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- PDB-6unc: The crystal structure of Phosphopantetheinyl Hydrolase (PptH) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6unc
タイトルThe crystal structure of Phosphopantetheinyl Hydrolase (PptH) from Mycobacterium tuberculosis
要素Metallophos domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Phosphopantetheinyl Hydrolase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] phosphodiesterase / [acyl-carrier-protein] phosphodiesterase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / [Acyl-carrier-protein] phosphodiesterase PptH
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mosior, J.W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P01AI095208 米国
Welch FoundationA-0015 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into phosphopantetheinyl hydrolase PptH from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mosior, J. / Bourland, R. / Soma, S. / Nathan, C. / Sacchettini, J.
履歴
登録2019年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallophos domain-containing protein
B: Metallophos domain-containing protein
C: Metallophos domain-containing protein
D: Metallophos domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,95912
ポリマ－145,5164
非ポリマー4438
水4,486249
1
A: Metallophos domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4903
ポリマ－36,3791
非ポリマー1112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallophos domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4903
ポリマ－36,3791
非ポリマー1112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Metallophos domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4903
ポリマ－36,3791
非ポリマー1112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Metallophos domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4903
ポリマ－36,3791
非ポリマー1112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Metallophos domain-containing protein
ヘテロ分子

B: Metallophos domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9806
ポリマ－72,7582
非ポリマー2224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
Buried area2760 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area22450 Å2
手法PISA
6
C: Metallophos domain-containing protein
ヘテロ分子

D: Metallophos domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9806
ポリマ－72,7582
非ポリマー2224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area22240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.190, 92.534, 183.626
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPRO(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...AA15 - 9215 - 92
12GLNGLNASNASN(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...AA94 - 10694 - 106
13CYSCYSASPASP(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...AA108 - 109108 - 109
14GLYGLYPROPRO(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...AA112 - 134112 - 134
15PHEPHEASPASP(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...AA136 - 198136 - 198
16GLNGLNPROPRO(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...AA201 - 290201 - 290
21GLYGLYPROPRO(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...BB15 - 9215 - 92
22GLNGLNASNASN(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...BB94 - 10694 - 106
23CYSCYSASPASP(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...BB108 - 109108 - 109
24GLYGLYPROPRO(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...BB112 - 134112 - 134
25PHEPHEASPASP(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...BB136 - 198136 - 198
26GLNGLNPROPRO(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...BB201 - 290201 - 290
31GLYGLYPROPRO(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...CC15 - 9215 - 92
32GLNGLNASNASN(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...CC94 - 10694 - 106
33CYSCYSASPASP(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...CC108 - 109108 - 109
34GLYGLYPROPRO(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...CC112 - 134112 - 134
35PHEPHEASPASP(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...CC136 - 198136 - 198
36GLNGLNPROPRO(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...CC201 - 290201 - 290
41GLYGLYPROPRO(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...DD15 - 9215 - 92
42GLNGLNASNASN(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...DD94 - 10694 - 106
43CYSCYSASPASP(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...DD108 - 109108 - 109
44GLYGLYPROPRO(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...DD112 - 134112 - 134
45PHEPHEASPASP(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...DD136 - 198136 - 198
46GLNGLNPROPRO(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...DD201 - 290201 - 290

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要素

#1: タンパク質
Metallophos domain-containing protein


分子量: 36379.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv2795c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 AI / 参照: UniProt: I6YEE1
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.3 M ammonium tartrate dibasic; 0.1 M bis-tris propane pH 7.0 with protein: condition 1:1 (protein: condition)
PH範囲: 6.7-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.87 Å / Num. obs: 84008 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 50.87 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / Rmerge(I) obs: 0.963 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 8417 / CC1/2: 0.57 / Rpim(I) all: 0.601 / Rrim(I) all: 1.137

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
CRANK2位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.86 Å / SU ML: 0.3368 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.9084
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 4324 5.15 %
Rwork0.1858 --
obs0.1876 83990 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 58.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9030 0 8 249 9287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00229346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.576312817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04521346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00471663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.82345457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.530.36161460.32242645X-RAY DIFFRACTION99.68
2.53-2.560.331450.31212723X-RAY DIFFRACTION99.48
2.56-2.590.30241420.2912614X-RAY DIFFRACTION99.53
2.59-2.620.36921430.29572694X-RAY DIFFRACTION99.65
2.62-2.660.31211420.29232677X-RAY DIFFRACTION99.61
2.66-2.690.37081410.28812621X-RAY DIFFRACTION99.71
2.69-2.730.36231480.27812683X-RAY DIFFRACTION99.4
2.73-2.770.35991440.27142639X-RAY DIFFRACTION99.68
2.77-2.820.29451420.26352659X-RAY DIFFRACTION99.57
2.82-2.860.29511430.24762695X-RAY DIFFRACTION99.75
2.86-2.910.27911720.24072641X-RAY DIFFRACTION99.82
2.91-2.960.30931500.23462688X-RAY DIFFRACTION99.93
2.96-3.020.24691140.22792633X-RAY DIFFRACTION99.75
3.02-3.080.2891580.21792672X-RAY DIFFRACTION99.68
3.08-3.150.2531390.20662628X-RAY DIFFRACTION99.64
3.15-3.220.30871270.19722718X-RAY DIFFRACTION99.79
3.22-3.30.21091650.20122668X-RAY DIFFRACTION99.79
3.3-3.390.23341360.20292634X-RAY DIFFRACTION99.6
3.39-3.490.22791520.19322662X-RAY DIFFRACTION99.79
3.49-3.610.20071230.18652700X-RAY DIFFRACTION99.65
3.61-3.730.21911630.16492619X-RAY DIFFRACTION99.11
3.73-3.880.20131430.16332674X-RAY DIFFRACTION99.37
3.88-4.060.19091440.15082626X-RAY DIFFRACTION99.18
4.06-4.270.19931580.15252617X-RAY DIFFRACTION99.07
4.27-4.540.17891500.14112662X-RAY DIFFRACTION99.19
4.54-4.890.16861470.13832631X-RAY DIFFRACTION98.65
4.89-5.380.17891240.15362634X-RAY DIFFRACTION98.29
5.38-6.160.17331240.16142689X-RAY DIFFRACTION99.12
6.16-7.760.19491460.17542615X-RAY DIFFRACTION98.93
7.76-44.860.16331530.14562605X-RAY DIFFRACTION97.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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