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万見
- PDB-6uj6: X-ray Crystal Structure of Chromium-transferrin with Synergistic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uj6
タイトルX-ray Crystal Structure of Chromium-transferrin with Synergistic Anion Malonate
要素Transferrin
キーワードMETAL TRANSPORT / chromium / transferrin / human
機能・相同性
機能・相同性情報


iron chaperone activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / dense body / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / ferric iron binding / basal plasma membrane / osteoclast differentiation ...iron chaperone activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / dense body / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / ferric iron binding / basal plasma membrane / osteoclast differentiation / Iron uptake and transport / cellular response to iron ion / Post-translational protein phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ferrous iron binding / iron ion transport / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / regulation of protein stability / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / antibacterial humoral response / Clathrin-mediated endocytosis / late endosome / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Platelet degranulation / cytoplasmic vesicle / blood microparticle / vesicle / secretory granule lumen / transmembrane transporter binding / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / CHROMIUM ION / MALONATE ION / Serotransferrin / Serotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Petersen, C.M. / Edwards, K.C. / Gilbert, N.C. / Vincent, J.B. / Thompson, M.K.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2020
タイトル: X-ray structure of chromium(III)-containing transferrin: First structure of a physiological Cr(III)-binding protein.
著者: Petersen, C.M. / Edwards, K.C. / Gilbert, N.C. / Vincent, J.B. / Thompson, M.K.
履歴
登録2019年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4636
ポリマ－77,0641
非ポリマー3995
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.046, 158.031, 107.136
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transferrin


分子量: 77063.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q06AH7, UniProt: P02787*PLUS

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非ポリマー , 5種, 39分子

#2: 化合物 ChemComp-CR / CHROMIUM ION


分子量: 51.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cr / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, disodium malonate, PEG 3350, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→50 Å / Num. obs: 32784 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.238 / Χ2: 1.214 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 225779
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.67-2.774.90.67725110.6410.3130.750.68575.4
2.77-2.886.30.74732850.8180.3150.8120.5599.1
2.88-3.0170.55333230.9270.2220.5960.46399.9
3.01-3.177.20.38233240.9540.1520.4110.47699.9
3.17-3.367.20.23233290.9830.0920.250.515100
3.36-3.627.20.46333600.9740.1820.4982.373100
3.62-3.997.20.46433520.9880.1850.53.118100
3.99-4.567.20.07333630.9970.0290.0780.744100
4.56-5.757.20.05934070.9980.0240.0640.737100
5.75-506.90.0535300.9970.0210.0542.05999.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QYT

3qyt


解像度: 2.68→49.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 0.003 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.298
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2702 1545 4.7 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.2224 31209 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.91 Å2 / Biso mean: 58.979 Å2 / Biso min: 24.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.94 Å20 Å20 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3----3.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.68→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5029 0 24 34 5087
Biso mean--59.29 37.1 -
残基数----652
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.746 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 83 -
Rwork0.384 2024 -
obs--87.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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