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- PDB-6ufj: Pistol ribozyme product crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ufj
タイトルPistol ribozyme product crystal structure
要素
  • RNA (5'-R(*UP*CP*CP*AP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*(23G))-3')
  • RNA (50-MER)
キーワードRNA / Self-cleaving ribozymes / transesterification reaction / pre-catalytic state / pentavalent transition state analog / cyclophosphate product
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.645 Å
データ登録者Teplova, M. / Falschlunger, C. / Krasheninina, O. / Patel, D.J. / Micura, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR) 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Crucial Roles of Two Hydrated Mg2+Ions in Reaction Catalysis of the Pistol Ribozyme.
著者: Teplova, M. / Falschlunger, C. / Krasheninina, O. / Egger, M. / Ren, A. / Patel, D.J. / Micura, R.
履歴
登録2019年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (50-MER)
B: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*(23G))-3')
E: RNA (5'-R(*UP*CP*CP*AP*G)-3')
C: RNA (50-MER)
D: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*(23G))-3')
F: RNA (5'-R(*UP*CP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,88723
ポリマ－42,4736
非ポリマー41317
水362
1
A: RNA (50-MER)
B: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*(23G))-3')
E: RNA (5'-R(*UP*CP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,45512
ポリマ－21,2373
非ポリマー2199
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area10390 Å2
手法PISA
2
C: RNA (50-MER)
D: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*(23G))-3')
F: RNA (5'-R(*UP*CP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,43111
ポリマ－21,2373
非ポリマー1948
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.734, 90.734, 121.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA1 - 50
211chain CC1 - 50
112chain BB1 - 15
212chain DD1 - 15

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: RNA鎖 RNA (50-MER)


分子量: 16537.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*(23G))-3')


分子量: 3152.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 1545.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.05 M HEPES sodium, pH 7.5, 0.1 M magnesium chloride, 25-30% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.645→50 Å / Num. obs: 15346 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.2 % / Rpim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 43.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / Num. unique obs: 723 / Rpim(I) all: 0.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.645→38.493 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 1519 10 %
Rwork0.1901 --
obs0.195 15194 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 166.54 Å2 / Biso mean: 91.9876 Å2 / Biso min: 49.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.645→38.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2764 17 2 2783
Biso mean--87.44 72.13 -
残基数----130
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1192X-RAY DIFFRACTION7.799TORSIONAL
12C1192X-RAY DIFFRACTION7.799TORSIONAL
21B332X-RAY DIFFRACTION7.799TORSIONAL
22D332X-RAY DIFFRACTION7.799TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6453-2.73060.43421240.3786113191
2.7306-2.82820.53131360.3261122499
2.8282-2.94140.32891330.2939121899
2.9414-3.07520.35621370.2733121398
3.0752-3.23730.25191360.2245122397
3.2373-3.440.24851340.1973120698
3.44-3.70540.24351410.18821258100
3.7054-4.07790.18541390.1568125099
4.0779-4.66710.20331410.15211280100
4.6671-5.87670.22321450.16711295100
5.8767-38.4930.22971530.1883137799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.242-0.43020.81920.76230.58494.0417-0.2051-0.06470.19830.005-0.13570.3168-1.21760.42380.33861.25830.0669-0.12750.6163-0.0160.6739203.3762222.7444135.8415
20.3711-0.00210.59140.1712-0.04250.9308-0.19790.50830.2948-0.74290.00330.0019-1.75291.15080.10311.5942-0.2856-0.20551.30130.01370.803213.8373229.5806142.5385
30.68190.2005-0.37772.93630.06892.9318-0.2428-0.06210.34790.00220.2318-0.0211-0.2407-0.82270.01720.64230.2915-0.13960.8487-0.05820.6717179.6318202.0176109.8208
40.96890.0785-1.02132.660.10881.9268-0.24340.11680.1569-0.16160.25070.1350.4088-1.1698-0.07390.68830.0361-0.060.9445-0.04390.5142172.6451192.9696101.4341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 50 )A1 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 15 )B1 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 50 )C1 - 50
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 15 )D1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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