PDB-6uh2: Crystal Structure of Short Chain Dehydrogenase from Leptospira bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uh2

タイトル

Crystal Structure of Short Chain Dehydrogenase from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (Strain JB197) with bound NAD+

要素

Short chain dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: TBD
著者: Davies, D.R. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Horanyi, P.S.

履歴

登録	2019年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uh2.cif.gz	224.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uh2.ent.gz	178.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6uh2_validation.pdf.gz	408.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uh2_full_validation.pdf.gz	409.8 KB	表示
XML形式データ	6uh2_validation.xml.gz	1.6 KB	表示
CIF形式データ	6uh2_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/6uh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/6uh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gwrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6co9-d 3pvb-d 6jha-d 2pyx-1 1yt8-d 6h43-2 3avr-d 2rd3-d 3fhi-d 3avs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: LpboA.00010.a.B1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short chain dehydrogenase

B: Short chain dehydrogenase

ヘテロ分子

60.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.360, 131.260, 120.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-480- HOH
2	1	B-556- HOH

#1: タンパク質	Short chain dehydrogenase / LPBOA.00010.A.B1 分子量: 29511.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) (バクテリア) 株: JB197 / 遺伝子: LBJ_1131 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04TM7
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MORPHEUS D8 (100 MM HEPES/MOPS, PH 7.5, 0.02 M each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol, 12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG3350), 5 mM NAD+ soak

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 39676 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.08 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 21.63
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / R_merge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 2772 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3584	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GWR

5gwr

解像度: 1.9→36.003 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	2114	5.33 %
R_work	0.1552	-	-
obs	0.1571	39673	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.09 Å² / B_iso mean: 25.4597 Å² / B_iso min: 6.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→36.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3969	0	88	430	4487
B_iso mean	-	-	20.95	35.27	-
残基数	-	-	-	-	509

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9-1.9441	0.2798	149	0.238	2340	95
1.9441-1.9928	0.2117	126	0.1913	2445	97
1.9928-2.0466	0.2312	131	0.1731	2451	98
2.0466-2.1069	0.2072	129	0.1563	2484	100
2.1069-2.1748	0.215	132	0.1552	2500	100
2.1748-2.2526	0.2112	148	0.1609	2496	100
2.2526-2.3427	0.2082	164	0.1574	2488	100
2.3427-2.4493	0.2319	162	0.1593	2477	100
2.4493-2.5784	0.2109	157	0.1575	2476	100
2.5784-2.7399	0.1896	126	0.1626	2544	100
2.7399-2.9514	0.2301	135	0.1592	2519	100
2.9514-3.2482	0.1941	134	0.1567	2535	100
3.2482-3.7178	0.1394	141	0.1333	2558	100
3.7178-4.6825	0.1451	129	0.1245	2570	100
4.6825-36.003	0.1835	151	0.1671	2676	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4359	-0.3928	-0.1159	0.3935	0.1613	0.0863	-0.0617	-0.4604	0.6725	0.135	0.3626	-0.2	-0.4472	-0.0338	-0.2614	0.5356	0.1434	0.0633	0.4484	-0.0962	0.5139	-30.3702	39.456	7.7582
2	1.091	0.1533	0.385	1.2302	0.1885	1.0084	0.0193	-0.195	-0.2157	0.2517	0.0276	-0.1712	0.2655	0.092	-0.0419	0.2141	0.0322	-0.0034	0.1767	0.0668	0.2041	-24.1543	10.9877	-6.4637
3	0.4315	0.0022	-0.3251	0.5429	0.3376	1.9691	-0.0069	-0.0551	-0.1301	0.0544	-0.0064	-0.0429	0.1363	0.1233	-0.0045	0.1374	0.0131	0.0139	0.1172	0.0241	0.1708	-29.5266	11.5325	-20.205
4	0.3864	-0.2808	0.2519	1.4164	0.1786	1.6187	0.0212	-0.0152	0.0462	-0.0887	0.0438	-0.143	-0.0313	0.1826	-0.0284	0.0974	-0.0077	0.0063	0.1119	-0.0032	0.1439	-29.052	21.7861	-23.8415
5	0.6778	0.3941	0.1314	1.653	-0.2864	1.239	-0.0428	0.297	-0.1397	-0.1817	-0.0402	-0.4024	0.0829	0.3728	0.0972	0.1343	0.0217	0.0341	0.2657	0.0165	0.2056	-16.6592	27.0795	-18.8527
6	1.8716	-0.4298	0.0807	1.4397	0.1977	0.3467	-0.0304	0.0207	-0.0238	-0.0577	0.0078	-0.0533	-0.0226	0.0865	0.0045	0.1383	0.008	-0.0181	0.1073	-0.0051	0.1338	-27.9227	31.8448	-16.5514
7	2.7599	-0.8842	-1.5292	0.8065	0.4936	0.9927	-0.2252	-0.4166	-0.4561	0.5148	0.053	0.7155	0.1727	-0.4663	0.0271	0.3922	0.0289	0.0512	0.4724	0.0078	0.5115	-28.7938	42.452	6.0314
8	0.3574	-0.0433	0.2404	0.3359	0.0198	1.6933	-0.084	-0.0649	0.1047	0.1527	-0.0439	0.0004	-0.406	0.0576	0.0786	0.2184	-0.0228	-0.0386	0.1127	-0.0011	0.1398	-27.4402	56.1825	-9.4657
9	1.0257	-0.3013	0.423	1.7697	-0.0849	1.955	-0.0163	-0.0272	0.0048	0.0226	-0.0485	0.085	-0.2082	0.0035	0.0541	0.1218	-0.0111	-0.0062	0.0872	0.0051	0.0603	-28.3602	50.1572	-22.9539
10	1.7932	0.1487	-0.2065	1.6946	-0.2572	1.2758	0.054	0.0532	0.0677	0.0522	-0.0152	0.2736	-0.1405	-0.1716	-0.0276	0.1246	0.0193	-0.0122	0.1194	0.003	0.1322	-35.5535	38.9636	-13.773

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -5 through 10 )	A	-5 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 78 )	A	11 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 131 )	A	79 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 132 through 186 )	A	132 - 186
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 187 through 233 )	A	187 - 233
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 234 through 253 )	A	234 - 253
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -6 through 10 )	B	-6 - 10
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 11 through 102 )	B	11 - 102
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 186 )	B	103 - 186
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 187 through 253 )	B	187 - 253

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)