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万見
- PDB-6ufx: WD repeat-containing protein 5 complexed with N-[(3,5-dimethoxyph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ufx
タイトルWD repeat-containing protein 5 complexed with N-[(3,5-dimethoxyphenyl)methyl]-4'-fluoro-5-{[(2E)-2-imino-3-methyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-1-yl]methyl}-2'-methyl[1,1'-biphenyl]-3-carboxamide (compound 13)
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードGENE REGULATION/INHIBITOR / inhibitor / GENE REGULATION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / methylated histone binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q6S / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.015 Å
データ登録者Rietz, T.A. / Fesik, S.W. / Zhao, B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001E 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA200709 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA68485 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery and Structure-Based Optimization of Potent and Selective WD Repeat Domain 5 (WDR5) Inhibitors Containing a Dihydroisoquinolinone Bicyclic Core.
著者: Tian, J. / Teuscher, K.B. / Aho, E.R. / Alvarado, J.R. / Mills, J.J. / Meyers, K.M. / Gogliotti, R.D. / Han, C. / Macdonald, J.D. / Sai, J. / Shaw, J.G. / Sensintaffar, J.L. / Zhao, B. / ...著者: Tian, J. / Teuscher, K.B. / Aho, E.R. / Alvarado, J.R. / Mills, J.J. / Meyers, K.M. / Gogliotti, R.D. / Han, C. / Macdonald, J.D. / Sai, J. / Shaw, J.G. / Sensintaffar, J.L. / Zhao, B. / Rietz, T.A. / Thomas, L.R. / Payne, W.G. / Moore, W.J. / Stott, G.M. / Kondo, J. / Inoue, M. / Coffey, R.J. / Tansey, W.P. / Stauffer, S.R. / Lee, T. / Fesik, S.W.
履歴
登録2019年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation.year ..._citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8392
ポリマ－33,3511
非ポリマー4891
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.625, 98.896, 80.546
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-526-

HOH

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 33350.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物 ChemComp-Q6S / N-[(3,5-dimethoxyphenyl)methyl]-4'-fluoro-5-{[(2E)-2-imino-3-methyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-1-yl]methyl}-2'-methyl[1,1'-biphenyl]-3-carboxamide


分子量: 488.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29FN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris or HEPES or Tris-HCl, pH 6.0-8.0, 0.2 M ammonium acetate, 20-30% PEG3350
PH範囲: 6.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月10日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 20876 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.169 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 1.035 / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / Num. unique obs: 1005 / CC1/2: 0.762 / Rpim(I) all: 0.319 / Rrim(I) all: 1.085 / Rsym value: 1.032

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EG6

3eg6


解像度: 2.015→28.746 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 1040 4.99 %
Rwork0.1691 --
obs0.171 20848 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.56 Å2 / Biso mean: 23.091 Å2 / Biso min: 10.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.015→28.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2267 0 36 141 2444
Biso mean--23.51 30.83 -
残基数----303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.015-2.12110.27881440.206258192
2.1211-2.25390.24281350.18972849100
2.2539-2.42790.24631460.18662819100
2.4279-2.6720.22481640.18262827100
2.672-3.05830.20381600.16992831100
3.0583-3.85170.19991270.15372914100
3.8517-28.7460.17371640.15652987100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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