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- PDB-6udl: Structure of Human Cytochrome P450 1A1 with Duocarmycin Prodrug (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6udl
タイトルStructure of Human Cytochrome P450 1A1 with Duocarmycin Prodrug (S) ICT-2700
要素Cytochrome P450 1A1
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP1A1 / P450 / Duocarmycin
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate monooxygenase activity / ethylene metabolic process / flavonoid 3'-monooxygenase activity / insecticide metabolic process / dibenzo-p-dioxin catabolic process / long-chain fatty acid omega-hydroxylase activity / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / long-chain fatty acid omega-1 hydroxylase activity / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase ...arachidonate monooxygenase activity / ethylene metabolic process / flavonoid 3'-monooxygenase activity / insecticide metabolic process / dibenzo-p-dioxin catabolic process / long-chain fatty acid omega-hydroxylase activity / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / long-chain fatty acid omega-1 hydroxylase activity / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase activity / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / response to 3-methylcholanthrene / coumarin metabolic process / flavonoid metabolic process / porphyrin-containing compound metabolic process / maternal process involved in parturition / response to iron(III) ion / long-chain fatty acid metabolic process / Biosynthesis of protectins / epoxygenase P450 pathway / tissue remodeling / vitamin D 24-hydroxylase activity / response to nematode / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / demethylase activity / vitamin D metabolic process / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / digestive tract development / steroid biosynthetic process / hepatocyte differentiation / Xenobiotics / amine metabolic process / response to arsenic-containing substance / camera-type eye development / response to vitamin A / long-chain fatty acid biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / unspecific monooxygenase / response to food / aromatase activity / response to herbicide / nitric oxide metabolic process / steroid metabolic process / cellular response to organic cyclic compound / response to immobilization stress / response to hyperoxia / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to copper ion / xenobiotic metabolic process / Hsp70 protein binding / monooxygenase activity / fatty acid metabolic process / Hsp90 protein binding / PPARA activates gene expression / oxygen binding / response to lipopolysaccharide / mitochondrial inner membrane / response to hypoxia / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP1 / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-Q4M / Cytochrome P450 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Bart, A.G. / Scott, E.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM076343 米国
引用ジャーナル: Drug Metab.Dispos. / 年: 2021
タイトル: Cytochrome P450 binding and bioactivation of tumor-targeted duocarmycin agents
著者: Bart, A.G. / Morais, G. / Vangala, V.R. / Loadman, P.M. / Pors, K. / Scott, E.E.
履歴
登録2019年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 1A1
B: Cytochrome P450 1A1
C: Cytochrome P450 1A1
D: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,00210
ポリマ－223,7774
非ポリマー3,2266
水181
1
A: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9403
ポリマ－55,9441
非ポリマー9962
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9403
ポリマ－55,9441
非ポリマー9962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5612
ポリマ－55,9441
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5612
ポリマ－55,9441
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.371, 196.147, 237.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 1A1 / CYPIA1 / Cytochrome P450 form 6 / Cytochrome P450-C / Cytochrome P450-P1 / Hydroperoxy ...CYPIA1 / Cytochrome P450 form 6 / Cytochrome P450-C / Cytochrome P450-P1 / Hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase


分子量: 55944.156 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP1A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04798, unspecific monooxygenase, hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-Q4M / [(1S)-1-(chloromethyl)-1,6-dihydropyrrolo[3,2-e]indol-3(2H)-yl](5-methoxy-1H-indol-2-yl)methanone


分子量: 379.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H18ClN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.09 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.18 M sodium phosphate dibasic, 18% PEG3350, 5 mM (S)-O-methyl-serine dodecylamide hydrochloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月27日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 72081 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 67.44 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3422 / CC1/2: 0.322 / Rpim(I) all: 0.942

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4I8V

4i8v


解像度: 2.85→48.799 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2867 1990 2.78 %
Rwork0.2378 69719 -
obs0.2391 71709 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.51 Å2 / Biso mean: 75.1579 Å2 / Biso min: 31.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→48.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15015 0 382 1 15398
Biso mean--57.18 49.31 -
残基数----1877
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.85-2.92120.33581220.3348438890
2.9212-3.00020.31321410.3288492599
3.0002-3.08840.38481420.32374943100
3.0884-3.18810.31151410.31414961100
3.1881-3.3020.37651430.29594969100
3.302-3.43420.33281420.2864984100
3.4342-3.59050.34361420.2724976100
3.5905-3.77970.33161420.25664985100
3.7797-4.01640.27851440.22865005100
4.0164-4.32630.27161430.21925037100
4.3263-4.76140.2461440.1995027100
4.7614-5.44960.27241460.20445090100
5.4496-6.86280.28691450.2445104100
6.8628-48.7990.23271530.1889532599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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