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Yorodumi- PDB-6ukh: HhaI endonuclease in Complex with DNA in space group P41212 (pH 6.0) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ukh | ||||||
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Title | HhaI endonuclease in Complex with DNA in space group P41212 (pH 6.0) | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / restriction / modification / protein-DNA complex / iodine phasing / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Haemophilus parahaemolyticus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.82 Å | ||||||
Authors | Horton, J.R. / Cheng, X. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020 Title: Structure of HhaI endonuclease with cognate DNA at an atomic resolution of 1.0 angstrom. Authors: Horton, J.R. / Yang, J. / Zhang, X. / Petronzio, T. / Fomenkov, A. / Wilson, G.G. / Roberts, R.J. / Cheng, X. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ukh.cif.gz | 168.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ukh.ent.gz | 114.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ukh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ukh_validation.pdf.gz | 442.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6ukh_full_validation.pdf.gz | 444.5 KB | Display | |
Data in XML | 6ukh_validation.xml.gz | 12 KB | Display | |
Data in CIF | 6ukh_validation.cif.gz | 15.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/6ukh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/6ukh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ukeSC 6ukfC 6ukgC 6ukiC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29977.062 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus parahaemolyticus (bacteria) Gene: HMPREF1050_0931 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: I3DBY6, Hydrolases | ||||
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#2: DNA chain | Mass: 4302.788 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Haemophilus parahaemolyticus (bacteria) | ||||
#3: DNA chain | Mass: 4258.796 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Haemophilus parahaemolyticus (bacteria) | ||||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 10% v/v 2-propanol, 0.1 M MES/sodium hydroxide, pH 6.0, 0.2 M calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 6, 2019 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.82→33 Å / Num. obs: 17964 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 74.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 16.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.82→2.93 Å / Redundancy: 11 % / Rmerge(I) obs: 1.685 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1808 / CC1/2: 0.741 / Rpim(I) all: 0.529 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6UKE Resolution: 2.82→33 Å / SU ML: 0.4432 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.3289
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 84.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.82→33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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