[日本語] English
万見
- PDB-6ulb: Sex Hormone-binding globulin mutant E176K in complex with Danazol -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ulb
タイトルSex Hormone-binding globulin mutant E176K in complex with Danazol
要素Sex hormone-binding globulin
キーワードHORMONE / Sex Steroid Transport Binding Globulin
機能・相同性
機能・相同性情報


androgen binding / steroid binding / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Danazol / Sex hormone-binding globulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Round, P.W. / Das, S. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and biochemical analyses of danazol interactions with sex hormone-binding globulin and effects on androgen action
著者: Round, P.W. / Das, S. / Van Petegem, F. / Hammond, G.L.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sex hormone-binding globulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9883
ポリマ－22,6111
非ポリマー3782
水2,468137
1
A: Sex hormone-binding globulin
ヘテロ分子

A: Sex hormone-binding globulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9766
ポリマ－45,2212
非ポリマー7554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)52.007, 52.007, 149.238
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-453-

HOH

21A-461-

HOH

31A-527-

HOH

41A-534-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Sex hormone-binding globulin / SHBG / Sex steroid-binding protein / SBP / Testis-specific androgen-binding protein / ABP / ...SHBG / Sex steroid-binding protein / SBP / Testis-specific androgen-binding protein / ABP / Testosterone-estradiol-binding globulin / TeBG / Testosterone-estrogen-binding globulin


分子量: 22610.689 Da / 分子数: 1 / 変異: E176K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHBG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04278
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-QA1 / Danazol / (1R,3aS,3bR,10aR,10bS,12aS)-1-ethynyl-10a,12a-dimethyl-2,3,3a,3b,4,5,10,10a,10b,11,12,12a-dodecahydro-1H-cyclopenta[7,8 ]phenanthro[3,2-d][1,2]oxazol-1-ol / ダナゾ-ル


分子量: 337.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M potassium thiocyanate / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→29.572 Å / Num. obs: 21617 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.789.80.7261129411580.9460.2440.7673.1100
9.09-29.57100.03820392040.9980.0130.0452.197.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.92 Å29.57 Å
Translation4.92 Å29.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PYF

6pyf


解像度: 1.75→29.572 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.39
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 1999 9.28 %Random selection
Rwork0.1839 ---
obs0.1877 21537 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.59 Å2 / Biso mean: 35.6795 Å2 / Biso min: 16.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→29.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1333 0 53 137 1523
Biso mean--30.06 44.89 -
残基数----171
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.7501-1.79380.2721410.24481376
1.7938-1.84230.28561380.23111342
1.8423-1.89650.25191380.21541351
1.8965-1.95770.23561390.2011360
1.9577-2.02770.24571400.20141365
2.0277-2.10880.27141430.19851389
2.1088-2.20480.24721380.19641368
2.2048-2.3210.24561410.19111377
2.321-2.46630.24981430.19471405
2.4663-2.65660.22671410.19621376
2.6566-2.92380.24171460.20171412
2.9238-3.34630.19561440.1941413
3.3463-4.21410.19781480.15391447
4.2141-29.5720.21781590.16981557
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.1098 Å / Origin y: 23.5528 Å / Origin z: -8.1732 Å
111213212223313233
T0.1641 Å2-0.0224 Å20.0039 Å2-0.1797 Å20.0028 Å2--0.1886 Å2
L2.2544 °20.0925 °2-1.1128 °2-1.0378 °2-0.0731 °2--3.4142 °2
S-0.046 Å °0.0052 Å °-0.1964 Å °0.0646 Å °-0.0206 Å °0.0669 Å °0.1646 Å °-0.2376 Å °0.0386 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA14 - 188
2X-RAY DIFFRACTION1allC1
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 198
4X-RAY DIFFRACTION1allB1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る