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- PDB-6ukh: HhaI endonuclease in Complex with DNA in space group P41212 (pH 6.0) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ukh
タイトルHhaI endonuclease in Complex with DNA in space group P41212 (pH 6.0)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*G)-3')
  • HhaI Restriction Endonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / restriction / modification / protein-DNA complex / iodine phasing / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structure of HhaI endonuclease with cognate DNA at an atomic resolution of 1.0 angstrom.
著者: Horton, J.R. / Yang, J. / Zhang, X. / Petronzio, T. / Fomenkov, A. / Wilson, G.G. / Roberts, R.J. / Cheng, X.
履歴
登録2019年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: HhaI Restriction Endonuclease
A: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6195
ポリマ－38,5393
非ポリマー802
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.257, 67.257, 171.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 HhaI Restriction Endonuclease


分子量: 29977.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1050_0931 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3DBY6, 加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量: 4302.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4258.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% v/v 2-propanol, 0.1 M MES/sodium hydroxide, pH 6.0, 0.2 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→33 Å / Num. obs: 17964 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 74.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.82→2.93 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 1.685 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1808 / CC1/2: 0.741 / Rpim(I) all: 0.529

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6UKE

6uke


解像度: 2.82→33 Å / SU ML: 0.4432 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.3289
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 882 4.92 %
Rwork0.2051 --
obs0.2075 17912 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 84.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1992 527 2 11 2532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00362648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63813701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0438407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.77972
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.82-30.43381420.33992786X-RAY DIFFRACTION97.67
3-3.230.28721500.25222840X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.560.2621420.21862870X-RAY DIFFRACTION99.97
3.56-4.070.26321500.19892839X-RAY DIFFRACTION100
4.07-5.130.21951460.17472844X-RAY DIFFRACTION99.97
5.13-330.23281520.1942851X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.51017006856-5.22236233237-5.616359674078.665368955695.718111237279.246732244110.7202163023440.5304831628160.442471866202-0.437048573878-0.2660703540950.574881884033-1.48992880232-0.128206438671-0.4967818566840.6500522363010.0224601536441-0.06061080869350.4217497771880.06055903111160.899353065544-20.119795550646.2940436103-16.1008703066
28.367690048229.80693329991-3.040860411882.16813426178-2.082380106189.16643650449-1.00979607846-0.789772121117-1.08954123858-0.3174306414790.586488269894-1.429358847850.09823542087221.450926655070.3453386424040.8291519737790.214009312780.1823956910220.618777221249-0.07244546461821.09435616053-19.238743051942.1730897141-6.67838292486
32.04631860373-3.87093771616-0.1701097406835.207294946862.624350284865.88202060615-0.09469051166380.0403128154034-0.2674275060660.02687967095810.1396986557580.627107833875-0.177589736294-0.740914502743-0.06055189932940.338986666624-0.0655423341870.1199324494560.4936393302170.04358767007760.585801585201-23.445636754837.6117154798-11.3287471329
42.673580948734.976649008053.079107446987.68640347549-2.230545077629.001925948370.437483987225-0.623763580975-1.581099652772.19251342258-0.0805873609622-0.006318533657060.8204991161280.172827385273-0.3940189802320.808423715427-0.1690145099940.02613253029150.586377981860.1029741301290.821870695624-12.428606815212.8121771667-8.94795623769
52.27152392129-8.10083651059-0.1414084802756.57727082426-0.1630820091167.9214643309-0.0199705079265-0.406141839953-1.73685986819-0.126980393564-0.256192760621.145610719632.05489808610.0649181934278-0.1230749241740.718786571006-0.1400873806150.09193520712970.535814868108-0.1101304664390.965263826069-18.11351199149.38965760501-16.1990822267
64.222190961440.4292394701650.2217110047444.709901626780.5993763103422.36033623445-0.1810336517930.0960039596651-0.1245697777780.01874210635790.1388442862090.5272709500570.02889970230940.0462659187155-0.001175547574370.477062567597-0.1300082160080.1045594295710.483202841414-0.08047069815060.42474204702-19.289534793726.6847745592-16.9424505333
77.38063581675-0.746707198896-2.231410603520.6234759645341.308832706817.764311390260.850175560726-0.303786993358-0.185815332707-0.1396428957920.633708181435-1.45763064412-1.04317452511.91944673163-1.488186962030.988567319798-0.3784710925540.01411877073381.44330942052-0.5098817586121.1030919630315.747466377139.2470468852-10.4569157188
89.795414082337.76771969533-5.667533518592.39930524222-5.742829248215.35251619035-0.02296969691740.0548290038823-0.8248649867260.4485802198110.111694990975-1.18593854815-0.3721125856150.2316590977810.04298287067820.580812235895-0.0867222123366-0.08905105588080.728926310535-0.176711052120.7050037351157.1065895970133.1740611523-11.9921329631
97.81825199217-4.6017278562-2.363275900866.842942090941.05213185060.4976769184430.474204360560.830989962905-0.575698328899-1.33328642363-0.4583137986860.5300647048980.07446639303480.0506060418346-0.219181896770.615619164093-0.1402471995680.004988322552110.486114156166-0.1167625998690.605798541348-21.133665152327.5575794419-22.925160636
102.460192914142.303147360872.714999607087.503525244355.465224426576.8262572118-0.447527181584-0.3564602674280.467320871472-0.1393731596950.8878928179021.184664015680.219320346514-0.813873322696-0.3057485554080.6423336369750.19907745882-0.08699020022720.7267066937920.1002574399721.53454754232-36.950854689540.9017154997-16.8955542754
110.9792519355580.832733232090.7798166731729.5345238482.809049095092.394739736920.329295441170.628051713077-0.01776055100241.04644695968-0.379023861066-1.49533755297-0.4648254119322.178192654090.1594721253690.713699190985-0.117649452693-0.09581411999221.150560843460.08994042449640.595741305739-4.5582525048629.0695832757-11.2626953142
126.28893948507-0.427357478172-3.879181117576.65028684019-1.774128072089.781988199950.425699393194-1.10567829167-0.4069510929490.5824058648070.216355412304-0.4364391343131.01793007998-0.61136974008-0.6637174425160.609323464174-0.225351768405-0.05463689670080.8564469714210.1468866764910.50127592028-5.0092734849127.7602965371-11.1603555008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'X' and (resid 1 through 18 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'X' and (resid 19 through 34 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'X' and (resid 35 through 55 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'X' and (resid 56 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'X' and (resid 80 through 96 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'X' and (resid 97 through 165 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'X' and (resid 166 through 198 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'X' and (resid 199 through 227 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'X' and (resid 228 through 241 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'X' and (resid 242 through 258 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1 through 13 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 2 through 14 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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