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万見
- PDB-6uhs: Open-form Crystal Structure of Chimera Bt-hRyR_12 from Bacteroide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uhs
タイトルOpen-form Crystal Structure of Chimera Bt-hRyR_12 from Bacteroides thetaiotaomicron /human
要素Ryanodine receptor 1 chimera
キーワードMETAL TRANSPORT / Chimera Ryanodine Receptor / Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482/human / Alpha Fold / PSI-BIOLOGY / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


junctional sarcoplasmic reticulum membrane / calcium-induced calcium release activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / I band / response to caffeine / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development ...junctional sarcoplasmic reticulum membrane / calcium-induced calcium release activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / I band / response to caffeine / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / organelle membrane / cellular response to caffeine / intracellularly gated calcium channel activity / outflow tract morphogenesis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / voltage-gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / skeletal muscle fiber development / Ion homeostasis / muscle contraction / sarcoplasmic reticulum membrane / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium channel complex / cellular response to calcium ion / sarcoplasmic reticulum / sarcolemma / calcium channel activity / Stimuli-sensing channels / Z disc / calcium ion transport / cell cortex / protein homotetramerization / response to hypoxia / calmodulin binding / calcium ion binding / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1 / Ryanodine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Open-form Crystal Structure of Chimera Bt-hRyR_12 from Bacteroides thetaiotaomicron /human
著者: Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ryanodine receptor 1 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8261
ポリマ－25,8261
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.816, 56.046, 89.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Ryanodine receptor 1 chimera / RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal ...RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal muscle-type ryanodine receptor / Type 1 ryanodine receptor


分子量: 25825.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2247, RYR1, RYDR / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): PMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8A5J2, UniProt: P21817
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→50 Å / Num. obs: 9148 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 34.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.137 / Χ2: 0.79 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 36963
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.46-2.52.80.5753330.5550.3620.6880.86470
2.5-2.553.10.4944000.6370.2890.5780.8686
2.55-2.63.40.5033940.6540.3110.5980.81787
2.6-2.653.50.5274510.6070.3280.6270.91295.6
2.65-2.713.60.4414440.6370.2670.5210.8694.7
2.71-2.773.70.4024600.6890.2430.4740.79296.8
2.77-2.8440.3814450.7590.2250.4460.88196.9
2.84-2.923.80.3334700.8210.20.3910.87698.9
2.92-34.30.3324660.8490.1830.3810.88799.4
3-3.14.40.2534670.8940.140.2910.76699.8
3.1-3.214.60.2244500.9180.1220.2560.81599.8
3.21-3.344.40.1744800.930.0950.1990.73898.2
3.34-3.494.40.1444630.9540.0780.1650.74599.4
3.49-3.674.20.1264730.9550.0690.1440.78399
3.67-3.94.50.1194840.9710.0620.1350.75799.4
3.9-4.214.50.1074770.9730.0560.1210.73499.2
4.21-4.634.30.114740.9630.0580.1250.76297.9
4.63-5.34.40.1054890.950.0570.120.74299.8
5.3-6.674.30.0924930.9740.0480.1040.66798.4
6.67-503.90.095350.9740.0510.1040.73196.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ERV

4erv


解像度: 2.46→43.47 Å / SU ML: 0.3491 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9752
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2765 441 5.32 %
Rwork0.2277 7851 -
obs0.2304 8292 87.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→43.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1498 0 0 38 1536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00321530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68022066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.2348604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.820.32511050.26291934X-RAY DIFFRACTION66.12
2.82-3.550.31951570.24792903X-RAY DIFFRACTION97.51
3.55-43.470.24771790.2093014X-RAY DIFFRACTION97.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.57384614593-0.7641494558191.000473340063.450124205472.540688418092.21099520136-0.143605722469-0.0390514125623-0.790475937534-0.1789943638420.2293645854580.718917674881-0.2738454476-0.9884578467340.0368104979240.231222310369-0.0204834819959-0.0164035917810.369043622301-0.06321599463350.383846404985-35.0061390126.3920472705-7.62304386199
25.45371945397-0.777683188684-0.3234786833735.15442210041.967643270063.241542168260.3052697967012.29486220241-0.798994697464-0.722797934517-0.218622205522-0.4486125870890.4040172726980.735662228178-0.1733159630520.4215786008510.04194916534820.0178751693290.600338183127-0.4218686756570.414095370532-11.55529418921.2470205577-18.4822802441
35.571285617680.1014750324410.3707277242362.514350727510.4645482160893.66357365051-0.03765450485741.01823022428-0.373561903735-0.5020503338360.145079719602-0.24455916660.1476838133040.136819240499-0.1046940088330.367507997756-0.02481658699270.008957575947170.354603161713-0.1472711781770.258329831563-15.24415061435.74277048093-16.4531443993
46.68588265081-0.539662175606-1.204791461613.3449455626-2.711386269634.06874009063-0.162939445796-0.725735572687-2.069175149820.0132042647927-0.0875980946558-0.1044929280821.15761447387-0.2385341633860.1676252379620.4544895720380.04109425615560.1398099163750.2018010022880.06869040597560.722801668002-27.970215744-2.182311351-0.00821195965961
57.84647747548-1.20187514417-1.480315732697.714181705220.4723420800443.7342848282-0.450801077845-0.387134393432-0.8603187663480.5701380245030.136159226825-0.1274593479710.1144852404980.5016001763830.2757308581040.3001996016280.0208450763507-0.05066428360440.317659985032-0.03636458320180.264021404627-17.823937048210.0497162475-3.06989612706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 135 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 185 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 186 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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