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dhx36 protein


分子量: 95089.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dhx36 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2RQS6, UniProt: Q8VHK9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 8% PEG8000, 100 mM ammonium acetate, 20 mM magnesium chloride, 50 mM HEPES, pH 7.0, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→46.847 Å / Num. obs: 28736 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.69→2.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2720 / CC1/2: 0.36 / Rrim(I) all: 0.961

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_3374精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.691→46.847 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 26.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 1465 5.1 %
Rwork0.1999 --
obs0.2025 28699 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 185.96 Å2 / Biso mean: 69.1267 Å2 / Biso min: 30.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.691→46.847 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6599 0 31 23 6653
Biso mean--65.52 59.15 -
残基数----821
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6913-2.78750.3291290.2725259195
2.7875-2.89910.32171600.26182706100
2.8991-3.0310.30551470.25012714100
3.031-3.19080.29561440.22882715100
3.1908-3.39060.31791410.22232716100
3.3906-3.65230.26751520.21462723100
3.6523-4.01970.25221420.1862273899
4.0197-4.60090.20731430.1739273799
4.6009-5.7950.2091460.1847275898
5.795-46.840.25081610.1862283697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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