[日本語] English
万見
- PDB-6uec: Pseudomonas aeruginosa LpxD Complex Structure with Ligand -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uec
タイトルPseudomonas aeruginosa LpxD Complex Structure with Ligand
要素UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / LpxD / Ligand Complex / Trimer / Acyl Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 ...UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(naphthalen-1-yl)-4-oxobutanoic acid / UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, Y. / Kroeck, K. / Sacco, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Discovery of dual-activity small-molecule ligands of Pseudomonas aeruginosa LpxA and LpxD using SPR and X-ray crystallography.
著者: Kroeck, K.G. / Sacco, M.D. / Smith, E.W. / Zhang, X. / Shoun, D. / Akhtar, A. / Darch, S.E. / Cohen, F. / Andrews, L.D. / Knox, J.E. / Chen, Y.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4244
ポリマ－38,0931
非ポリマー3313
水45025
1
A: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,27112
ポリマ－114,2793
非ポリマー9929
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area16430 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area37790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.764, 104.764, 95.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

MG

-
要素

#1: タンパク質 UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase


分子量: 38092.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lpxD, PA3646 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HXY6, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-Q5M / 4-(naphthalen-1-yl)-4-oxobutanoic acid / 4-オキソ-4-(1-ナフチル)酪酸


分子量: 228.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 3350 0.2M Magnesium Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→32.99 Å / Num. obs: 12038 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.601→2.693 Å / Num. unique obs: 1223 / CC1/2: 0.568

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→32.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 13.873 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.63 / ESU R Free: 0.349
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2885 583 4.8 %RANDOM
Rwork0.2089 ---
obs0.2128 11529 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.87 Å2 / Biso mean: 52.423 Å2 / Biso min: 18.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å2-0.33 Å20 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3---2.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→32.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 22 25 2418
Biso mean--53.77 40.05 -
残基数----337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6961.633306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2681.5695165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6695336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.14522.32399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.11815349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1281513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02480
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.663 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 36 -
Rwork0.288 855 -
obs--97.91 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る