[日本語] English
万見
- PDB-6um9: Gypsy Moth Pheromone-binding protein 1 (LdisPBP1) NMR Structure a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6um9
タイトルGypsy Moth Pheromone-binding protein 1 (LdisPBP1) NMR Structure at pH 4.5
要素Pheromone binding protein 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性Odorant/pheromone binding protein, Lepidoptera / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / Pheromone binding protein 1
機能・相同性情報
生物種Lymantria dispar (マイマイガ)
手法溶液NMR / STAP
データ登録者Terrado, M. / Plettner, E.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)06088 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)05053 カナダ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Ligand- and pH-Induced Structural Transition of Gypsy Moth Lymantria dispar Pheromone-Binding Protein 1 (LdisPBP1).
著者: Terrado, M. / Okon, M. / McIntosh, L.P. / Plettner, E.
履歴
登録2019年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pheromone binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1661
ポリマ－16,1661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1target function

-
要素

#1: タンパク質 Pheromone binding protein 1


分子量: 16165.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymantria dispar (マイマイガ) / 遺伝子: PBP1 / プラスミド: pET 30 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O16105

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic23D 1H-13C NOESY
1101isotropic23D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.2 M [U-99% 13C; U-99% 15N] LdisPBP1, 50 mM sodium acetate, 1 mM EDTA, 0.05 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O
詳細: in 50 mM sodium acetate buffer pH 4.5, 1 mM EDTA, 0.05% NaN3
Label: 13C,15N LdisPBP1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 MLdisPBP1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium acetatenatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
0.05 % w/vsodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0 M / Label: buffer / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMReRyu H, Lim GT, Sung BH, Lee J精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: STAP / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る