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- PDB-6uhw: Solution structure of an organic hydroperoxide resistance protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uhw
タイトルSolution structure of an organic hydroperoxide resistance protein from Burkholderia pseudomallei. Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease target BupsA.00074.a.
要素Organic hydroperoxide resistance protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Melioidosis / infectious diseases / detoxification / biological warfare agent / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能
Organic hydroperoxide resistance protein famiy / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / N-terminal domain of TfIIb - #10 / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta ...Organic hydroperoxide resistance protein famiy / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / N-terminal domain of TfIIb - #10 / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Organic hydroperoxide resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Buchko, G.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2009
タイトル: Backbone and side chain (1)H, (13)C, and (15)N NMR assignments for the organic hydroperoxide resistance protein (Ohr) from Burkholderia pseudomallei.
著者: Buchko, G.W. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2019年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Organic hydroperoxide resistance protein
B: Organic hydroperoxide resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8262
ポリマ－28,8262
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Other data showed the protein was a dimer in solution. This included an estimation of the overall rotational correlation time, poor magnetization transfer in 3D NMR ...根拠: gel filtration, Other data showed the protein was a dimer in solution. This included an estimation of the overall rotational correlation time, poor magnetization transfer in 3D NMR experiments with full protonated samples, and intermolecular NOE identification.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5580 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area13700 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Organic hydroperoxide resistance protein


分子量: 14413.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ohr, BURPS1710b_A0863 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JK82

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
133isotropic12D 1H-15N HSQC
142isotropic23D C(CO)NH
152isotropic23D HN(CA)CB
1122isotropic43D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic23D 1H-15N NOESY
1101isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
193isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
181isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
171isotropic43D HNCO
162isotropic43D HNCA
1133isotropic12D 1H-15N HSQC
1142isotropic43D H(CCO)NH
1154isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1161isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] B74, 93% H2O/7% D2OB74_CN93% H2O/7% D2O
solution220 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 1 mM 99% 13C; U-99% 15N; 50%-2H]] B74, 93% H2O/7% D2OB74_CN50D93% H2O/7% D2O
solution320 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 1 mM 99% 13C; U-99% 15N] B74, 99% D2OB74_CN_D2O99% D2O
solution420 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 1 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] B74, 93% H2O/7% D2OB74_10C93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMTRISnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
1 mMB74[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMTRISnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
1 mMB7499% 13C; U-99% 15N; 50%-2H]]2
20 mMTRISnatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
1 mMDTTnatural abundance3
1 mMB7499% 13C; U-99% 15N]3
20 mMTRISnatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
1 mMDTTnatural abundance4
1 mMB74[U-10% 13C; U-99% 15N]4
試料状態イオン強度: 0.12 M / Label: Cond1 / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II7501
Varian VXRSVarianVXRS7502
Varian VXRSVarianVXRS6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2007Accelrys Software Inc.解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
Sparky3.115Goddardpeak picking
Sparky3.115Goddardデータ解析
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
詳細: Thirty-four pairs of intermolecular molecule distance restraints, identified with the assistance of homology models and confirmed in the NOE data, were introduced to coax the structure into a ...詳細: Thirty-four pairs of intermolecular molecule distance restraints, identified with the assistance of homology models and confirmed in the NOE data, were introduced to coax the structure into a dimeric structure using CYANA. STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 0% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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