PDB-6ug5: Closed Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ug5

タイトル

Closed Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482

要素

Putative ryanodine receptor

キーワード

METAL TRANSPORT / Alpha Fold / PSI-BIOLOGY / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / : / calcium ion transport / metal ion binding / Ryanodine receptor

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.357 Å

データ登録者

Wu, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Closed Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
著者: Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2019年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ug5.cif.gz	246.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ug5.ent.gz	202 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ug5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ug5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ug5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uagC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nrt-1 3lqb-d 4n05-3 6uam-2 5xft-d 6uag-3 4mez-1 6uhi-d 6uam-1 1kga-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative ryanodine receptor

C: Putative ryanodine receptor

E: Putative ryanodine receptor

G: Putative ryanodine receptor

I: Putative ryanodine receptor

K: Putative ryanodine receptor

ヘテロ分子

72.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative ryanodine receptor

C: Putative ryanodine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Putative ryanodine receptor

I: Putative ryanodine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: Putative ryanodine receptor

K: Putative ryanodine receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.012, 87.421, 74.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.560, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative ryanodine receptor 分子量: 11885.885 Da / 分子数: 6 / 変異: Y77A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2247 / プラスミド: pMCSG50 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A5J2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.13 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.5M sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97927 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.357→50 Å / Num. obs: 36401 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 29.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 0.884 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.36-2.4	3.7	0.51	1711	0.712	0.296	0.593	0.98	93.3
2.4-2.44	4	0.574	1750	0.718	0.325	0.663	0.972	97
2.44-2.49	4.5	0.49	1841	0.799	0.259	0.556	0.963	98.9
2.49-2.54	4.8	0.522	1804	0.813	0.267	0.588	0.963	99.9
2.54-2.6	5.1	0.488	1822	0.83	0.241	0.546	0.956	100
2.6-2.66	5.2	0.427	1831	0.873	0.207	0.475	0.942	100
2.66-2.72	5.3	0.379	1820	0.891	0.181	0.42	0.94	99.9
2.72-2.8	5.3	0.358	1790	0.907	0.171	0.397	0.936	99.9
2.8-2.88	5.3	0.289	1818	0.944	0.139	0.321	0.94	100
2.88-2.97	5.3	0.214	1837	0.964	0.103	0.238	0.897	100
2.97-3.08	5.3	0.158	1824	0.978	0.076	0.176	0.867	99.9
3.08-3.2	5.3	0.136	1818	0.983	0.065	0.151	0.892	100
3.2-3.35	5.3	0.101	1833	0.989	0.048	0.112	0.867	100
3.35-3.53	5.3	0.076	1832	0.992	0.037	0.085	0.85	99.9
3.53-3.75	5.3	0.058	1810	0.994	0.028	0.065	0.815	100
3.75-4.03	5.3	0.049	1837	0.995	0.023	0.055	0.801	99.9
4.03-4.44	5.3	0.043	1837	0.995	0.021	0.048	0.832	100
4.44-5.08	5.2	0.044	1831	0.994	0.021	0.049	0.966	100
5.08-6.4	5.2	0.042	1865	0.994	0.02	0.046	0.755	99.9
6.4-50	5	0.038	1890	0.996	0.018	0.042	0.632	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.357→36.974 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2241	1712	4.99 %
R_work	0.174	-	-
obs	0.1765	34321	93.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.97 Å² / B_iso mean: 40.52 Å² / B_iso min: 11.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.357→36.974 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4574	0	48	71	4693
B_iso mean	-	-	52.65	31.76	-
残基数	-	-	-	-	561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4707
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.116	6333
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	684
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.512	1881

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3574-2.4267	0.2278	102	0.1928	2004	69
2.4267-2.505	0.2508	117	0.1934	2256	79
2.505-2.5946	0.2448	112	0.1875	2509	86
2.5946-2.6984	0.2634	137	0.1989	2666	93
2.6984-2.8212	0.2558	137	0.208	2861	99
2.8212-2.9699	0.2633	156	0.2005	2906	100
2.9699-3.1558	0.2402	149	0.1869	2864	100
3.1558-3.3993	0.2526	173	0.1915	2882	100
3.3993-3.7411	0.2441	155	0.1727	2892	100
3.7411-4.2818	0.1934	163	0.1453	2891	100
4.2818-5.3919	0.1912	158	0.1466	2915	100
5.3919-36.974	0.1916	153	0.1679	2963	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.695	2.953	-1.1896	2.1753	-0.3134	1.7007	0.2155	-0.0382	-1.1339	0.4918	-0.0443	-0.3461	0.3841	0.0792	-0.028	0.2194	-0.0308	-0.0295	0.1782	0.0415	0.2798	11.7822	-16.6297	-6.8199
2	4.6683	-1.6191	-0.5886	1.8287	0.1005	1.9793	0.1277	-0.2873	-0.0072	-0.0056	-0.1537	0.0872	-0.1799	0.0606	0.1171	0.1629	-0.03	-0.0451	0.0978	-0.0258	0.201	12.0179	4.6101	-2.1137
3	4.1468	-1.3489	0.8871	1.2578	0.115	1.4174	0.0009	-0.421	-0.1594	0.2941	-0.0562	0.5736	0.2484	-0.552	0.0424	0.1882	-0.0026	0.0525	0.345	-0.0363	0.3705	-2.0931	5.6914	6.451
4	3.1566	-0.2941	0.2663	3.0672	3.6931	8.7914	-0.143	-0.2422	-0.1462	0.1156	-0.2343	0.32	0.3225	-0.3594	0.3079	0.1834	-0.0244	-0.0531	0.1155	0.0444	0.2329	13.701	-5.4519	-1.3569
5	6.9916	6.2593	1.9851	8.272	1.9712	3.6052	-0.0056	0.352	-0.0945	-0.6073	-0.2975	-0.7303	-0.1339	0.5033	0.0888	0.2418	0.1159	0.0411	0.2364	0.0305	0.3095	22.8483	-5.2074	-15.4408
6	2.4584	-0.6272	-1.3243	2.4565	0.7769	2.2043	0.192	0.0334	0.3365	-0.5269	-0.0579	0.1082	-1.0596	0.1237	-0.2942	0.3125	0.0477	-0.0242	0.2317	-0.0241	0.2195	10.3911	11.1092	-8.7128
7	2.7723	0.6248	-1.935	2.1449	-2.0996	4.552	0.0051	0.0198	-0.2742	0.1161	-0.2038	-0.1142	-0.0165	-0.2308	0.0893	0.2268	-0.0208	-0.0332	0.0872	-0.0059	0.1545	5.9825	-10.2659	-9.6533
8	0.7839	-0.3043	-0.6779	0.9319	0.303	4.0451	-0.0028	-0.5145	0.155	0.4007	0.043	0.4213	-0.7044	-0.4664	-0.029	0.4057	-0.0455	0.1273	0.4005	-0.0316	0.2736	-7.9242	-11.1267	2.3904
9	7.5127	-1.8443	-0.1049	3.1284	-0.036	4.2073	-0.0174	0.6006	-0.2741	-0.4131	0.0741	0.5096	0.5652	-0.3559	0.0003	0.2538	-0.0683	0.0107	0.2389	0.0084	0.2669	-4.1715	-10.8115	-12.2199
10	7.8145	1.6186	0.8873	1.3691	0.4928	1.4484	0.2535	-0.1967	0.244	0.3863	-0.2384	0.0857	0.1378	-0.1908	-0.0412	0.2612	0.0079	-0.0043	0.1289	-0.0117	0.1686	6.2892	0.0136	-12.248
11	3.1067	-0.7583	0.645	7.5646	5.847	7.4019	0.3368	0.3671	0.1118	-0.3783	-0.3637	-0.7226	0.1318	0.5216	0.0349	0.3202	-0.0267	0.0433	0.24	0.1203	0.276	22.5063	-0.3023	-15.9692
12	2.4063	-2.7751	1.0555	3.366	-1.226	0.4629	-0.4288	0.2039	-0.995	-0.527	-0.3113	-1.5569	-0.4221	-0.158	0.398	0.3422	-0.0232	0.0605	0.5203	0.0093	0.6541	56.5822	6.0743	1.1948
13	4.5235	4.7987	-0.9599	5.266	-1.5695	2.0219	0.1189	0.7008	-1.1471	-0.2419	0.2628	-0.6504	0.3486	0.2863	0.0583	0.1989	0.0207	-0.0177	0.2768	-0.0751	0.3056	39.2044	-7.9545	2.7639
14	2.3784	1.0776	0.5637	5.7251	1.295	3.6831	-0.0722	-0.2598	0.2974	0.2755	0.067	0.0855	-0.3707	-0.2503	-0.0231	0.1721	0.0199	-0.0133	0.1624	-0.0199	0.2264	26.0347	6.9115	10.6342
15	2.1454	0.8526	1.304	0.9493	1.2794	3.4651	0.2264	0.2466	0.3419	0.5831	0.0113	-0.9541	-0.7096	1.3365	0.2011	0.7865	-0.325	0.1064	0.5157	-0.1521	0.9441	35.4976	23.7147	10.0413
16	3.2887	-1.4609	-2.5197	0.9766	-0.1117	6.5324	0.0981	0.0373	0.5871	0.0971	-0.1052	0.7682	-1.2012	-0.0969	-0.9599	0.3679	-0.0203	-0.0258	0.0515	0.0185	0.5638	24.621	14.8116	3.8416
17	3.3348	-2.0263	0.704	5.2729	-1.9874	3.4211	-0.0306	0.222	0.2561	-0.2473	0.1115	-0.1614	-0.0651	-0.0251	-0.028	0.0852	-0.0151	-0.0109	0.2128	-0.0149	0.1682	32.199	1.5033	4.2377
18	8.7426	0.0582	0.8664	2.8563	-0.3424	2.7552	0.1574	-0.4732	-0.656	0.2082	0.0088	0.5571	0.4767	-0.4757	0.0168	0.3114	0.007	-0.0194	0.2235	-0.0089	0.3561	29.4629	-12.1611	13.4167
19	2.1343	-2.5246	-2.4713	3.0693	2.2723	7.4891	0.204	-0.2507	0.1446	-1.0723	0.0842	-0.6597	-0.5831	0.5603	-0.3488	0.4536	-0.0784	0.1155	0.4017	-0.0505	0.364	15.8281	-5.7871	-49.246
20	4.375	-0.7455	-3.1732	2.3898	-2.1193	5.4266	-0.1464	-0.2217	0.6386	0.3414	0.3552	-0.3631	-1.183	0.8953	-0.105	0.2545	-0.08	-0.0109	0.3213	-0.0097	0.1958	9.2731	4.614	-31.8701
21	3.8269	-0.5298	0.0688	4.6796	-0.5174	2.5621	-0.2839	0.2493	-0.6411	-0.4569	0.4349	0.3226	0.5573	-0.0583	-0.0902	0.3101	-0.0579	0.0247	0.2278	-0.0014	0.1932	-0.8819	-15.5489	-29.709
22	1.8762	-1.4951	-0.9	1.79	1.6584	1.9183	0.5127	0.9687	-0.3953	-1.0388	-0.0909	0.017	-0.2692	0.5918	-0.1958	0.8366	0.0733	0.1601	0.5291	-0.2146	0.7934	4.7276	-29.4191	-36.8617
23	7.5109	1.5803	-1.1076	1.119	-1.6404	2.6818	0.2602	-0.262	-0.8465	0.8913	0.0694	0.1273	0.5486	-0.0313	0.4554	0.485	-0.0025	0.0474	0.0697	0.0013	0.3744	5.0225	-20.3264	-24.4414
24	2.9934	-1.1449	0.5847	5.0004	-2.5917	4.2848	-0.1518	-0.1568	-0.1385	0.054	0.1223	-0.2038	0.2086	0.3565	0.0747	0.17	-0.0169	0.0161	0.2185	-0.0137	0.0774	7.3888	-6.9849	-31.6559
25	3.6723	0.066	-1.3488	2.4431	-0.5678	8.4398	-0.1409	-0.3637	0.9228	0.4604	0.2426	0.2821	-0.8974	-0.4373	0.1113	0.4277	0.0208	-0.0135	0.2394	-0.0056	0.3054	-2.2298	6.7223	-32.3057
26	3.5305	-1.1756	0.359	8.0518	-3.1539	3.9899	-0.226	-0.8228	0.5643	0.8981	0.7746	0.2882	-0.9735	-0.6314	-0.3515	0.3424	0.0715	0.038	0.3638	-0.0823	0.3001	24.2921	8.1962	19.4268
27	2.2818	0.892	-1.1342	3.5274	-0.9582	4.8643	0.0218	0.3744	0.1136	0.1352	0.2527	-0.3575	-0.0624	0.0705	-0.1269	0.0833	-0.0134	-0.015	0.311	-0.0043	0.1773	42.6422	-0.7461	10.2547
28	4.8416	-1.9712	0.8883	4.2278	-1.0912	4.6143	-0.9095	0.9197	1.5384	-0.6996	0.4878	-0.1618	-1.0251	-0.768	0.2125	0.5657	-0.0621	-0.0469	0.5958	0.1605	0.6946	47.2792	15.0003	0.2507
29	7.4964	2.3637	-0.9246	2.3463	-0.682	2.3536	0.1262	0.0984	0.4098	0.3139	0.0369	-0.0937	-0.2575	0.1307	-0.0487	0.1639	0.0017	-0.0323	0.136	-0.0024	0.1896	39.3782	4.4085	15.8776
30	6.7016	-2.9212	2.9688	5.3842	-1.0039	4.5666	0.2921	-0.2324	-0.7098	0.5062	-0.1001	0.0995	0.8315	-0.5671	-0.1796	0.2867	-0.1223	-0.0402	0.2948	0.0526	0.2552	26.5039	-9.8499	16.647
31	2.3659	-1.8348	-0.4998	6.8051	-1.5042	2.6976	-0.2731	-0.4348	-0.7507	-0.1066	0.7223	0.7476	0.4975	-0.9928	-0.2697	0.2923	-0.1044	-0.0384	0.3247	0.0603	0.3616	-10.0104	-12.4467	-30.0387
32	2.2088	0.0308	0.0868	2.7591	1.2124	3.154	-0.1686	-0.3307	-0.398	-0.2421	0.3743	-0.2436	0.4715	0.4876	-0.1824	0.2789	0.0288	0.0184	0.3196	0.0034	0.2057	9.0556	-10.1873	-43.7814
33	3.6149	1.1769	2.9408	4.4377	-1.029	7.5299	0.1867	-0.3566	-1.0187	0.3858	0.8016	-0.6373	0.9058	0.2233	-0.2002	0.4776	0.1601	0.0154	0.4452	-0.1075	0.5422	15.8224	-18.9849	-45.2971
34	3.674	-0.8388	-2.2503	1.9258	1.3443	6.0664	-0.1742	0.2635	-0.2826	-0.2165	0.0178	0.091	0.2002	-0.0675	0.0978	0.1909	-0.0248	-0.0046	0.1538	0.0132	0.1203	-1.3408	-9.8262	-42.1877
35	3.6367	-0.2625	0.9439	3.5065	-3.8167	8.393	-0.2452	-0.5328	0.5859	-0.0311	-0.1263	0.3079	-0.8846	-0.6991	0.0564	0.3146	0.1029	-0.0656	0.307	-0.0608	0.237	-6.3	4.3462	-30.5806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 21 )	A	7 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 45 )	A	22 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 71 )	A	46 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 90 )	A	72 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 91 through 99 )	A	91 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 7 through 21 )	C	7 - 21
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 22 through 46 )	C	22 - 46
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 47 through 66 )	C	47 - 66
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 67 through 71 )	C	67 - 71
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 72 through 90 )	C	72 - 90
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 91 through 99 )	C	91 - 99
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 5 through 9 )	E	5 - 9
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 10 through 21 )	E	10 - 21
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 22 through 45 )	E	22 - 45
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 46 through 65 )	E	46 - 65
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 66 through 71 )	E	66 - 71
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 72 through 90 )	E	72 - 90
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 91 through 99 )	E	91 - 99
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'G' and (resid 5 through 14 )	G	5 - 14
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resid 15 through 21 )	G	15 - 21
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resid 22 through 50 )	G	22 - 50
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'G' and (resid 51 through 65 )	G	51 - 65
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 66 through 71 )	G	66 - 71
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 72 through 90 )	G	72 - 90
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 91 through 99 )	G	91 - 99
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'I' and (resid 7 through 21 )	I	7 - 21
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'I' and (resid 22 through 45 )	I	22 - 45
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'I' and (resid 46 through 65 )	I	46 - 65
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'I' and (resid 66 through 90 )	I	66 - 90
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'I' and (resid 91 through 99 )	I	91 - 99
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'K' and (resid 8 through 21 )	K	8 - 21
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'K' and (resid 22 through 56 )	K	22 - 56
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'K' and (resid 57 through 66 )	K	57 - 66
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'K' and (resid 67 through 90 )	K	67 - 90
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'K' and (resid 91 through 99 )	K	91 - 99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)