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- PDB-6ui5: Tmn9 in complex with cofactor FAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ui5
タイトルTmn9 in complex with cofactor FAD
要素2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like FAD-dependent oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex / cyclase / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like FAD-dependent oxidoreductase / Putative FAD-dependent monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. NRRL 11266 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Paiva, F.C.R. / Little, R. / Leadlay, P. / Dias, M.V.B.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/003511 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)141090/2016-2 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tmn9 in complex with cofactor FAD
著者: Paiva, F.C.R. / Little, R. / Leadlay, P. / Dias, M.V.B.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like FAD-dependent oxidoreductase
B: 2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like FAD-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2404
ポリマ－108,6692
非ポリマー1,5712
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area38920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.205, 85.605, 207.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like FAD-dependent oxidoreductase


分子量: 54334.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. NRRL 11266 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2M8ZYZ6, UniProt: Q1MX79*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% w/v PEG 8000, 100 mM sodium cacodylate pH 6,5, 200 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976255 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976255 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→49.79 Å / Num. obs: 52087 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 57.47 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 328949 / Scaling rejects: 22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.26-2.3361.3382563843070.5240.5891.4661.396.6
9.31-49.795.40.03346038600.9920.0150.03636.498.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XGV

5xgv


解像度: 2.4→49.788 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 2156 4.96 %
Rwork0.2027 --
obs0.205 43485 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 222.85 Å2 / Biso mean: 83.9249 Å2 / Biso min: 32.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7584 0 106 38 7728
Biso mean--94.1 56.41 -
残基数----994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24410718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2964618
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.45580.40081410.3303271799
2.4558-2.51720.39461220.31942738100
2.5172-2.58530.35481440.29952690100
2.5853-2.66140.37641550.29672707100
2.6614-2.74730.35651380.2952710100
2.7473-2.84540.33761550.28932736100
2.8454-2.95940.33911350.26822712100
2.9594-3.0940.33711550.24582738100
3.094-3.25710.30681390.24312745100
3.2571-3.46110.31191400.23052742100
3.4611-3.72830.24811260.20232769100
3.7283-4.10330.20321450.17372780100
4.1033-4.69670.20851470.1542789100
4.6967-5.91580.20241520.1753279899
5.9158-49.7880.18921620.1636295899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.2767 Å / Origin y: -11.2119 Å / Origin z: 233.1232 Å
111213212223313233
T0.3886 Å2-0.0148 Å20.0144 Å2-0.3467 Å20.1253 Å2--0.4724 Å2
L0.8966 °2-0.229 °20.3735 °2-0.5009 °2-0.5815 °2--1.7457 °2
S0.0327 Å °-0.1601 Å °-0.1102 Å °0.0555 Å °0.1517 Å °0.2459 Å °0.0858 Å °-0.161 Å °-0.1288 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 499
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 499
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 50
5X-RAY DIFFRACTION1allS70 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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